More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0778 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0778  cold shock proteins  100 
 
 
66 aa  134  6.0000000000000005e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726747  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  87.88 
 
 
66 aa  121  4e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2806  cold shock proteins  83.08 
 
 
85 aa  114  6e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.72104e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4020  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.76 
 
 
66 aa  105  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0645  cold-shock DNA-binding domain protein  76.92 
 
 
66 aa  105  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155303  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0658  cold-shock DNA-binding domain protein  76.92 
 
 
66 aa  105  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.18008e-25 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0207  cold-shock domain-contain protein  74.24 
 
 
66 aa  104  4e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000092661  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3009  cold-shock DNA-binding domain protein  74.24 
 
 
66 aa  104  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000338094  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  77.27 
 
 
66 aa  104  4e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0237  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.24 
 
 
66 aa  103  5e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000692047  hitchhiker  0.0000000000000296416 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  71.21 
 
 
66 aa  103  8e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  75.76 
 
 
66 aa  103  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.76 
 
 
66 aa  102  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1502  cold-shock DNA-binding domain protein  72.73 
 
 
68 aa  102  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.683183 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 
66 aa  102  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.73 
 
 
66 aa  102  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
NC_011146  Gbem_3185  cold-shock DNA-binding domain protein  75.38 
 
 
66 aa  102  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000997397  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1077  cold-shock DNA-binding domain protein  75.38 
 
 
66 aa  102  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27833e-32 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3711  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 
66 aa  101  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000509741  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  72.73 
 
 
68 aa  101  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0191  cold-shock domain-contain protein  69.7 
 
 
66 aa  101  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 
66 aa  101  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000494956  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0557  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 
67 aa  101  4e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3308  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 
66 aa  100  9e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515158  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
66 aa  99.4  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000279167  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1391  cold-shock DNA-binding domain protein  71.21 
 
 
66 aa  99.4  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000857842  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 
68 aa  98.2  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2891  cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 
66 aa  98.6  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.87323e-28 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2370  cold shock proteins  69.7 
 
 
66 aa  98.2  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.71289e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  67.69 
 
 
69 aa  98.2  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2222  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
66 aa  97.8  5e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2005  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
66 aa  97.8  5e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1727900000000003e-24 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1266  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 
66 aa  96.7  9e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.7573e-18  decreased coverage  0.00000000000100442 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 
67 aa  96.7  9e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0581  cold-shock domain-contain protein  67.69 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1905  cold shock domain-contain protein  71.21 
 
 
66 aa  96.7  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00000974395  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.13 
 
 
69 aa  96.3  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.13 
 
 
69 aa  96.3  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  68.85 
 
 
69 aa  95.9  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  73.33 
 
 
68 aa  95.5  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 
67 aa  95.5  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.67 
 
 
68 aa  95.5  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
66 aa  95.1  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.77 
 
 
69 aa  95.1  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.13 
 
 
69 aa  95.1  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.33 
 
 
69 aa  94.4  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 
67 aa  94.4  5e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0279  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
68 aa  94.4  5e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 
67 aa  94.4  5e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.25 
 
 
69 aa  94.4  5e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.49 
 
 
69 aa  94.4  5e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70 
 
 
68 aa  94  6e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.14 
 
 
69 aa  94  6e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 
65 aa  94  6e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.67 
 
 
69 aa  93.6  7e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 
67 aa  93.6  8e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 
67 aa  93.6  8e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.33 
 
 
68 aa  93.2  9e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3186  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000014796  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.66 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1523  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.62 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.478782  normal  0.638647 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000689795  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2017  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.19 
 
 
65 aa  93.2  1e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.679038  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.49 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1235  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 
66 aa  92.8  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 
65 aa  92.4  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2724  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 
66 aa  92.8  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.720009  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0979697  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2630  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 
66 aa  92.8  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.681724  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  91.7  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  69.23 
 
 
67 aa  91.7  3e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2869  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.31 
 
 
67 aa  91.7  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0181409  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 
69 aa  92  3e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 
67 aa  91.7  3e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  65.15 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2627  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368791  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
67 aa  91.7  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000164882  normal  0.415354 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1846  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.62 
 
 
69 aa  90.9  5e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.174737  normal  0.594257 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
70 aa  90.9  5e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.44614  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 
67 aa  90.9  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2133  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
69 aa  90.9  5e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.415341  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 
66 aa  90.9  6e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.85 
 
 
69 aa  90.9  6e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 
68 aa  90.9  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
66 aa  90.9  6e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2290  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
68 aa  90.9  6e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.388252  hitchhiker  0.00970612 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1336  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.67 
 
 
68 aa  90.5  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7468  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 
68 aa  90.5  7e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  90.1  8e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 
67 aa  90.1  8e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0737  cold shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.225211  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  66.15 
 
 
66 aa  89.4  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.33 
 
 
68 aa  89.7  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  66.15 
 
 
66 aa  89.4  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  66.15 
 
 
66 aa  89.4  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  66.15 
 
 
66 aa  89.4  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>