More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_00399 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_00399  major cold shock protein  100 
 
 
61 aa  124  6e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  95.08 
 
 
69 aa  120  4e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1094  cold-shock protein, DNA-binding  91.67 
 
 
70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00306206  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  85.25 
 
 
70 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1274  cold shock domain family protein  86.67 
 
 
70 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  90 
 
 
70 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.25 
 
 
69 aa  111  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.908302 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  83.61 
 
 
165 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17950  Cold-shock DNA-binding domain-containing protein  81.97 
 
 
69 aa  110  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140008  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0990  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.25 
 
 
70 aa  110  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0731178  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  85.25 
 
 
70 aa  110  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  83.61 
 
 
69 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  83.61 
 
 
69 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1879  cold-shock DNA-binding domain protein  86.44 
 
 
70 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2186  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  83.61 
 
 
73 aa  109  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.541208  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  83.61 
 
 
73 aa  109  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80.33 
 
 
70 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  73.77 
 
 
69 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  73.77 
 
 
69 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  72.13 
 
 
69 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  72.13 
 
 
69 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.13 
 
 
69 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.13 
 
 
69 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04812  hypothetical protein  77.05 
 
 
61 aa  98.2  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1139  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.58 
 
 
69 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159877  normal  0.955199 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1099  cold-shock domain-contain protein  74.58 
 
 
69 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0660556  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1128  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.58 
 
 
69 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4313  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.58 
 
 
69 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.21 
 
 
71 aa  93.6  9e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2160  cold-shock protein, DNA-binding  75 
 
 
70 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233344  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  70.49 
 
 
69 aa  91.7  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  65.57 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  65.57 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  68.97 
 
 
69 aa  90.1  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1523  cold shock protein  67.21 
 
 
69 aa  89  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00439829  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2376  cold shock domain family protein  71.67 
 
 
70 aa  89  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.85246  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.3 
 
 
71 aa  89  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4951  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.35 
 
 
67 aa  88.6  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0530166  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.3 
 
 
71 aa  89  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.74 
 
 
67 aa  88.6  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19776  normal  0.285903 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.93 
 
 
69 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.21 
 
 
70 aa  87.4  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.44614  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4356  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.57 
 
 
66 aa  87  7e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.184389 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  72.13 
 
 
68 aa  86.3  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.21 
 
 
68 aa  86.3  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.13 
 
 
68 aa  86.3  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  67.21 
 
 
69 aa  86.7  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3483  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.67 
 
 
70 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207055  normal  0.0338515 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.24 
 
 
68 aa  86.7  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.57 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  70 
 
 
70 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  67.24 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.21 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  65.57 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.57 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.57 
 
 
68 aa  85.5  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  63.79 
 
 
69 aa  85.5  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1929  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.67 
 
 
70 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237274  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.57 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.57 
 
 
69 aa  85.5  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70 
 
 
70 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.21 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.21 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  67.21 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.21 
 
 
68 aa  85.1  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.93 
 
 
68 aa  85.1  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70 
 
 
70 aa  85.5  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.21 
 
 
68 aa  85.1  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  62.07 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.57 
 
 
68 aa  84.7  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.79 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.07 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.21 
 
 
68 aa  84.7  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.74 
 
 
68 aa  84.7  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.07 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  65.57 
 
 
66 aa  84.3  5e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.21 
 
 
67 aa  84.3  5e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  62.3 
 
 
69 aa  84  6e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.24 
 
 
66 aa  84  6e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  64.52 
 
 
67 aa  84  6e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4519  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.3 
 
 
66 aa  84  7e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1085  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.07 
 
 
69 aa  83.6  8e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0927739  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.93 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1112  cold shock transcription regulator protein  68.85 
 
 
81 aa  83.6  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170415  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0761  cold-shock domain-contain protein  68.85 
 
 
81 aa  83.6  9e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.00000000000025188  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2156  cold-shock domain-contain protein  67.74 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00000351487  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0574  cold-shock domain-contain protein  67.74 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000358394  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2536  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.93 
 
 
69 aa  82.8  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.532819  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1051  cold-shock domain-contain protein  67.74 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000117316  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2520  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.74 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000000151269  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2279  cold-shock domain-contain protein  67.74 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000000000750079  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2438  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.74 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000000180609  unclonable  0.0000000000176576 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0962  cold shock protein  67.74 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.000153995  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1310  cold-shock DNA-binding domain protein  64.52 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00171676  normal  0.537383 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0958  cold shock protein  67.74 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000117939  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.74 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000242015  decreased coverage  0.000000000715587 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0775  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.74 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150831  hitchhiker  0.000000000149768 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.93 
 
 
66 aa  83.2  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000494956  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1909  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.74 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000083542  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2568  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.74 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000063088  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>