More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4415 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4415  cold-shock DNA-binding protein  100 
 
 		 200 aa  403  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0245079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51840  cold-shock protein  63.73 
 
 		 204 aa  249  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.192967  hitchhiker  0.0041484 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4209  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.33 
 
 		 197 aa  248  4e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4547  cold-shock protein  63.05 
 
 		 203 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.32 
 
 		 197 aa  229  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.267087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4006  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.34 
 
 		 197 aa  214  5e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1263  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.84 
 
 		 205 aa  208  5e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18948  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3984  cold shock domain family protein  98.63 
 
 		 73 aa  154  6e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.231003  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1403  cold-shock protein, DNA-binding  98.63 
 
 		 73 aa  154  6e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.861967  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1209  cold-shock domain-contain protein  76.92 
 
 		 91 aa  144  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.953881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.06 
 
 		 69 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.59 
 
 		 69 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  74.24 
 
 		 69 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  74.24 
 
 		 69 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  67.65 
 
 		 69 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.65 
 
 		 69 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.65 
 
 		 69 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  71.21 
 
 		 69 aa  109  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0555  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.13 
 
 		 155 aa  105  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.804868  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1085  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.71 
 
 		 69 aa  104  7e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0927739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.21 
 
 		 71 aa  103  1e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 		 71 aa  104  1e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2536  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.12 
 
 		 69 aa  103  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.532819  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1110  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.12 
 
 		 69 aa  100  1e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0603017  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 71 aa  100  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2556  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.97 
 
 		 179 aa  100  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115723  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  63.64 
 
 		 69 aa  94  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  63.64 
 
 		 69 aa  94  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  60.61 
 
 		 69 aa  93.6  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.76 
 
 		 69 aa  93.2  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.29 
 
 		 69 aa  92.4  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 156 aa  92  5e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.835969 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  62.32 
 
 		 70 aa  92  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  59.7 
 
 		 69 aa  91.7  6e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.82 
 
 		 69 aa  91.3  8e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  62.12 
 
 		 69 aa  91.3  8e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  62.32 
 
 		 70 aa  91.3  8e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2949  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.82 
 
 		 69 aa  90.9  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000763354  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  62.12 
 
 		 69 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 		 69 aa  90.9  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.82 
 
 		 69 aa  90.9  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  62.12 
 
 		 69 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 		 69 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.35 
 
 		 69 aa  89.7  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  60.61 
 
 		 69 aa  90.1  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  60.29 
 
 		 70 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.82 
 
 		 69 aa  89.7  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  62.12 
 
 		 70 aa  90.1  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1794  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.75 
 
 		 75 aa  90.1  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000283022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.35 
 
 		 69 aa  90.1  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 		 70 aa  90.1  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  60.61 
 
 		 69 aa  89.7  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 		 69 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.29 
 
 		 68 aa  89.7  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  60.29 
 
 		 69 aa  89.7  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.88 
 
 		 69 aa  88.6  6e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 		 68 aa  88.2  7e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  58.73 
 
 		 68 aa  88.2  8e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2908  hypothetical protein  64.29 
 
 		 71 aa  88.2  8e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.73 
 
 		 66 aa  88.2  8e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.35 
 
 		 69 aa  88.2  8e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 		 70 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.32 
 
 		 68 aa  87.4  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4313  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 		 69 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1128  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 		 69 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17950  Cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 		 69 aa  87.4  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140008  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 		 170 aa  87  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4356  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.29 
 
 		 66 aa  87.4  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.184389 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  60.32 
 
 		 69 aa  87  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.73 
 
 		 68 aa  87  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2762  hypothetical protein  62.86 
 
 		 71 aa  86.7  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.29 
 
 		 66 aa  87  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  60.32 
 
 		 69 aa  87  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1274  cold shock domain family protein  58.82 
 
 		 70 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1336  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.32 
 
 		 68 aa  86.3  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1094  cold-shock protein, DNA-binding  57.35 
 
 		 70 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00306206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  57.58 
 
 		 69 aa  85.9  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00522  cold shock protein  60.61 
 
 		 69 aa  86.3  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1099  cold-shock domain-contain protein  57.58 
 
 		 69 aa  85.9  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0660556  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1077  cold-shock DNA-binding domain protein  63.33 
 
 		 66 aa  85.5  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27833e-32 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.97 
 
 		 70 aa  85.5  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3185  cold-shock DNA-binding domain protein  63.33 
 
 		 66 aa  85.5  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000997397  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1139  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.58 
 
 		 69 aa  85.9  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159877  normal  0.955199 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.33 
 
 		 66 aa  85.9  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  56.06 
 
 		 165 aa  85.5  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2160  cold-shock protein, DNA-binding  58.57 
 
 		 70 aa  85.5  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4020  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.67 
 
 		 66 aa  85.5  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 		 67 aa  85.5  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.72 
 
 		 69 aa  85.1  6e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1878  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.45 
 
 		 66 aa  85.1  7e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.38 
 
 		 65 aa  85.1  7e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.3 
 
 		 65 aa  85.1  7e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0581  cold-shock domain-contain protein  57.14 
 
 		 66 aa  84.7  8e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  55.56 
 
 		 66 aa  84.7  8e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3711  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.67 
 
 		 66 aa  84.7  8e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000509741  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 		 66 aa  84.7  8e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4519  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.94 
 
 		 66 aa  84.7  8e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1879  cold-shock DNA-binding domain protein  57.58 
 
 		 70 aa  84  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0279  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.06 
 
 		 68 aa  84  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 		 66 aa  84  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>