More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001460 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  100 
 
 		 69 aa  140  7e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  88.41 
 
 		 69 aa  125  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  88.41 
 
 		 69 aa  125  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.09 
 
 		 68 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.81 
 
 		 69 aa  113  8.999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.36 
 
 		 69 aa  112  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  77.61 
 
 		 68 aa  112  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.91 
 
 		 69 aa  112  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.91 
 
 		 69 aa  110  5e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.91 
 
 		 69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 		 68 aa  108  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.91 
 
 		 69 aa  108  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.01 
 
 		 69 aa  108  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0737  cold shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 69 aa  107  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.225211  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.36 
 
 		 68 aa  107  6e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.46 
 
 		 69 aa  107  6e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 		 69 aa  105  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 69 aa  105  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 		 69 aa  103  7e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0279  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.33 
 
 		 68 aa  102  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.22 
 
 		 69 aa  102  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1846  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.12 
 
 		 69 aa  100  6e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.174737  normal  0.594257 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2133  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.12 
 
 		 69 aa  100  6e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.415341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 69 aa  100  8e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 68 aa  99.4  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 68 aa  99.8  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 68 aa  99.8  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 68 aa  99.4  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 69 aa  98.6  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3621  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0652324  hitchhiker  0.000182164 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  69.23 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.06 
 
 		 71 aa  99  2e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  69.23 
 
 		 69 aa  99.4  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 68 aa  99  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 68 aa  99  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1336  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 		 68 aa  98.6  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2170  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0531  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.14 
 
 		 70 aa  98.6  3e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0333  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000434433 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0526  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.14 
 
 		 70 aa  98.6  3e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0898507  hitchhiker  0.00873644 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  63.64 
 
 		 69 aa  97.8  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2041  hypothetical protein  63.77 
 
 		 69 aa  97.4  6e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.57 
 
 		 70 aa  96.7  8e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  63.64 
 
 		 69 aa  97.1  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  63.64 
 
 		 69 aa  97.1  8e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1523  cold shock protein  63.77 
 
 		 69 aa  96.7  9e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00439829  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.77 
 
 		 70 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  70.15 
 
 		 70 aa  95.1  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2039  hypothetical protein  63.77 
 
 		 69 aa  95.9  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 		 71 aa  95.9  2e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  68.75 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  63.64 
 
 		 69 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 		 69 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  60.87 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  68.75 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 		 69 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  65.22 
 
 		 69 aa  94.4  4e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 		 69 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  63.77 
 
 		 69 aa  94  6e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  62.86 
 
 		 70 aa  94  6e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2186  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.64 
 
 		 73 aa  93.6  7e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.541208  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.64 
 
 		 73 aa  93.6  7e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  66.13 
 
 		 66 aa  93.6  7e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  64.29 
 
 		 70 aa  94  7e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  63.77 
 
 		 70 aa  93.6  8e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  70.15 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2806  cold shock proteins  62.12 
 
 		 85 aa  92.8  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.72104e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  63.64 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0221  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 70 aa  92  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.32 
 
 		 69 aa  92  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00215125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 		 65 aa  92.4  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0778  cold shock proteins  63.49 
 
 		 66 aa  91.7  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726747  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.74 
 
 		 66 aa  91.7  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  60 
 
 		 70 aa  91.7  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  62.86 
 
 		 70 aa  91.3  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  59.42 
 
 		 69 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  59.42 
 
 		 69 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.42 
 
 		 69 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  62.86 
 
 		 70 aa  91.3  4e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 		 66 aa  91.3  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000494956  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  63.64 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 		 67 aa  90.9  5e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2891  cold-shock DNA-binding domain protein  66.13 
 
 		 66 aa  90.9  5e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.87323e-28 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2122  cold-shock DNA-binding domain protein  65.71 
 
 		 70 aa  90.9  5e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.57 
 
 		 69 aa  91.3  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.42 
 
 		 69 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 66 aa  90.9  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2955  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 		 68 aa  90.9  6e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>