More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1960 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_1960  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
70 aa  147  5e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.507319  normal  0.106232 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  67.65 
 
 
69 aa  99  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.86 
 
 
70 aa  97.1  8e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.44614  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0244  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
69 aa  94  7e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.76 
 
 
69 aa  92  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  60.29 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  60.29 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
70 aa  91.7  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  63.24 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  58.82 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
69 aa  91.7  4e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297742  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1085  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.82 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0927739  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  61.76 
 
 
69 aa  90.5  8e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 
69 aa  90.1  8e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  66.15 
 
 
70 aa  90.1  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  57.35 
 
 
69 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.35 
 
 
69 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.35 
 
 
69 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
67 aa  89.4  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04812  hypothetical protein  65.57 
 
 
61 aa  87.8  4e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
69 aa  88.2  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
69 aa  87.8  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  60.61 
 
 
69 aa  87.4  6e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 
69 aa  87.4  6e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
69 aa  87.4  6e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 
69 aa  87.4  6e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 
69 aa  87.4  6e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 
69 aa  87.4  7e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3621  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
69 aa  87  8e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0652324  hitchhiker  0.000182164 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
69 aa  87  8e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
69 aa  87  8e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
69 aa  87  8e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.57 
 
 
71 aa  87  8e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 
69 aa  87  8e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  65.08 
 
 
69 aa  86.7  9e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.57 
 
 
71 aa  86.7  1e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.88 
 
 
69 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.908302 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  64.06 
 
 
69 aa  86.7  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
68 aa  85.5  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
68 aa  85.5  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 
68 aa  85.9  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
68 aa  85.5  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
71 aa  85.9  2e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  60.61 
 
 
70 aa  86.3  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2354  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.09 
 
 
70 aa  85.9  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.895038  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  60.94 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
68 aa  85.9  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51840  cold-shock protein  60.32 
 
 
204 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.192967  hitchhiker  0.0041484 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3308  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.9 
 
 
66 aa  84.7  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515158  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4547  cold-shock protein  60.32 
 
 
203 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  54.41 
 
 
165 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
69 aa  84.7  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2017  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.9 
 
 
65 aa  85.1  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.679038  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.35 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1894  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.49 
 
 
66 aa  84.7  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00218073  hitchhiker  0.000840233 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.46 
 
 
66 aa  84.7  4e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  63.08 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2186  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.97 
 
 
73 aa  84.7  4e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.541208  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0374  cold-shock DNA-binding domain protein  59.09 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000381403  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.3 
 
 
66 aa  84.7  4e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000279167  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.97 
 
 
73 aa  84.7  4e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.29 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4356  cold-shock DNA-binding protein family protein  65 
 
 
66 aa  84.7  4e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.184389 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  58.46 
 
 
66 aa  84.7  4e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1274  cold shock domain family protein  60 
 
 
70 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
70 aa  84.3  5e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1094  cold-shock protein, DNA-binding  58.46 
 
 
70 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00306206  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01731  hypothetical protein  57.81 
 
 
68 aa  84.3  5e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  64.06 
 
 
67 aa  84.3  5e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17950  Cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.73 
 
 
69 aa  84  6e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140008  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1263  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.73 
 
 
205 aa  84  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18948  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  63.08 
 
 
70 aa  84  6e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 
67 aa  84.3  6e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
65 aa  84  6e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 
67 aa  84  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0990  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.46 
 
 
70 aa  84  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0731178  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.93 
 
 
66 aa  84  7e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
NC_008009  Acid345_4519  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.32 
 
 
66 aa  84  7e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
69 aa  83.6  8e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
69 aa  83.6  8e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
69 aa  83.6  8e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.93 
 
 
65 aa  83.6  8e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  56.92 
 
 
66 aa  83.6  9e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 
67 aa  83.6  9e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.09 
 
 
70 aa  83.6  9e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  60 
 
 
70 aa  83.6  9e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1911  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.07 
 
 
70 aa  83.6  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000206161  normal  0.143594 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0207  cold-shock domain-contain protein  60.32 
 
 
66 aa  82.8  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000092661  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4209  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.68 
 
 
197 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  58.73 
 
 
70 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  58.73 
 
 
66 aa  83.2  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3079  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.52 
 
 
70 aa  82.8  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000105073  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2949  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.88 
 
 
69 aa  82.8  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000763354  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.32 
 
 
66 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0644  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.32 
 
 
66 aa  82.4  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000253244  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4415  cold-shock DNA-binding protein  59.68 
 
 
200 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0245079  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.68 
 
 
67 aa  82.4  0.000000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>