More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2160 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_2160  cold-shock protein, DNA-binding  100 
 
 
70 aa  141  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233344  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2376  cold shock domain family protein  94.2 
 
 
70 aa  134  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.85246  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3483  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  89.71 
 
 
70 aa  128  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207055  normal  0.0338515 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1929  cold-shock DNA-binding protein family protein  89.71 
 
 
70 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237274  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  89.86 
 
 
69 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  89.86 
 
 
69 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  89.86 
 
 
69 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  89.86 
 
 
69 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4313  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.71 
 
 
69 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1128  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.71 
 
 
69 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  86.76 
 
 
70 aa  124  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1099  cold-shock domain-contain protein  84.29 
 
 
69 aa  123  9e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0660556  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  85.29 
 
 
70 aa  123  9e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1139  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  84.29 
 
 
69 aa  123  9e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159877  normal  0.955199 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.29 
 
 
70 aa  123  9e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17950  Cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80 
 
 
69 aa  116  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140008  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.36 
 
 
70 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1094  cold-shock protein, DNA-binding  78.26 
 
 
70 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00306206  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  80.6 
 
 
70 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  76.81 
 
 
70 aa  108  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0990  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.91 
 
 
70 aa  107  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0731178  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1274  cold shock domain family protein  73.91 
 
 
70 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  73.91 
 
 
69 aa  106  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  73.91 
 
 
69 aa  106  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  73.53 
 
 
165 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1879  cold-shock DNA-binding domain protein  73.91 
 
 
70 aa  105  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  75 
 
 
69 aa  105  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.46 
 
 
70 aa  104  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.53 
 
 
69 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.908302 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  68.66 
 
 
70 aa  98.6  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2186  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 
73 aa  99  2e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.541208  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 
73 aa  99  2e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 
70 aa  95.9  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 
67 aa  95.9  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19776  normal  0.285903 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  65.22 
 
 
70 aa  95.9  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  66.18 
 
 
69 aa  95.1  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  64.18 
 
 
70 aa  94.4  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4951  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 
67 aa  94.7  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0530166  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  65.67 
 
 
69 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  65.67 
 
 
69 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5171  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
126 aa  93.2  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.515643  normal  0.7858 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1681  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.248337  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
70 aa  92  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.75 
 
 
68 aa  92  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 
68 aa  92  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  64.18 
 
 
70 aa  92.8  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.52 
 
 
170 aa  92  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.25 
 
 
67 aa  91.7  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00399  major cold shock protein  75 
 
 
61 aa  91.7  3e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
68 aa  92  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0221  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
70 aa  91.3  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.08 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
71 aa  91.7  4e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0679  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
68 aa  90.9  5e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.233328  normal  0.774201 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.62 
 
 
67 aa  90.9  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 
67 aa  90.5  7e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.54 
 
 
68 aa  90.5  7e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5185  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.62 
 
 
67 aa  90.1  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4356  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.19 
 
 
66 aa  90.1  8e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.184389 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  61.76 
 
 
69 aa  90.1  9e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1310  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00171676  normal  0.537383 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3093  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 
72 aa  89.7  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.475725  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  69.35 
 
 
67 aa  89.4  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215281  normal  0.985957 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  69.35 
 
 
67 aa  89.4  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1053  cold shock-like transcription regulator protein  66.15 
 
 
67 aa  89.4  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.470883  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.08 
 
 
68 aa  89  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  59.7 
 
 
70 aa  89.4  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2596  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.52 
 
 
67 aa  89  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111063  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.52 
 
 
67 aa  88.6  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.43 
 
 
71 aa  89  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4409  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.52 
 
 
67 aa  88.6  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2520  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
67 aa  87.8  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000000151269  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1112  cold shock transcription regulator protein  64.62 
 
 
81 aa  87.8  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170415  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5852  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
67 aa  87.8  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000587256  normal  0.480668 
 
 
 
NC_007651  BTH_I0761  cold-shock domain-contain protein  64.62 
 
 
81 aa  87.8  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.00000000000025188  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
67 aa  87.8  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000242015  decreased coverage  0.000000000715587 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1909  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
67 aa  87.8  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000083542  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1049  cold-shock DNA-binding domain protein  65.08 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2438  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000000180609  unclonable  0.0000000000176576 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1251  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 
67 aa  87.4  5e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.791861  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2279  cold-shock domain-contain protein  64.62 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000000000750079  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1045  cold-shock DNA-binding domain protein  65.08 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.396466  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0574  cold-shock domain-contain protein  64.62 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000358394  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.29 
 
 
71 aa  87.8  5e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0988  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.08 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1051  cold-shock domain-contain protein  64.62 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000117316  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0962  cold shock protein  64.62 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.000153995  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2568  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000063088  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0775  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150831  hitchhiker  0.000000000149768 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 
71 aa  87.8  5e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0958  cold shock protein  64.62 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000117939  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2156  cold-shock domain-contain protein  64.62 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00000351487  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2894  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
67 aa  87.4  6e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0694911  normal  0.905374 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
67 aa  87.4  7e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1291  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
67 aa  87  7e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.515471  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2936  cold-shock domain-contain protein  63.49 
 
 
67 aa  87  7e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>