More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_0507 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
67 aa  136  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  75.76 
 
 
67 aa  107  5e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  74.63 
 
 
67 aa  107  6e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 
67 aa  107  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 
67 aa  107  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 
67 aa  107  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.7 
 
 
67 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 
67 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 
67 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 
67 aa  105  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.7 
 
 
67 aa  105  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 
67 aa  105  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 
67 aa  105  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.66 
 
 
67 aa  105  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  68.66 
 
 
67 aa  105  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4995  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
67 aa  104  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833631  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
67 aa  105  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
67 aa  105  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.7 
 
 
67 aa  104  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.66 
 
 
67 aa  104  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5340  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 
83 aa  103  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  75 
 
 
67 aa  103  8e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5816  major cold shock protein  66.67 
 
 
67 aa  103  8e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 
67 aa  103  8e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5798  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
67 aa  103  9e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.992183 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  65.15 
 
 
67 aa  102  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  65.15 
 
 
67 aa  102  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2965  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
68 aa  102  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000138264 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  65.15 
 
 
67 aa  102  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
67 aa  103  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  65.15 
 
 
67 aa  102  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
67 aa  103  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  65.15 
 
 
67 aa  102  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5581  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
67 aa  103  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
170 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  65.15 
 
 
67 aa  102  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  65.15 
 
 
67 aa  102  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 
67 aa  102  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1112  cold shock transcription regulator protein  68.66 
 
 
81 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170415  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01731  hypothetical protein  66.67 
 
 
68 aa  102  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0761  cold-shock domain-contain protein  68.66 
 
 
81 aa  102  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.00000000000025188  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.6 
 
 
69 aa  102  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1051  cold-shock domain-contain protein  68.66 
 
 
67 aa  101  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000117316  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0962  cold shock protein  68.66 
 
 
67 aa  101  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.000153995  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0002  cold shock-like transcription regulator protein  68.18 
 
 
67 aa  101  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000106276  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1053  cold shock-like transcription regulator protein  67.16 
 
 
67 aa  101  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.470883  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2279  cold-shock domain-contain protein  68.66 
 
 
67 aa  101  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000000000750079  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.31 
 
 
70 aa  101  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0775  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 
67 aa  101  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150831  hitchhiker  0.000000000149768 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 
68 aa  101  3e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0574  cold-shock domain-contain protein  68.66 
 
 
67 aa  101  3e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000358394  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1002  cold-shock domain-contain protein  63.64 
 
 
67 aa  101  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229308  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3782  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
67 aa  101  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0399631  normal  0.208523 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2438  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 
67 aa  101  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000000180609  unclonable  0.0000000000176576 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3895  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
67 aa  101  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  71.88 
 
 
70 aa  101  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
67 aa  101  3e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0958  cold shock protein  68.66 
 
 
67 aa  101  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000117939  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2568  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 
67 aa  101  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000063088  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2156  cold-shock domain-contain protein  68.66 
 
 
67 aa  101  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00000351487  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4166  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
67 aa  101  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745487  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 
68 aa  101  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
67 aa  101  4e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
67 aa  101  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4409  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
67 aa  101  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2596  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 
67 aa  100  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111063  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3366  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
67 aa  100  6e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3392  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 
68 aa  100  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 
67 aa  100  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.69 
 
 
69 aa  100  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5852  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.66 
 
 
67 aa  100  7e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000587256  normal  0.480668 
 
 
 
NC_008060  Bcen_1909  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 
67 aa  100  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000083542  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 
67 aa  100  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000242015  decreased coverage  0.000000000715587 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.02 
 
 
70 aa  100  7e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2520  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 
67 aa  100  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000000151269  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  72.73 
 
 
69 aa  100  8e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 
67 aa  100  9e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 
67 aa  100  9e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0742  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 
67 aa  99.8  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.0000000000219995  unclonable  0.0000000000274746 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 
67 aa  99.8  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0590  cold-shock protein  68.66 
 
 
67 aa  99.8  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.000832642  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
67 aa  99.8  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.88 
 
 
67 aa  99.8  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.62 
 
 
68 aa  99.4  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  70.77 
 
 
70 aa  99.4  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.02 
 
 
69 aa  99.8  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.02 
 
 
69 aa  99.8  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 
67 aa  99.4  1e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
67 aa  99  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
67 aa  98.6  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 
69 aa  99  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.75 
 
 
67 aa  99  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0988  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.75 
 
 
67 aa  99.4  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3176  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
67 aa  99  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1188  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.66 
 
 
68 aa  99  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00084266  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1049  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 
67 aa  99.4  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 
69 aa  99  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.75 
 
 
68 aa  99  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 
68 aa  99  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 
67 aa  99  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>