More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1310 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
67 aa  137  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215281  normal  0.985957 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1310  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
67 aa  137  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00171676  normal  0.537383 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5171  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  97.01 
 
 
126 aa  135  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.515643  normal  0.7858 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5185  cold-shock DNA-binding protein family protein  97.01 
 
 
67 aa  135  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3156  cold shock-like transcription regulator protein  91.04 
 
 
67 aa  129  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.82157 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  83.58 
 
 
67 aa  119  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19776  normal  0.285903 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4951  cold-shock DNA-binding protein family protein  80.6 
 
 
67 aa  116  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0530166  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.64 
 
 
67 aa  99  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 
170 aa  99  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.64 
 
 
67 aa  98.6  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2596  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.88 
 
 
67 aa  96.7  9e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111063  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4409  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 
67 aa  96.3  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0679  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 
68 aa  96.3  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.233328  normal  0.774201 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 
67 aa  96.3  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6907  cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 
67 aa  95.5  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240211  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 
67 aa  95.9  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.312449  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.31 
 
 
77 aa  95.5  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5581  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 
67 aa  95.5  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5269  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 
67 aa  95.1  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0859722 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 
68 aa  95.1  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5798  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 
67 aa  94.7  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.992183 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3528  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  94  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00720053  normal  0.332876 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0430  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 
67 aa  94  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000180464  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 
67 aa  93.6  8e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  93.6  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7382  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
67 aa  92.8  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0708981 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
68 aa  93.2  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 
68 aa  93.2  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
67 aa  92.8  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2202  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  92  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
67 aa  92  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
68 aa  92.8  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2061  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 
67 aa  92  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.131927 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.15 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
67 aa  92  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
67 aa  92  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
71 aa  91.7  3e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4995  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833631  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0531  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.62 
 
 
70 aa  90.9  5e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0526  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
70 aa  90.9  5e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0898507  hitchhiker  0.00873644 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5816  major cold shock protein  64.18 
 
 
67 aa  91.3  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
67 aa  90.5  7e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
67 aa  90.5  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.62 
 
 
67 aa  90.5  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
67 aa  90.5  7e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  58.21 
 
 
67 aa  90.1  8e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
67 aa  90.1  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
67 aa  90.1  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
67 aa  90.1  8e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  65.15 
 
 
69 aa  90.1  9e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
67 aa  90.1  9e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0002  cold shock-like transcription regulator protein  66.15 
 
 
67 aa  90.1  9e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000106276  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4166  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 
67 aa  90.1  9e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745487  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.69 
 
 
67 aa  90.1  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3782  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 
67 aa  90.1  9e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0399631  normal  0.208523 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3895  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 
67 aa  90.1  9e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
67 aa  90.1  9e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  65.15 
 
 
69 aa  90.1  9e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2342  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2334  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.213577  normal  0.0207687 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3184  cold-shock domain-contain protein  62.69 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0476  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.528893 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2894  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0694911  normal  0.905374 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2791  cold-shock domain-contain protein  62.69 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.827238  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2160  cold-shock protein, DNA-binding  63.08 
 
 
70 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233344  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3622  cold-shock domain-contain protein  62.69 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1005  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 
67 aa  89.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5340  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.69 
 
 
83 aa  90.1  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
68 aa  89.4  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3609  cold shock transcription regulator protein  62.69 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3591  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.69 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4113  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 
67 aa  89.4  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000103179  normal  0.421912 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2936  cold-shock domain-contain protein  62.69 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1750  cold-shock domain-contain protein  62.69 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 
67 aa  89.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  unclonable  0.00000000000119944  normal  0.392298 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  63.64 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0913  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.587921  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3598  CspE-related protein  62.69 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164204  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0434  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.157399  normal  0.399503 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  64.62 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0527  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 
67 aa  89.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000000967156  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2602  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0673828  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2295  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.904352  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0503  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0408  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125835  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  59.7 
 
 
67 aa  89  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2466  cold shock-like transcription regulator protein  63.64 
 
 
67 aa  89.4  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.4868  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1053  cold shock-like transcription regulator protein  63.64 
 
 
67 aa  88.6  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.470883  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3078  cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 
67 aa  88.6  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  59.7 
 
 
67 aa  89  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  59.7 
 
 
67 aa  89  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  59.7 
 
 
67 aa  89  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5852  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.15 
 
 
67 aa  89.4  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000587256  normal  0.480668 
 
 
 
NC_008542  Bcen2424_2520  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
67 aa  89.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000000151269  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1002  cold-shock domain-contain protein  59.7 
 
 
67 aa  89  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229308  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  59.7 
 
 
67 aa  89  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  59.7 
 
 
67 aa  89  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0865  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 
67 aa  88.6  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000217633  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>