More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2806 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_2806  cold shock proteins  100 
 
 
85 aa  170  5e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.72104e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  92.31 
 
 
66 aa  122  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0778  cold shock proteins  83.08 
 
 
66 aa  114  6e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726747  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0645  cold-shock DNA-binding domain protein  84.62 
 
 
66 aa  111  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155303  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3185  cold-shock DNA-binding domain protein  81.82 
 
 
66 aa  111  4.0000000000000004e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000997397  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1077  cold-shock DNA-binding domain protein  81.82 
 
 
66 aa  111  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27833e-32 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3711  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  83.08 
 
 
66 aa  111  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000509741  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0658  cold-shock DNA-binding domain protein  84.62 
 
 
66 aa  111  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.18008e-25 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  80 
 
 
66 aa  110  6e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
NC_009483  Gura_4020  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.46 
 
 
66 aa  110  9e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1391  cold-shock DNA-binding domain protein  80 
 
 
66 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000857842  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  81.54 
 
 
68 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1502  cold-shock DNA-binding domain protein  81.54 
 
 
68 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.683183 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1905  cold shock domain-contain protein  83.08 
 
 
66 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00000974395  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  80 
 
 
66 aa  108  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2891  cold-shock DNA-binding domain protein  78.46 
 
 
66 aa  107  5e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.87323e-28 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1266  cold-shock DNA-binding protein family protein  78.46 
 
 
66 aa  107  7.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.7573e-18  decreased coverage  0.00000000000100442 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0207  cold-shock domain-contain protein  75.38 
 
 
66 aa  105  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000092661  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  78.46 
 
 
66 aa  106  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.12 
 
 
66 aa  106  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000279167  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0237  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.38 
 
 
66 aa  106  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000692047  hitchhiker  0.0000000000000296416 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3308  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.92 
 
 
66 aa  106  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515158  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3009  cold-shock DNA-binding domain protein  73.85 
 
 
66 aa  105  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000338094  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.92 
 
 
66 aa  105  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0191  cold-shock domain-contain protein  72.31 
 
 
66 aa  105  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2222  cold-shock DNA-binding domain protein  73.85 
 
 
66 aa  104  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2005  cold-shock DNA-binding domain protein  73.85 
 
 
66 aa  104  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1727900000000003e-24 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0581  cold-shock domain-contain protein  75.38 
 
 
66 aa  104  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0557  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.92 
 
 
67 aa  104  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.38 
 
 
66 aa  104  5e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.79 
 
 
67 aa  103  6e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.92 
 
 
66 aa  103  7e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3186  cold-shock DNA-binding domain protein  75.38 
 
 
67 aa  103  8e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000014796  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  73.85 
 
 
66 aa  103  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2370  cold shock proteins  73.85 
 
 
66 aa  102  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.71289e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  73.85 
 
 
66 aa  103  1e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.38 
 
 
66 aa  103  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000494956  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.31 
 
 
68 aa  100  9e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  75.76 
 
 
67 aa  99.8  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  75.76 
 
 
67 aa  99.8  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.76 
 
 
67 aa  99.8  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0752  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 
67 aa  99.4  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000576972  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 
65 aa  98.6  3e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1817  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 
66 aa  97.8  5e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002542  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  67.74 
 
 
69 aa  97.4  6e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.67 
 
 
68 aa  97.1  7e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2627  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 
66 aa  97.1  7e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368791  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  73.33 
 
 
68 aa  97.1  8e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1235  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 
66 aa  96.7  9e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2630  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 
66 aa  96.7  9e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.681724  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 
67 aa  96.7  9e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0979697  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2724  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 
66 aa  96.7  9e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.720009  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  72.58 
 
 
83 aa  96.3  1e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  73.13 
 
 
67 aa  96.3  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4356  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.31 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.184389 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.13 
 
 
69 aa  95.9  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0174  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 
65 aa  95.9  2e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000215085  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  71.43 
 
 
65 aa  95.5  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1112  cold shock transcription regulator protein  66.2 
 
 
81 aa  95.1  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170415  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.84 
 
 
65 aa  95.1  3e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0761  cold-shock domain-contain protein  66.2 
 
 
81 aa  95.1  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.00000000000025188  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1523  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.25 
 
 
66 aa  95.1  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.478782  normal  0.638647 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3366  cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 
67 aa  94.4  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1894  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.31 
 
 
66 aa  94.7  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00218073  hitchhiker  0.000840233 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 
65 aa  94.4  5e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 
67 aa  94.4  5e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 
66 aa  94.4  5e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.85 
 
 
69 aa  94.4  5e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  68.85 
 
 
69 aa  94  6e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2146  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 
66 aa  94  6e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 
66 aa  94  7e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1264  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 
66 aa  94  7e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000176373  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.33 
 
 
68 aa  94  7e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.49 
 
 
69 aa  93.6  8e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.33 
 
 
68 aa  93.6  8e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 
66 aa  93.6  9e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  69.23 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  69.23 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  62.12 
 
 
69 aa  92.8  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  69.23 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  70.31 
 
 
69 aa  93.2  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  69.23 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  67.74 
 
 
69 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1251  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.791861  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.49 
 
 
69 aa  93.2  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2901  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 
66 aa  92.8  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000000581473  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  69.23 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  69.23 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  69.23 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  69.23 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  69.23 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 
67 aa  92.8  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  67.74 
 
 
69 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.13 
 
 
69 aa  93.2  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  69.84 
 
 
67 aa  92.8  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  69.84 
 
 
67 aa  92.8  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
69 aa  92  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>