More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2370 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_2370  cold shock proteins  100 
 
 
66 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.71289e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  72.73 
 
 
66 aa  105  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2806  cold shock proteins  73.85 
 
 
85 aa  102  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.72104e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.31 
 
 
66 aa  99.4  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0645  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 
66 aa  98.6  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155303  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0778  cold shock proteins  69.7 
 
 
66 aa  98.2  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726747  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0658  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 
66 aa  98.2  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.18008e-25 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1523  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
66 aa  97.4  6e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.478782  normal  0.638647 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  70.31 
 
 
67 aa  97.1  7e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  70.31 
 
 
67 aa  97.1  7e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
69 aa  96.7  9e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000279167  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  62.12 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
69 aa  95.9  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  68.75 
 
 
67 aa  95.9  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  68.75 
 
 
67 aa  95.9  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  68.75 
 
 
67 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
69 aa  95.9  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
69 aa  95.5  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  68.75 
 
 
65 aa  95.9  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.75 
 
 
65 aa  95.5  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 
67 aa  95.9  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.08 
 
 
69 aa  95.9  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  68.75 
 
 
67 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
68 aa  95.9  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  68.75 
 
 
65 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  68.75 
 
 
65 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0581  cold-shock domain-contain protein  66.15 
 
 
66 aa  95.1  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3186  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
67 aa  95.1  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000014796  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.49 
 
 
69 aa  95.1  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
69 aa  95.1  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
69 aa  94.7  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
65 aa  93.6  7e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
68 aa  93.6  8e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  63.64 
 
 
66 aa  93.2  9e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
66 aa  93.2  9e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.35 
 
 
65 aa  93.6  9e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0279  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
68 aa  93.6  9e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
69 aa  93.2  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
NC_009483  Gura_3711  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
66 aa  92.8  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000509741  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
65 aa  92.8  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
66 aa  92.8  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
68 aa  93.2  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0557  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
67 aa  92.8  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
67 aa  92  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  65.08 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
83 aa  91.7  3e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1266  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.15 
 
 
66 aa  92  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.7573e-18  decreased coverage  0.00000000000100442 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.9 
 
 
68 aa  91.7  3e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
69 aa  91.7  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1905  cold shock domain-contain protein  69.23 
 
 
66 aa  91.3  4e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00000974395  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
68 aa  91.3  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 
66 aa  91.7  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  62.12 
 
 
66 aa  91.3  4e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  61.9 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  62.12 
 
 
66 aa  90.5  7e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1336  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
68 aa  90.5  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.32 
 
 
68 aa  90.5  7e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1391  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 
66 aa  90.1  8e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000857842  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05490  putative cold-shock DNA-binding domain protein  65.08 
 
 
68 aa  90.1  8e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.94484e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1502  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 
68 aa  90.1  9e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.683183 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1085  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.9 
 
 
69 aa  90.1  9e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0927739  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1587  cold-shock DNA-binding protein family  62.12 
 
 
66 aa  90.1  9e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000012511  unclonable  7.72165e-24 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2146  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 
66 aa  90.1  9e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1264  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000176373  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1327  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
65 aa  89.4  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00843058  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1512  cold shock protein CspB  64.06 
 
 
65 aa  89.4  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0532666  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1484  cold shock protein  64.06 
 
 
65 aa  89.4  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00463121  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4020  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1077  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
66 aa  89.4  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27833e-32 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1629  cold shock protein CspB  64.06 
 
 
65 aa  89.4  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.54 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3185  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
66 aa  89.4  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000997397  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  60.32 
 
 
69 aa  89  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
67 aa  88.6  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.54 
 
 
66 aa  89.4  2e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
68 aa  89  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 
67 aa  89  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
68 aa  89  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2891  cold-shock DNA-binding domain protein  59.09 
 
 
66 aa  89  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.87323e-28 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
68 aa  89  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
68 aa  89  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 
65 aa  89  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 
65 aa  89  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
67 aa  89  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0979697  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  89  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3308  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 
66 aa  89  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515158  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  89  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
66 aa  89  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
69 aa  88.6  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1720  cold shock protein CspB  64.06 
 
 
65 aa  88.2  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.146917  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  63.33 
 
 
69 aa  88.6  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
69 aa  88.6  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
69 aa  88.6  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1771  cold shock protein CspB  64.06 
 
 
65 aa  88.2  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.674817  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2955  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
68 aa  88.6  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
69 aa  88.6  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>