More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_3065 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_3065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
66 aa  133  6.0000000000000005e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000279167  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2806  cold shock proteins  78.12 
 
 
85 aa  106  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.72104e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  72.73 
 
 
66 aa  105  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.76 
 
 
66 aa  102  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
NC_007498  Pcar_0778  cold shock proteins  68.18 
 
 
66 aa  99.4  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726747  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0645  cold-shock DNA-binding domain protein  73.44 
 
 
66 aa  98.6  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155303  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.6 
 
 
66 aa  99  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4020  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 
66 aa  99.4  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0207  cold-shock domain-contain protein  69.7 
 
 
66 aa  98.2  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000092661  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0658  cold-shock DNA-binding domain protein  73.44 
 
 
66 aa  98.2  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.18008e-25 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  72.73 
 
 
66 aa  98.2  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  72.73 
 
 
66 aa  97.1  7e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  63.64 
 
 
66 aa  96.7  9e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2370  cold shock proteins  66.67 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.71289e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0191  cold-shock domain-contain protein  70.31 
 
 
66 aa  95.5  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3185  cold-shock DNA-binding domain protein  76.19 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000997397  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2005  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1727900000000003e-24 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0237  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.7 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000692047  hitchhiker  0.0000000000000296416 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1391  cold-shock DNA-binding domain protein  71.21 
 
 
66 aa  95.5  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000857842  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1077  cold-shock DNA-binding domain protein  76.19 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27833e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2222  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  69.84 
 
 
66 aa  95.1  3e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2891  cold-shock DNA-binding domain protein  71.21 
 
 
66 aa  95.1  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.87323e-28 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
68 aa  94.7  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
68 aa  95.1  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  66.67 
 
 
69 aa  95.1  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
69 aa  95.1  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
69 aa  95.1  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
69 aa  95.1  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
68 aa  95.1  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
69 aa  95.1  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
68 aa  94.7  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
70 aa  95.1  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.44614  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
69 aa  95.1  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
69 aa  95.1  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
69 aa  95.1  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3308  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
66 aa  95.1  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515158  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0581  cold-shock domain-contain protein  71.43 
 
 
66 aa  94.7  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 
68 aa  94.4  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2018  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 
66 aa  94.4  4e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000024802  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
69 aa  94.7  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3009  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 
66 aa  94.4  5e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000338094  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  66.67 
 
 
69 aa  94.4  5e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1266  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.02 
 
 
66 aa  94  6e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.7573e-18  decreased coverage  0.00000000000100442 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
68 aa  94  6e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.9 
 
 
68 aa  92.8  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1905  cold shock domain-contain protein  71.43 
 
 
66 aa  92.4  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00000974395  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3711  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
66 aa  92  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000509741  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3621  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.49 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0652324  hitchhiker  0.000182164 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0557  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  61.54 
 
 
69 aa  92  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2627  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368791  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
65 aa  91.7  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000689795  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
68 aa  91.3  4e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  69.84 
 
 
68 aa  91.3  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
66 aa  91.7  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000494956  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1502  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
68 aa  91.3  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.683183 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 
66 aa  90.9  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.49 
 
 
69 aa  91.3  5e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.9 
 
 
68 aa  91.3  5e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
69 aa  90.5  6e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.49 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
66 aa  90.5  8e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0279  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
68 aa  90.1  9e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2724  cold-shock DNA-binding domain protein  65.08 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.720009  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2630  cold-shock DNA-binding domain protein  65.08 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.681724  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1235  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.08 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3186  cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000014796  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
69 aa  89  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 
75 aa  89  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000214016  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  63.93 
 
 
83 aa  89  2e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.62 
 
 
66 aa  89.4  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
66 aa  88.6  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1465  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 
67 aa  89  2e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.359616  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.9 
 
 
69 aa  89  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 
67 aa  89  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
66 aa  89  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
66 aa  88.2  3e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  59.09 
 
 
69 aa  88.6  3e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  61.9 
 
 
68 aa  88.2  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1523  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.33 
 
 
66 aa  88.2  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.478782  normal  0.638647 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.21 
 
 
69 aa  88.6  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
67 aa  88.6  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0979697  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
69 aa  87.8  4e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  65.62 
 
 
66 aa  87.8  4e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 
65 aa  87.8  4e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  65.62 
 
 
66 aa  87.4  5e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  65.62 
 
 
66 aa  87.4  5e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  65.62 
 
 
66 aa  87.4  5e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  59.7 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  65.62 
 
 
66 aa  87.4  5e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  65.62 
 
 
66 aa  87.4  5e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
67 aa  87.4  5e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.73 
 
 
66 aa  87.4  5e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  65.62 
 
 
66 aa  87.4  5e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  65.62 
 
 
66 aa  87.4  5e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  65.62 
 
 
66 aa  87.4  5e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  64.06 
 
 
67 aa  87.4  5e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>