More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_2200 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_2200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 66 aa  134  4e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000689795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 67 aa  101  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000164882  normal  0.415354 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0733  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 		 67 aa  101  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000585148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0979697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 		 66 aa  97.8  5e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000494956  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0778  cold shock proteins  63.64 
 
 		 66 aa  93.2  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726747  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 66 aa  92.8  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  66.15 
 
 		 66 aa  92  3e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  66.15 
 
 		 66 aa  92  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  66.15 
 
 		 66 aa  92  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  66.15 
 
 		 66 aa  92  3e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  66.15 
 
 		 66 aa  92  3e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  66.15 
 
 		 66 aa  92  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 66 aa  91.7  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000279167  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  66.15 
 
 		 66 aa  92  3e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  66.15 
 
 		 66 aa  92  3e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  66.15 
 
 		 66 aa  92  3e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  62.12 
 
 		 66 aa  91.3  4e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0581  cold-shock domain-contain protein  69.23 
 
 		 66 aa  90.9  5e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2146  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 		 66 aa  90.9  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2806  cold shock proteins  64.62 
 
 		 85 aa  90.9  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.72104e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1264  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 		 66 aa  90.9  6e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000176373  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 66 aa  90.1  9e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0645  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 		 66 aa  89.7  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155303  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 66 aa  89.7  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 		 66 aa  89.7  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  59.09 
 
 		 66 aa  89  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  62.12 
 
 		 68 aa  89  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0658  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 		 66 aa  89.4  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.18008e-25 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 		 66 aa  88.2  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2387  cold shock protein CspA  65.08 
 
 		 67 aa  87.8  4e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000343372  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2236  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 		 67 aa  88.2  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000182228  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2944  cold shock protein CspA  65.08 
 
 		 67 aa  87.8  4e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000190383  hitchhiker  0.00000000328218 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1502  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 		 68 aa  87.8  5e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.683183 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 67 aa  87.8  5e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  64.62 
 
 		 66 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3711  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 		 66 aa  87.4  6e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000509741  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  64.62 
 
 		 66 aa  87.4  6e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  64.62 
 
 		 66 aa  87.4  6e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  64.62 
 
 		 66 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  64.62 
 
 		 66 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  64.62 
 
 		 66 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  64.62 
 
 		 66 aa  87.4  6e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 		 66 aa  87.4  6e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  64.62 
 
 		 66 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2370  cold shock proteins  63.64 
 
 		 66 aa  87  7e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.71289e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0174  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.54 
 
 		 65 aa  87  8e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000215085  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 66 aa  86.3  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1266  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.08 
 
 		 66 aa  86.7  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.7573e-18  decreased coverage  0.00000000000100442 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0557  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 		 67 aa  86.7  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  64.62 
 
 		 66 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2869  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.54 
 
 		 67 aa  86.7  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0181409  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 		 67 aa  86.3  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  65.08 
 
 		 67 aa  85.9  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2257  cold shock protein CspA  65.08 
 
 		 67 aa  85.9  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000681816  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2440  cold shock protein CspA  65.08 
 
 		 67 aa  85.9  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.11145 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  65.08 
 
 		 67 aa  85.9  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 		 69 aa  85.5  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2177  cold shock protein  65.08 
 
 		 67 aa  85.9  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2422  cold shock protein CspA  65.08 
 
 		 67 aa  85.9  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271714  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2521  cold shock protein CspA  65.08 
 
 		 67 aa  85.9  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000175758  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 		 66 aa  85.5  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.08 
 
 		 67 aa  85.5  2e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1905  cold shock domain-contain protein  61.54 
 
 		 66 aa  84.7  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00000974395  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  62.32 
 
 		 165 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0493  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 		 66 aa  85.1  3e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.156279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3185  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 		 66 aa  85.1  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000997397  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 		 66 aa  85.1  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 		 66 aa  85.1  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1817  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 		 66 aa  85.1  3e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1077  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 		 66 aa  85.1  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27833e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  59.09 
 
 		 66 aa  84.7  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0384  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 		 67 aa  84.7  4e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 		 67 aa  84.7  4e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  65.08 
 
 		 69 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0555  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 		 66 aa  84.3  4e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705321  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 		 94 aa  84.7  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  65.08 
 
 		 69 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  59.09 
 
 		 66 aa  84.7  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0207  cold-shock domain-contain protein  59.09 
 
 		 66 aa  84.3  5e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000092661  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 		 65 aa  84.3  5e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10670  cold-shock DNA-binding protein family  61.19 
 
 		 67 aa  84.3  6e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00582905  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1440  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.82 
 
 		 67 aa  84  6e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.09 
 
 		 66 aa  84  7e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 		 68 aa  84  7e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1512  cold shock protein CspB  59.38 
 
 		 65 aa  83.6  8e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0532666  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1484  cold shock protein  59.38 
 
 		 65 aa  83.6  8e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00463121  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1629  cold shock protein CspB  59.38 
 
 		 65 aa  83.6  8e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1666  cold shock protein CspB  59.38 
 
 		 65 aa  83.6  8e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  56.72 
 
 		 67 aa  83.6  8e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3679  cold shock protein CspB  59.38 
 
 		 65 aa  83.6  8e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.844549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3308  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 		 66 aa  83.6  8e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515158  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1720  cold shock protein CspB  59.38 
 
 		 65 aa  83.6  9e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.146917  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 		 67 aa  83.6  9e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1474  cold shock protein  59.38 
 
 		 65 aa  83.6  9e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.259968  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1771  cold shock protein CspB  59.38 
 
 		 65 aa  83.6  9e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.674817  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 		 67 aa  83.6  9e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2005  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 		 66 aa  83.6  9e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1727900000000003e-24 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2222  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 		 66 aa  83.6  9e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>