More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_2904 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008576  Mmc1_2904  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 		 71 aa  143  7.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0532076  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1250  cold-shock DNA-binding protein family protein  98.59 
 
 		 71 aa  141  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.124236  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 		 67 aa  100  8e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.79 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  64.79 
 
 		 70 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  64.79 
 
 		 70 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  64.79 
 
 		 70 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  64.79 
 
 		 70 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  64.79 
 
 		 70 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  64.79 
 
 		 70 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  64.79 
 
 		 70 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 67 aa  94.4  4e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.54507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  64.79 
 
 		 70 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  64.79 
 
 		 70 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  64.79 
 
 		 70 aa  94.7  4e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  64.79 
 
 		 70 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  64.79 
 
 		 70 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  64.79 
 
 		 70 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  64.79 
 
 		 70 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2498  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.97 
 
 		 70 aa  94  6e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000241121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0201  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.38 
 
 		 70 aa  93.6  9e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.766684  hitchhiker  0.00947065 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0166  major cold shock protein  63.38 
 
 		 70 aa  92.8  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0375  cold shock DNA-binding domain-containing protein  61.97 
 
 		 70 aa  92  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  60.56 
 
 		 70 aa  92.8  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.56 
 
 		 70 aa  92.4  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00992  DNA-binding transcriptional regulator  57.75 
 
 		 70 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2653  cold-shock DNA-binding domain protein  57.75 
 
 		 70 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000496106  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2607  cold shock protein CspG  57.75 
 
 		 70 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.286712  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  59.15 
 
 		 70 aa  91.7  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00999  hypothetical protein  57.75 
 
 		 70 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1099  cold shock protein CspG  57.75 
 
 		 70 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1225  cold shock protein CspG  57.75 
 
 		 70 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000203795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2326  cold shock protein CspG  57.75 
 
 		 70 aa  91.7  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000227415  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1105  cold shock protein CspG  57.75 
 
 		 70 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000233553  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2135  cold shock protein CspG  57.75 
 
 		 70 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.56 
 
 		 70 aa  91.3  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  61.97 
 
 		 70 aa  90.9  5e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0333  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.2 
 
 		 69 aa  90.9  5e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000434433 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1840  cold-shock DNA-binding domain protein  61.97 
 
 		 70 aa  90.9  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2170  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.2 
 
 		 69 aa  90.9  5e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.86 
 
 		 71 aa  90.5  7e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 		 67 aa  90.5  7e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 67 aa  90.5  7e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2295  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 		 67 aa  90.1  9e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.904352  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2342  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 		 67 aa  90.1  9e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2334  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 		 67 aa  90.1  9e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.213577  normal  0.0207687 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2027  cold shock-like protein CspC  63.24 
 
 		 69 aa  89.7  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.15 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  63.24 
 
 		 69 aa  89.4  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0531  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.56 
 
 		 70 aa  88.6  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1846  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.38 
 
 		 69 aa  89.4  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.174737  normal  0.594257 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 67 aa  89  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0526  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.56 
 
 		 70 aa  88.6  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0898507  hitchhiker  0.00873644 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2133  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.38 
 
 		 69 aa  89.4  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.415341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  59.15 
 
 		 70 aa  89.4  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  63.24 
 
 		 69 aa  89.4  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 		 67 aa  88.6  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  64.62 
 
 		 67 aa  88.2  3e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3545  cold shock protein  57.75 
 
 		 70 aa  88.6  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000314537  hitchhiker  0.00788202 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1070  cold shock protein  57.75 
 
 		 70 aa  88.6  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00138821  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1124  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.75 
 
 		 70 aa  88.6  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000192661  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2122  cold-shock DNA-binding domain protein  60.56 
 
 		 70 aa  88.6  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01793  stress protein, member of the CspA-family  61.76 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000145825  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1820  cold-shock DNA-binding domain protein  61.76 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000376643  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  63.24 
 
 		 68 aa  88.2  4e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01781  hypothetical protein  61.76 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000220518  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2554  cold shock-like protein CspC  61.76 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  61.76 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1478  cold shock-like protein CspC  61.76 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000112944  normal  0.636634 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1977  cold shock-like protein CspC  61.76 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000786929  normal  0.190727 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2089  cold shock-like protein CspC  61.76 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.57783e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2393  cold shock-like protein CspC  61.76 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2038  cold shock-like protein CspC  61.76 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000133144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1913  cold shock-like protein CspC  61.76 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000658  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  59.15 
 
 		 70 aa  87.8  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1981  cold shock-like protein CspC  61.76 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000173649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1365  cold shock-like protein CspC  61.76 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000234098  normal  0.0150165 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2051  cold shock-like protein CspC  61.76 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000465967  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1294  cold shock-like protein CspC  61.76 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000632959  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1892  cold-shock DNA-binding domain protein  62.12 
 
 		 67 aa  88.2  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  61.76 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  61.76 
 
 		 69 aa  88.2  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 67 aa  87.8  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 67 aa  87.8  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.38 
 
 		 69 aa  87.4  5e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  65.67 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0442  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.15 
 
 		 70 aa  87.4  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 67 aa  87.4  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0376  cold shock DNA-binding domain-containing protein  59.15 
 
 		 70 aa  87.4  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1977  cold shock-like protein CspC  61.76 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0443  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.15 
 
 		 70 aa  87.4  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 		 67 aa  87.4  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0444  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.15 
 
 		 70 aa  87  7e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1642  cold shock DNA-binding protein  59.15 
 
 		 71 aa  87  7e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000478552  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1220  cold shock DNA-binding domain-containing protein  59.15 
 
 		 70 aa  87  7e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1221  cold shock DNA-binding domain-containing protein  59.15 
 
 		 70 aa  87.4  7e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>