More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3261 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 69 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  92.65 
 
 		 69 aa  128  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  91.43 
 
 		 70 aa  127  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  88.57 
 
 		 70 aa  124  6e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  89.55 
 
 		 69 aa  123  7e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  84.06 
 
 		 69 aa  123  7e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  87.14 
 
 		 70 aa  122  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  84.06 
 
 		 69 aa  122  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  84.06 
 
 		 69 aa  122  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.71 
 
 		 70 aa  122  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  87.14 
 
 		 70 aa  122  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  83.82 
 
 		 69 aa  121  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  81.16 
 
 		 69 aa  119  9e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  81.16 
 
 		 69 aa  119  9e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  81.16 
 
 		 69 aa  119  9e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  81.16 
 
 		 69 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.71 
 
 		 69 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  76.81 
 
 		 69 aa  114  5e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  79.41 
 
 		 70 aa  109  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  80 
 
 		 70 aa  108  3e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  81.82 
 
 		 70 aa  108  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  78.46 
 
 		 70 aa  106  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  78.46 
 
 		 70 aa  106  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  73.91 
 
 		 69 aa  105  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  73.53 
 
 		 69 aa  104  5e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.85 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.85 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  74.6 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.85 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.91 
 
 		 68 aa  101  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  75.38 
 
 		 70 aa  100  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  69.57 
 
 		 69 aa  100  8e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  75 
 
 		 67 aa  100  8e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  72.46 
 
 		 69 aa  99.4  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.31 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.31 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.46 
 
 		 69 aa  99.4  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.46 
 
 		 69 aa  99.4  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1715  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.12 
 
 		 69 aa  99.4  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.71 
 
 		 170 aa  99.4  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.31 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.46 
 
 		 69 aa  99.4  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2202  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.01 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.532688 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  72.46 
 
 		 68 aa  98.6  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.76 
 
 		 69 aa  98.6  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.81 
 
 		 67 aa  98.6  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.76 
 
 		 69 aa  98.6  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.46 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  75.76 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.76 
 
 		 69 aa  98.6  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.76 
 
 		 68 aa  99  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  75.76 
 
 		 69 aa  98.6  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  73.02 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  68.12 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  73.02 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.02 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4995  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  68.12 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.01 
 
 		 68 aa  98.6  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  68.12 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.01 
 
 		 68 aa  97.8  4e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.01 
 
 		 68 aa  97.8  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  68.12 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.01 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.01 
 
 		 68 aa  97.4  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.01 
 
 		 68 aa  97.4  5e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0988  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.31 
 
 		 67 aa  97.4  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1049  cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 		 67 aa  97.4  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1045  cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 		 67 aa  97.4  5e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.396466  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 68 aa  97.1  7e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 		 67 aa  97.1  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  70.31 
 
 		 67 aa  97.1  7e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  68.12 
 
 		 69 aa  96.7  9e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  68.12 
 
 		 69 aa  96.7  9e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  68.12 
 
 		 69 aa  96.7  9e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  68.12 
 
 		 69 aa  96.7  9e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  68.12 
 
 		 69 aa  96.7  9e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  68.12 
 
 		 69 aa  96.7  9e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  68.12 
 
 		 69 aa  96.7  9e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  68.12 
 
 		 69 aa  96.7  9e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  68.12 
 
 		 69 aa  96.7  9e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  69.23 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4409  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  69.23 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  69.23 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  69.23 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  69.23 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5581  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.31 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  68.12 
 
 		 69 aa  96.7  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5798  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.992183 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  69.23 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  69.23 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 67 aa  95.5  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>