More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4233 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
70 aa  142  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0990  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  95.65 
 
 
70 aa  135  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0731178  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  94.03 
 
 
165 aa  134  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  92.75 
 
 
69 aa  133  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.908302 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  87.14 
 
 
70 aa  130  9e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  87.14 
 
 
70 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1879  cold-shock DNA-binding domain protein  88.57 
 
 
70 aa  129  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1094  cold-shock protein, DNA-binding  87.14 
 
 
70 aa  126  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00306206  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1274  cold shock domain family protein  87.14 
 
 
70 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  86.36 
 
 
70 aa  122  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  81.82 
 
 
69 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  81.82 
 
 
69 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  78.26 
 
 
69 aa  117  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  78.26 
 
 
69 aa  116  9e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  78.26 
 
 
69 aa  116  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17950  Cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.91 
 
 
69 aa  114  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140008  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1128  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 
69 aa  113  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4313  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 
69 aa  113  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.91 
 
 
69 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2186  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.61 
 
 
73 aa  111  3e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.541208  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.61 
 
 
73 aa  111  3e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  72.46 
 
 
69 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  72.46 
 
 
69 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.46 
 
 
69 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1099  cold-shock domain-contain protein  72.06 
 
 
69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0660556  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1139  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.06 
 
 
69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159877  normal  0.955199 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  76.12 
 
 
69 aa  108  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00399  major cold shock protein  80.33 
 
 
61 aa  105  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2160  cold-shock protein, DNA-binding  72.46 
 
 
70 aa  104  5e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233344  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2376  cold shock domain family protein  71.01 
 
 
70 aa  102  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.85246  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1523  cold shock protein  69.57 
 
 
69 aa  100  9e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00439829  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  66.67 
 
 
69 aa  100  9e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  72.06 
 
 
70 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.06 
 
 
70 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.06 
 
 
70 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3483  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.59 
 
 
70 aa  99  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207055  normal  0.0338515 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1929  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.59 
 
 
70 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237274  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  69.7 
 
 
69 aa  97.8  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
69 aa  97.8  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  65.22 
 
 
69 aa  97.1  7e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  68.18 
 
 
69 aa  96.7  9e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  68.18 
 
 
69 aa  96.7  9e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04812  hypothetical protein  73.77 
 
 
61 aa  95.1  3e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
71 aa  94.4  5e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 
71 aa  94  6e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 
71 aa  94  7e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  63.64 
 
 
69 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
69 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.35 
 
 
66 aa  92.8  1e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 
68 aa  92.8  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.88 
 
 
68 aa  92.8  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
69 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
67 aa  92.8  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19776  normal  0.285903 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.71 
 
 
70 aa  92.8  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2949  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000763354  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
69 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 
68 aa  91.7  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1085  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.64 
 
 
69 aa  92  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0927739  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1110  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 
69 aa  91.7  3e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0603017  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2536  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.32 
 
 
69 aa  91.7  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.532819  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4356  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.08 
 
 
66 aa  92  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.184389 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3093  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.71 
 
 
72 aa  91.3  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.475725  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  63.77 
 
 
70 aa  90.9  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.32 
 
 
69 aa  90.9  6e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00215125  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  64.62 
 
 
69 aa  90.1  8e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
69 aa  90.1  8e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4519  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
66 aa  90.1  8e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
69 aa  90.1  8e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
69 aa  90.1  8e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
69 aa  89.4  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0207  cold-shock domain-contain protein  68.85 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000092661  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4951  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
67 aa  90.1  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0530166  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  62.86 
 
 
70 aa  89.7  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
69 aa  89.4  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
69 aa  89.4  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  64.62 
 
 
69 aa  90.1  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0555  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.82 
 
 
155 aa  89.7  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.804868  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
69 aa  89.4  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1846  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.52 
 
 
69 aa  88.6  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.174737  normal  0.594257 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.13 
 
 
66 aa  89  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  60 
 
 
70 aa  89.4  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  57.97 
 
 
69 aa  89  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.08 
 
 
68 aa  89  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2133  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.52 
 
 
69 aa  88.6  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.415341  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2222  cold-shock DNA-binding domain protein  67.74 
 
 
66 aa  88.6  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2005  cold-shock DNA-binding domain protein  67.74 
 
 
66 aa  88.6  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1727900000000003e-24 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297742  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.21 
 
 
66 aa  88.2  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
69 aa  88.6  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.21 
 
 
70 aa  88.2  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.44614  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0742  cold-shock DNA-binding domain protein  67.74 
 
 
67 aa  88.2  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.0000000000219995  unclonable  0.0000000000274746 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3392  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
68 aa  87.8  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0679  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 
68 aa  87.8  4e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.233328  normal  0.774201 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
68 aa  87.8  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 
69 aa  87.8  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0590  cold-shock protein  67.74 
 
 
67 aa  88.2  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.000832642  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>