More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_3079 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008576  Mmc1_3079  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
70 aa  141  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000105073  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1911  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.71 
 
 
70 aa  113  7.999999999999999e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000206161  normal  0.143594 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.29 
 
 
69 aa  94  6e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.29 
 
 
69 aa  92.8  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  61.43 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 
68 aa  92.4  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 
68 aa  92.4  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  61.43 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.43 
 
 
69 aa  90.5  8e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  62.69 
 
 
69 aa  90.1  9e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1336  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
68 aa  89.7  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1045  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.396466  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0988  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1049  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  58.57 
 
 
69 aa  89  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.86 
 
 
69 aa  88.6  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 
68 aa  89  2e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3366  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 
67 aa  89  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.57 
 
 
69 aa  88.6  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.43 
 
 
69 aa  89  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2536  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.86 
 
 
69 aa  89  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.532819  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0279  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
68 aa  89  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3652  cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.43 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.86 
 
 
69 aa  88.6  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
68 aa  88.2  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
67 aa  88.6  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
69 aa  87.8  4e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  60 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 
68 aa  87.8  5e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1085  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 
69 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0927739  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 
67 aa  87.4  6e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3621  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.43 
 
 
69 aa  87  7e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0652324  hitchhiker  0.000182164 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  57.14 
 
 
69 aa  87.4  7e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
69 aa  87.4  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
69 aa  87.4  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
69 aa  87  8e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 
67 aa  87  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  62.86 
 
 
69 aa  87  9e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 
68 aa  86.3  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3176  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
67 aa  86.7  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
66 aa  86.7  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000279167  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1894  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.15 
 
 
66 aa  86.7  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00218073  hitchhiker  0.000840233 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  55.71 
 
 
70 aa  86.3  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0752  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.13 
 
 
67 aa  86.7  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000576972  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2869  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
67 aa  86.7  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0181409  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
69 aa  86.3  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 
69 aa  85.5  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.35 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.57 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  69.35 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  69.35 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.35 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4477  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 
67 aa  86.3  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  61.43 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  64.06 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1846  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.57 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.174737  normal  0.594257 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 
71 aa  85.5  3e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2133  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.57 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.415341  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.57 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
68 aa  85.1  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
70 aa  84.7  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  52.86 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1840  cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 
70 aa  84.7  4e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1274  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.13 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  66.13 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0114675  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2627  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 
66 aa  84.7  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368791  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2588  cold-shock DNA-binding domain protein  66.13 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.110334  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  55.71 
 
 
70 aa  84.3  5e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1715  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 
69 aa  84.3  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
68 aa  84.3  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
68 aa  84.3  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  59.38 
 
 
69 aa  84.3  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
71 aa  84  6e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  64.62 
 
 
69 aa  84  7e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.14 
 
 
71 aa  84  7e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17950  Cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.71 
 
 
69 aa  84  7e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140008  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  59.42 
 
 
70 aa  84  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0221  cold-shock DNA-binding domain protein  55.71 
 
 
70 aa  84  7e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
69 aa  84  7e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
69 aa  84  7e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  58.57 
 
 
70 aa  84  7e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
69 aa  84  7e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
68 aa  84  7e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
71 aa  83.6  8e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1094  cold-shock protein, DNA-binding  62.32 
 
 
70 aa  83.6  8e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00306206  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0590  cold-shock protein  65.57 
 
 
67 aa  83.6  8e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.000832642  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0742  cold-shock DNA-binding domain protein  65.57 
 
 
67 aa  83.6  8e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.0000000000219995  unclonable  0.0000000000274746 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  64.06 
 
 
67 aa  83.6  9e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  64.06 
 
 
67 aa  83.6  9e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  58.57 
 
 
70 aa  83.6  9e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>