More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_1911 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008576  Mmc1_1911  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 		 70 aa  143  9e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000206161  normal  0.143594 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3079  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.71 
 
 		 70 aa  113  7.999999999999999e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000105073  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2869  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.43 
 
 		 67 aa  93.6  7e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0181409  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  60 
 
 		 69 aa  91.3  4e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0531  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 		 70 aa  90.5  6e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0526  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 		 70 aa  90.5  6e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0898507  hitchhiker  0.00873644 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.57 
 
 		 69 aa  89.4  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.57 
 
 		 69 aa  88.6  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3652  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 		 67 aa  88.2  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1085  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.43 
 
 		 69 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0927739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  57.14 
 
 		 70 aa  88.6  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 		 68 aa  88.2  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 		 71 aa  88.2  4e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  57.14 
 
 		 70 aa  88.2  4e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.57 
 
 		 69 aa  87.4  5e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 		 68 aa  87.4  5e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 		 68 aa  87.4  6e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1250  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.56 
 
 		 71 aa  87  7e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.124236  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 		 67 aa  87  7e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.54507  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2762  hypothetical protein  61.97 
 
 		 71 aa  87  8e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  59.42 
 
 		 70 aa  87  8e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 		 67 aa  87  8e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 		 70 aa  86.7  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 		 69 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  60 
 
 		 69 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 		 68 aa  86.3  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 		 69 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2908  hypothetical protein  61.97 
 
 		 71 aa  86.7  1e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1846  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.14 
 
 		 69 aa  86.7  1e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.174737  normal  0.594257 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  57.14 
 
 		 70 aa  86.3  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2133  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 		 69 aa  86.7  1e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.415341  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  59.38 
 
 		 69 aa  86.7  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2904  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.56 
 
 		 71 aa  86.3  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0532076  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  63.49 
 
 		 67 aa  86.3  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  59.7 
 
 		 68 aa  86.7  1e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0384  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 		 67 aa  85.5  2e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 		 69 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  60.94 
 
 		 67 aa  85.9  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 		 66 aa  85.5  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000279167  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1336  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 		 68 aa  85.5  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.57 
 
 		 69 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3948  cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 		 67 aa  84.7  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  57.81 
 
 		 69 aa  85.1  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  57.81 
 
 		 69 aa  85.1  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  52.86 
 
 		 69 aa  84.7  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 		 68 aa  85.1  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  59.38 
 
 		 69 aa  85.1  3e-16  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2536  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.43 
 
 		 69 aa  85.1  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.532819  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  57.81 
 
 		 69 aa  85.1  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  64.06 
 
 		 67 aa  84.7  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 		 67 aa  84.7  4e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.71 
 
 		 70 aa  84.7  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  58.57 
 
 		 69 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0166  major cold shock protein  57.14 
 
 		 70 aa  84.7  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  57.81 
 
 		 67 aa  84.3  4e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  58.57 
 
 		 69 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  57.81 
 
 		 69 aa  84.7  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  54.29 
 
 		 69 aa  84.7  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1840  cold-shock DNA-binding domain protein  57.14 
 
 		 70 aa  84.7  4e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.29 
 
 		 70 aa  84.3  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0221  cold-shock DNA-binding domain protein  54.29 
 
 		 70 aa  84.3  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2949  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.71 
 
 		 69 aa  84.3  5e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000763354  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  57.81 
 
 		 69 aa  84  6e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1894  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 		 66 aa  84  6e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00218073  hitchhiker  0.000840233 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  61.19 
 
 		 70 aa  84.3  6e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  59.38 
 
 		 67 aa  84.3  6e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4077  cold-shock DNA-binding domain protein  59.38 
 
 		 67 aa  84  6e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.742445 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  58.46 
 
 		 69 aa  84  7e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 		 67 aa  84  7e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  57.14 
 
 		 70 aa  84  7e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4415  cold-shock DNA-binding protein  59.42 
 
 		 200 aa  84  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0245079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51840  cold-shock protein  62.12 
 
 		 204 aa  84  7e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.192967  hitchhiker  0.0041484 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.92 
 
 		 67 aa  84  7e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.71 
 
 		 69 aa  84  7e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.71 
 
 		 69 aa  84  7e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 		 67 aa  84  7e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  55.71 
 
 		 70 aa  83.6  8e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 		 69 aa  83.6  8e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  61.43 
 
 		 69 aa  84  8e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.71 
 
 		 69 aa  83.6  8e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 		 69 aa  84  8e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  57.58 
 
 		 69 aa  83.6  9e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0201  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.86 
 
 		 70 aa  83.6  9e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.766684  hitchhiker  0.00947065 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  55.71 
 
 		 70 aa  83.6  9e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 		 71 aa  83.6  9e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 67 aa  83.6  9e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  59.7 
 
 		 69 aa  83.6  9e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0590  cold-shock protein  65.57 
 
 		 67 aa  82.8  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.000832642  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  55.71 
 
 		 70 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  55.71 
 
 		 70 aa  82.8  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  55.71 
 
 		 70 aa  82.8  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  55.71 
 
 		 70 aa  82.8  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  57.14 
 
 		 69 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 		 71 aa  83.6  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0742  cold-shock DNA-binding domain protein  65.57 
 
 		 67 aa  82.8  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.0000000000219995  unclonable  0.0000000000274746 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  55.71 
 
 		 70 aa  82.8  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  55.38 
 
 		 67 aa  83.2  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 		 67 aa  83.2  0.000000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  55.71 
 
 		 70 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  55.71 
 
 		 70 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859989 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>