More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0927 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  100 
 
 		 70 aa  143  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  95.71 
 
 		 70 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  85.29 
 
 		 69 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  85.29 
 
 		 69 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  89.55 
 
 		 69 aa  124  4.0000000000000003e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  83.82 
 
 		 69 aa  123  7e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  87.69 
 
 		 69 aa  123  9e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  87.69 
 
 		 69 aa  123  9e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  87.69 
 
 		 69 aa  123  9e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  87.14 
 
 		 69 aa  122  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  86.15 
 
 		 69 aa  121  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.86 
 
 		 70 aa  120  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.86 
 
 		 70 aa  120  6e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.88 
 
 		 69 aa  120  9e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  87.69 
 
 		 69 aa  119  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  82.86 
 
 		 70 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80 
 
 		 70 aa  116  9e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  82.09 
 
 		 70 aa  116  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  78.57 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  80 
 
 		 70 aa  112  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  78.57 
 
 		 70 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.6 
 
 		 69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  73.53 
 
 		 69 aa  108  4.0000000000000004e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2135  cold shock protein CspG  70 
 
 		 70 aa  105  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00992  DNA-binding transcriptional regulator  70 
 
 		 70 aa  105  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2653  cold-shock DNA-binding domain protein  70 
 
 		 70 aa  105  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000496106  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2607  cold shock protein CspG  70 
 
 		 70 aa  105  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.286712  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00999  hypothetical protein  70 
 
 		 70 aa  105  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2326  cold shock protein CspG  70 
 
 		 70 aa  105  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000227415  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1099  cold shock protein CspG  70 
 
 		 70 aa  105  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1225  cold shock protein CspG  70 
 
 		 70 aa  105  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000203795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1105  cold shock protein CspG  70 
 
 		 70 aa  105  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000233553  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  74.63 
 
 		 69 aa  104  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2122  cold-shock DNA-binding domain protein  68.57 
 
 		 70 aa  104  5e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  71.43 
 
 		 70 aa  103  7e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0166  major cold shock protein  68.57 
 
 		 70 aa  103  7e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1840  cold-shock DNA-binding domain protein  71.43 
 
 		 70 aa  103  8e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  65.71 
 
 		 70 aa  102  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  65.71 
 
 		 70 aa  102  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  65.71 
 
 		 70 aa  102  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  65.71 
 
 		 70 aa  102  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2498  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.57 
 
 		 70 aa  103  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000241121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  65.71 
 
 		 70 aa  102  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  65.71 
 
 		 70 aa  102  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  65.71 
 
 		 70 aa  102  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  65.71 
 
 		 70 aa  102  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  65.71 
 
 		 70 aa  102  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  65.71 
 
 		 70 aa  102  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70 
 
 		 70 aa  102  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  70 
 
 		 70 aa  103  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  65.71 
 
 		 70 aa  102  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  65.71 
 
 		 70 aa  102  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  65.71 
 
 		 70 aa  102  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  65.71 
 
 		 70 aa  102  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  76.56 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 		 67 aa  101  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0201  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.57 
 
 		 70 aa  100  5e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.766684  hitchhiker  0.00947065 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  70.59 
 
 		 69 aa  100  5e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0375  cold shock DNA-binding domain-containing protein  68.57 
 
 		 70 aa  100  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.57 
 
 		 70 aa  100  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  68.57 
 
 		 70 aa  100  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.57 
 
 		 70 aa  100  7e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 		 69 aa  100  8e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  69.12 
 
 		 69 aa  100  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2086  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 71 aa  99  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000534295  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  69.12 
 
 		 69 aa  99.4  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  69.12 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2079  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 71 aa  99  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.301245  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  69.12 
 
 		 69 aa  99.4  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  69.12 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  69.12 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  69.12 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  69.12 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4995  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2202  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.77 
 
 		 69 aa  97.4  5e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.532688 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3483  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 70 aa  97.8  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207055  normal  0.0338515 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 		 67 aa  97.4  6e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1765  cold shock DNA-binding protein  65.67 
 
 		 71 aa  97.4  6e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0225255  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3948  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 		 67 aa  97.1  7e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  66.18 
 
 		 69 aa  97.4  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  64.06 
 
 		 67 aa  97.1  7e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  66.18 
 
 		 69 aa  97.4  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  66.18 
 
 		 69 aa  97.4  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  66.18 
 
 		 69 aa  97.4  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  66.18 
 
 		 69 aa  97.4  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  66.18 
 
 		 69 aa  97.4  7e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  70.59 
 
 		 69 aa  97.1  8e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 		 67 aa  97.1  8e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1112  cold shock transcription regulator protein  70.31 
 
 		 81 aa  96.7  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170415  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0761  cold-shock domain-contain protein  70.31 
 
 		 81 aa  96.7  9e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.00000000000025188  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.59 
 
 		 68 aa  96.7  9e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  69.23 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  68.66 
 
 		 69 aa  96.7  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  67.65 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0962  cold shock protein  69.23 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.000153995  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  68.66 
 
 		 69 aa  96.7  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>