More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_1449 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
66 aa  132  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000494956  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  75.76 
 
 
66 aa  104  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2806  cold shock proteins  75.38 
 
 
85 aa  103  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.72104e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0778  cold shock proteins  71.21 
 
 
66 aa  101  4e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726747  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  72.73 
 
 
66 aa  99.8  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0557  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 
67 aa  99.4  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  71.21 
 
 
66 aa  98.6  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.85 
 
 
66 aa  98.6  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0645  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 
66 aa  98.2  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155303  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0658  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 
66 aa  97.8  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.18008e-25 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4020  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 
66 aa  97.8  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 
66 aa  97.8  5e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000689795  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 
68 aa  97.4  6e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3186  cold-shock DNA-binding domain protein  71.21 
 
 
67 aa  97.4  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000014796  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
67 aa  96.7  9e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000164882  normal  0.415354 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0207  cold-shock domain-contain protein  68.18 
 
 
66 aa  96.7  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000092661  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 
66 aa  95.9  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
NC_012918  GM21_1502  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
68 aa  96.3  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.683183 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3711  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000509741  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3009  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
66 aa  95.5  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000338094  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
67 aa  95.9  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0979697  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3308  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515158  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1264  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
66 aa  95.1  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000176373  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
67 aa  94.7  4e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2146  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
66 aa  94.7  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2627  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
66 aa  94.4  5e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368791  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  94  6e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1077  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 
66 aa  94  6e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27833e-32 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  94  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  94  6e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  67.69 
 
 
66 aa  94  6e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  94  6e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  67.69 
 
 
66 aa  94  6e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  94  6e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  94  6e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  94  6e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3185  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 
66 aa  94  6e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000997397  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
66 aa  94  7e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
69 aa  93.6  8e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  63.64 
 
 
66 aa  93.6  8e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
66 aa  93.6  8e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0733  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
67 aa  93.2  9e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000585148  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0191  cold-shock domain-contain protein  66.15 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
68 aa  93.2  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1391  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000857842  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
66 aa  92.8  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0581  cold-shock domain-contain protein  67.69 
 
 
66 aa  92.4  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1905  cold shock domain-contain protein  69.23 
 
 
66 aa  92.8  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00000974395  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1523  cold shock protein  66.67 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00439829  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0237  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.64 
 
 
66 aa  92.4  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000692047  hitchhiker  0.0000000000000296416 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1266  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.15 
 
 
66 aa  92.4  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.7573e-18  decreased coverage  0.00000000000100442 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2891  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 
66 aa  92.4  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.87323e-28 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
66 aa  92.4  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
66 aa  92.4  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
68 aa  91.7  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2005  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 
66 aa  91.3  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1727900000000003e-24 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  61.54 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
66 aa  91.7  4e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000279167  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2222  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 
66 aa  91.3  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  68.75 
 
 
70 aa  90.9  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2017  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.19 
 
 
65 aa  90.9  5e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.679038  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
65 aa  90.5  6e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0855  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 
67 aa  90.9  6e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000708983  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1336  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 
68 aa  90.9  6e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  64.06 
 
 
70 aa  90.5  7e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  69.84 
 
 
67 aa  90.1  8e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2257  cold shock protein CspA  69.84 
 
 
67 aa  90.1  8e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000681816  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  69.84 
 
 
67 aa  90.1  8e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2177  cold shock protein  69.84 
 
 
67 aa  90.1  8e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2440  cold shock protein CspA  69.84 
 
 
67 aa  90.1  8e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.11145 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2422  cold shock protein CspA  69.84 
 
 
67 aa  90.1  8e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271714  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
66 aa  90.1  8e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2521  cold shock protein CspA  69.84 
 
 
67 aa  90.1  8e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000175758  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 
66 aa  90.1  9e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  61.9 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  66.15 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1512  cold shock protein CspB  65.62 
 
 
65 aa  89.7  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0532666  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  66.15 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  70.31 
 
 
67 aa  89.4  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  66.15 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1484  cold shock protein  65.62 
 
 
65 aa  89.7  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00463121  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  66.15 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  66.15 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3948  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  89.4  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  65.08 
 
 
69 aa  89.4  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  66.15 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1629  cold shock protein CspB  65.62 
 
 
65 aa  89.7  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  66.15 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  66.15 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 
66 aa  89  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  64.06 
 
 
69 aa  88.6  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1720  cold shock protein CspB  65.62 
 
 
65 aa  89  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.146917  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1327  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
65 aa  88.6  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00843058  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2186  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
73 aa  89  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.541208  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1771  cold shock protein CspB  65.62 
 
 
65 aa  89  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.674817  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2901  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 
66 aa  88.6  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000000581473  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2630  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
66 aa  89  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.681724  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 
66 aa  89.4  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>