More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0374 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_0374  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
69 aa  139  9e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000381403  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2354  cold-shock DNA-binding protein family protein  85.51 
 
 
70 aa  122  1e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.895038  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  87.88 
 
 
69 aa  120  9e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297742  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0244  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  84.06 
 
 
69 aa  117  3.9999999999999996e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.12 
 
 
69 aa  103  6e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.12 
 
 
70 aa  99  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.44614  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 
69 aa  94  6e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.77 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2039  hypothetical protein  63.77 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0207  cold-shock domain-contain protein  64.62 
 
 
66 aa  90.9  5e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000092661  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.77 
 
 
69 aa  90.9  6e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
68 aa  89.7  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  60.87 
 
 
69 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  59.42 
 
 
69 aa  89  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2041  hypothetical protein  62.32 
 
 
69 aa  89  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  60.87 
 
 
69 aa  88.6  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  64.18 
 
 
69 aa  89  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.77 
 
 
69 aa  89  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 
69 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  60.87 
 
 
69 aa  88.6  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 
69 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
68 aa  88.2  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
68 aa  88.2  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
68 aa  88.2  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
68 aa  88.2  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
69 aa  87.8  4e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  67.69 
 
 
69 aa  87.8  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.42 
 
 
69 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
69 aa  88.2  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
67 aa  87.8  4e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
69 aa  87.8  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 
69 aa  87.8  4e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
69 aa  87.8  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 
69 aa  87.8  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 
69 aa  87.8  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 
69 aa  87.8  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
67 aa  87.8  4e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0581  cold-shock domain-contain protein  68.85 
 
 
66 aa  87.8  5e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.42 
 
 
69 aa  87.8  5e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3621  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.77 
 
 
69 aa  87.8  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0652324  hitchhiker  0.000182164 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.87 
 
 
69 aa  87.4  6e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 
68 aa  87.4  6e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  66.15 
 
 
69 aa  87  8e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3009  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 
66 aa  86.7  9e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000338094  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  62.32 
 
 
69 aa  86.3  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0191  cold-shock domain-contain protein  61.9 
 
 
66 aa  86.7  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 
69 aa  86.3  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2222  cold-shock DNA-binding domain protein  61.9 
 
 
66 aa  85.9  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1504  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
72 aa  86.3  1e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2005  cold-shock DNA-binding domain protein  61.9 
 
 
66 aa  85.9  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1727900000000003e-24 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0279  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 
68 aa  85.9  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.29 
 
 
70 aa  85.9  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0237  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.49 
 
 
66 aa  85.9  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000692047  hitchhiker  0.0000000000000296416 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.9 
 
 
66 aa  85.9  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 
65 aa  85.9  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
68 aa  85.5  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.42 
 
 
69 aa  85.5  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.32 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2630  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.681724  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4020  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.9 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2724  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.720009  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1235  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  62.12 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
68 aa  85.1  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  56.52 
 
 
165 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0742  cold-shock DNA-binding domain protein  70.49 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.0000000000219995  unclonable  0.0000000000274746 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  63.64 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0590  cold-shock protein  70.49 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.000832642  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.97 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.908302 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 
68 aa  84.7  4e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1960  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 
70 aa  84.7  4e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.507319  normal  0.106232 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  62.86 
 
 
70 aa  84.7  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2017  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 
65 aa  84.7  4e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.679038  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
69 aa  84.3  5e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.32 
 
 
69 aa  84.3  5e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3308  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
66 aa  84.3  5e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515158  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1336  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
68 aa  84  6e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  57.97 
 
 
69 aa  84  7e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  70 
 
 
69 aa  84  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2880  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
68 aa  84  7e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  70 
 
 
69 aa  84  7e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2949  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.57 
 
 
69 aa  84  7e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000763354  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
65 aa  83.6  8e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
67 aa  83.6  8e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  64.06 
 
 
67 aa  83.6  8e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2627  cold-shock DNA-binding domain protein  61.9 
 
 
66 aa  83.6  9e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368791  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1085  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.97 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0927739  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.42 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00215125  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  59.42 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.64 
 
 
67 aa  83.6  9e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
66 aa  82.8  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65 
 
 
65 aa  83.2  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.08 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  65.08 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>