More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_1846 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007204  Psyc_1846  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 		 69 aa  140  5e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.174737  normal  0.594257 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2133  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 69 aa  140  5e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.415341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2170  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  89.86 
 
 		 69 aa  125  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0333  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  89.86 
 
 		 69 aa  125  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000434433 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  78.26 
 
 		 69 aa  111  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.36 
 
 		 69 aa  108  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.36 
 
 		 69 aa  108  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.12 
 
 		 68 aa  106  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.61 
 
 		 68 aa  105  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.91 
 
 		 69 aa  105  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2955  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 		 68 aa  104  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.46 
 
 		 69 aa  104  4e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  77.27 
 
 		 68 aa  104  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.91 
 
 		 69 aa  104  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.46 
 
 		 69 aa  104  5e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 68 aa  103  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.57 
 
 		 69 aa  103  6e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.46 
 
 		 69 aa  103  8e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.36 
 
 		 68 aa  103  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0279  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.91 
 
 		 68 aa  102  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.12 
 
 		 69 aa  101  4e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.12 
 
 		 69 aa  100  5e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  68.12 
 
 		 69 aa  100  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1336  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 68 aa  100  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.12 
 
 		 69 aa  99.4  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  68.12 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  66.67 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  63.77 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0737  cold shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 		 69 aa  96.7  8e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.225211  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.22 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00215125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 71 aa  96.3  1e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.14 
 
 		 70 aa  96.7  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  69.23 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2041  hypothetical protein  68.12 
 
 		 69 aa  95.9  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0531  cold-shock DNA-binding protein family protein  70 
 
 		 70 aa  95.5  2e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0526  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70 
 
 		 70 aa  95.5  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0898507  hitchhiker  0.00873644 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  63.77 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  67.65 
 
 		 70 aa  95.1  3e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  67.14 
 
 		 70 aa  94.7  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  67.69 
 
 		 69 aa  94.4  5e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  67.69 
 
 		 69 aa  94.4  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  67.69 
 
 		 69 aa  94.4  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2039  hypothetical protein  66.67 
 
 		 69 aa  93.6  7e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 		 69 aa  94  7e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  67.69 
 
 		 69 aa  93.6  8e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3333  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.66 
 
 		 70 aa  93.2  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.437112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  60.87 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3621  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.77 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0652324  hitchhiker  0.000182164 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  60.87 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.87 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2202  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.15 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.532688 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  59.42 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.71 
 
 		 70 aa  92.4  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  66.15 
 
 		 69 aa  92  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  66.15 
 
 		 69 aa  92  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  66.15 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1523  cold shock protein  60.87 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00439829  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  68.75 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  66.15 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  66.15 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 		 65 aa  91.7  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  66.15 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  66.15 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  70.31 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 66 aa  91.7  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  66.15 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  66.15 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  66.15 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  67.69 
 
 		 69 aa  91.3  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1977  cold shock-like protein CspC  67.69 
 
 		 69 aa  91.3  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  60.29 
 
 		 70 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.42 
 
 		 69 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  66.15 
 
 		 69 aa  91.3  4e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  65.71 
 
 		 70 aa  91.3  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  67.69 
 
 		 69 aa  91.3  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0778  cold shock proteins  65.62 
 
 		 66 aa  90.9  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726747  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 68 aa  90.9  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 		 67 aa  90.9  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  56.52 
 
 		 165 aa  90.5  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  69.84 
 
 		 67 aa  90.5  6e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  60.61 
 
 		 69 aa  90.5  7e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 		 67 aa  90.5  7e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 		 68 aa  90.5  7e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 		 68 aa  90.5  7e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.75 
 
 		 67 aa  90.5  7e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  66.15 
 
 		 69 aa  90.1  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  66.15 
 
 		 69 aa  90.1  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  66.15 
 
 		 69 aa  90.1  8e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  66.15 
 
 		 69 aa  90.1  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  66.15 
 
 		 69 aa  90.1  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  61.43 
 
 		 70 aa  90.1  8e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.43 
 
 		 70 aa  90.1  8e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  66.15 
 
 		 69 aa  90.1  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  67.69 
 
 		 69 aa  90.1  9e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.97 
 
 		 69 aa  90.1  9e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  67.69 
 
 		 69 aa  90.1  9e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 69 aa  90.1  9e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 		 69 aa  90.1  9e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>