More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000590 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  100 
 
 		 69 aa  139  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  94.03 
 
 		 70 aa  129  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  82.09 
 
 		 70 aa  117  7e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  80.88 
 
 		 70 aa  111  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  77.94 
 
 		 70 aa  110  5e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  75.36 
 
 		 69 aa  107  5e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  75 
 
 		 69 aa  107  7.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.91 
 
 		 69 aa  106  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.91 
 
 		 69 aa  106  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  73.91 
 
 		 69 aa  106  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  77.27 
 
 		 69 aa  106  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.91 
 
 		 69 aa  105  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.91 
 
 		 69 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.91 
 
 		 69 aa  105  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.91 
 
 		 69 aa  105  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.12 
 
 		 70 aa  105  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.91 
 
 		 69 aa  105  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.59 
 
 		 69 aa  103  7e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  68.12 
 
 		 69 aa  103  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.56 
 
 		 70 aa  102  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  75 
 
 		 70 aa  101  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  69.7 
 
 		 69 aa  100  7e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  69.12 
 
 		 70 aa  100  9e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  73.44 
 
 		 70 aa  99.8  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.12 
 
 		 70 aa  99.4  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 94 aa  98.2  4e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.44 
 
 		 70 aa  97.8  4e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  62.32 
 
 		 69 aa  97.8  5e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0531  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 		 70 aa  97.4  5e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0526  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 70 aa  97.4  5e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0898507  hitchhiker  0.00873644 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 		 71 aa  95.1  2e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1715  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.32 
 
 		 69 aa  95.9  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  60.87 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  60.87 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  60.87 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  60.87 
 
 		 69 aa  94.4  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  60.87 
 
 		 69 aa  94  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  60.87 
 
 		 69 aa  94  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  60.87 
 
 		 69 aa  94  6e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  60.87 
 
 		 69 aa  94  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  60.87 
 
 		 69 aa  94  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  60.87 
 
 		 69 aa  94  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  60.87 
 
 		 69 aa  94  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 68 aa  94  7e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  60.87 
 
 		 69 aa  94  7e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3621  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0652324  hitchhiker  0.000182164 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2202  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.32 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.532688 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  60.87 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  59.42 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  59.09 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  59.42 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  59.42 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  59.09 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  59.42 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 69 aa  92  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  69.57 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.57 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 69 aa  92  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  59.42 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  59.42 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 69 aa  92  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  59.42 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 		 69 aa  92  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.57 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.57 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  59.42 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  59.42 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  59.42 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.57 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.12 
 
 		 69 aa  92  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 		 67 aa  92  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.25 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 		 68 aa  92  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4166  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 		 69 aa  90.9  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  65.15 
 
 		 69 aa  90.9  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  70.15 
 
 		 69 aa  90.9  5e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 68 aa  90.9  5e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 		 67 aa  90.9  5e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.12 
 
 		 68 aa  90.9  6e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  59.42 
 
 		 69 aa  90.5  7e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  59.42 
 
 		 69 aa  90.5  7e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 		 69 aa  90.5  7e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7468  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 		 68 aa  90.5  7e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 		 67 aa  90.5  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 68 aa  90.5  7e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 68 aa  90.5  7e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 68 aa  90.5  7e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 		 69 aa  90.5  7e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  62.69 
 
 		 70 aa  90.1  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  62.69 
 
 		 70 aa  90.1  8e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  62.69 
 
 		 70 aa  90.1  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  62.69 
 
 		 70 aa  90.1  8e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  62.69 
 
 		 70 aa  90.1  8e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>