More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1263 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1263  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 		 205 aa  403  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51840  cold-shock protein  62.44 
 
 		 204 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.192967  hitchhiker  0.0041484 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4415  cold-shock DNA-binding protein  61.84 
 
 		 200 aa  230  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0245079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4547  cold-shock protein  61.79 
 
 		 203 aa  216  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4209  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.9 
 
 		 197 aa  204  7e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.91 
 
 		 197 aa  192  3e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.267087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4006  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.9 
 
 		 197 aa  181  6e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3984  cold shock domain family protein  90.14 
 
 		 73 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.231003  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1403  cold-shock protein, DNA-binding  90.14 
 
 		 73 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.861967  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1209  cold-shock domain-contain protein  77.11 
 
 		 91 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.953881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  77.27 
 
 		 69 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 		 69 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  76.56 
 
 		 69 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  76.56 
 
 		 69 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  69.7 
 
 		 69 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 		 69 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 		 69 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  76.56 
 
 		 69 aa  110  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0555  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 		 155 aa  109  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.804868  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2556  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 		 179 aa  107  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115723  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1085  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 69 aa  105  6e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0927739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.44 
 
 		 71 aa  105  6e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.44 
 
 		 71 aa  104  8e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2536  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.73 
 
 		 69 aa  103  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.532819  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 		 71 aa  100  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1110  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 		 69 aa  99.4  3e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0603017  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 		 69 aa  92.8  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2338  cold-shock DNA-binding domain protein  54.12 
 
 		 143 aa  91.7  7e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00428193  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.58 
 
 		 156 aa  91.3  8e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.835969 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  62.5 
 
 		 69 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  61.19 
 
 		 70 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  62.5 
 
 		 69 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2949  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 		 69 aa  90.1  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000763354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.52 
 
 		 66 aa  89.7  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  57.81 
 
 		 69 aa  89  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4183  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.58 
 
 		 67 aa  89  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0862888  normal  0.391924 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 		 68 aa  89.4  4e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  61.9 
 
 		 69 aa  88.6  6e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.73 
 
 		 66 aa  88.2  7e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 		 69 aa  88.6  7e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  57.58 
 
 		 68 aa  87.8  9e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.9 
 
 		 69 aa  87.8  9e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.57 
 
 		 65 aa  87.4  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  59.38 
 
 		 69 aa  87.4  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 		 68 aa  87.8  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 		 68 aa  87.8  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 		 68 aa  87.8  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 		 69 aa  87.8  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1794  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.52 
 
 		 75 aa  87.4  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000283022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.9 
 
 		 69 aa  87.4  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 		 68 aa  87.8  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4356  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.52 
 
 		 66 aa  87.4  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.184389 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  60.94 
 
 		 70 aa  87  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.58 
 
 		 69 aa  87.8  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 		 69 aa  87.8  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1878  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.68 
 
 		 66 aa  87.4  1e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  54.29 
 
 		 165 aa  87  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1094  cold-shock protein, DNA-binding  57.35 
 
 		 70 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00306206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 		 69 aa  87  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.58 
 
 		 69 aa  87  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 		 68 aa  86.7  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0581  cold-shock domain-contain protein  58.73 
 
 		 66 aa  86.3  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1274  cold shock domain family protein  58.82 
 
 		 70 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.58 
 
 		 69 aa  86.3  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  59.38 
 
 		 69 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0320  cold-shock DNA-binding protein family  62.9 
 
 		 68 aa  85.9  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.673011 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2908  hypothetical protein  62.69 
 
 		 71 aa  85.9  3e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  62.5 
 
 		 70 aa  86.3  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  60.66 
 
 		 69 aa  85.9  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  60.66 
 
 		 69 aa  85.9  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.38 
 
 		 65 aa  86.3  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  62.5 
 
 		 70 aa  86.3  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  60.94 
 
 		 69 aa  85.9  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  59.38 
 
 		 69 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 		 69 aa  85.9  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 		 69 aa  85.9  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  60.94 
 
 		 69 aa  85.9  4e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  58.46 
 
 		 68 aa  85.5  4e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 		 66 aa  85.9  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.29 
 
 		 67 aa  85.9  4e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 		 69 aa  85.9  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.67 
 
 		 66 aa  85.9  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.94 
 
 		 69 aa  85.9  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 		 69 aa  85.9  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 		 69 aa  85.9  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.94 
 
 		 69 aa  85.9  4e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.94 
 
 		 69 aa  85.9  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 		 70 aa  85.5  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2186  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.17 
 
 		 73 aa  85.5  5e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.541208  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2762  hypothetical protein  62.69 
 
 		 71 aa  85.5  5e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.17 
 
 		 73 aa  85.5  5e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.29 
 
 		 69 aa  85.5  5e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 		 69 aa  85.5  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  59.7 
 
 		 69 aa  85.5  5e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  60.29 
 
 		 69 aa  85.5  6e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 		 70 aa  85.1  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.38 
 
 		 66 aa  84.7  7e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.38 
 
 		 70 aa  85.1  7e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  61.67 
 
 		 66 aa  85.1  7e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 		 68 aa  85.1  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>