249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3103 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 186 aa  387  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  47 
 
 		 203 aa  178  2.9999999999999997e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 		 203 aa  169  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  41.01 
 
 		 219 aa  169  3e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 		 205 aa  167  6e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.55 
 
 		 219 aa  167  7e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.64 
 
 		 217 aa  167  9e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.94 
 
 		 217 aa  167  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.74 
 
 		 192 aa  165  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.15 
 
 		 204 aa  164  5e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.11 
 
 		 185 aa  164  9e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.72 
 
 		 206 aa  154  7e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.98 
 
 		 188 aa  150  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.22 
 
 		 197 aa  149  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0441  cold-shock protein, DNA-binding  38.08 
 
 		 239 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249195  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.1 
 
 		 195 aa  131  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.87 
 
 		 177 aa  117  7e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  38.12 
 
 		 168 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.39 
 
 		 193 aa  114  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1486  cold-shock protein  38.71 
 
 		 176 aa  110  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00940094  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1304  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.51 
 
 		 201 aa  103  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.366521  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3278  hypothetical protein  31.49 
 
 		 274 aa  89.7  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0154434  hitchhiker  0.000533264 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1043  hypothetical protein  68.89 
 
 		 156 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0355222  normal  0.453598 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3425  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.17 
 
 		 276 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0693  hypothetical protein  70.45 
 
 		 143 aa  79.3  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4786  putative cold-shock protein, DNA-binding  71.11 
 
 		 104 aa  76.3  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.548437  normal  0.675436 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  45.24 
 
 		 225 aa  74.7  0.0000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4616  hypothetical protein  41.77 
 
 		 231 aa  72  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.825297 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3072  cold-shock protein, DNA-binding  26.77 
 
 		 197 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3705  Excalibur domain-containing protein  40.4 
 
 		 97 aa  68.2  0.00000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  44.74 
 
 		 209 aa  66.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0396  hypothetical protein  63.41 
 
 		 134 aa  66.6  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.713289  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  44.74 
 
 		 211 aa  66.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  36 
 
 		 196 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1841  Excalibur domain protein  36.56 
 
 		 102 aa  66.6  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1911  hypothetical protein  36.67 
 
 		 87 aa  65.5  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357462  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  38.24 
 
 		 201 aa  65.1  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2336  hypothetical protein  58.54 
 
 		 111 aa  63.2  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.900928  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01686  cold shock domain protein  52.27 
 
 		 129 aa  62.8  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.711044  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47870  SNase-like protein  58.54 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  36.36 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  42.37 
 
 		 203 aa  58.2  0.00000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.56 
 
 		 237 aa  58.2  0.00000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  27.62 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  31.58 
 
 		 207 aa  57.8  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2942  prophage MuMc02, nuclease, putative  40.32 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375298  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06258  integral membrane protein  45.1 
 
 		 60 aa  53.1  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0533489  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01099  integral membrane protein  45.1 
 
 		 60 aa  53.1  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0894512  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  35.21 
 
 		 238 aa  52  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  39.71 
 
 		 240 aa  51.6  0.000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.98 
 
 		 224 aa  50.8  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4677  cold-shock DNA-binding domain protein  40.62 
 
 		 69 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.403947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.62 
 
 		 75 aa  49.3  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000214016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0850  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.79 
 
 		 68 aa  48.9  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0386  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.79 
 
 		 68 aa  48.9  0.00004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.654168  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.79 
 
 		 68 aa  48.9  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3086  cold shock protein  44.44 
 
 		 67 aa  48.5  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.21 
 
 		 205 aa  48.5  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4533  cold-shock DNA-binding domain protein  39.06 
 
 		 69 aa  48.5  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4164  cold-shock protein DNA-binding  39.06 
 
 		 69 aa  48.5  0.00006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.593748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1893  cold-shock protein DNA-binding  43.33 
 
 		 69 aa  48.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  42.86 
 
 		 67 aa  48.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5433  cold-shock DNA-binding domain protein  44.44 
 
 		 67 aa  47.8  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0949203  hitchhiker  0.00613475 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  38.1 
 
 		 68 aa  47.8  0.00009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.741556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0495  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.51 
 
 		 68 aa  47.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.309606 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0591  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.51 
 
 		 68 aa  47.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.67 
 
 		 179 aa  47.8  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.7 
 
 		 223 aa  47.8  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0557  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.29 
 
 		 67 aa  47.4  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3143  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.51 
 
 		 68 aa  47  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3653  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 80 aa  47  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.820165  normal  0.8886 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2966  hypothetical protein  37.14 
 
 		 214 aa  47.4  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.51 
 
 		 68 aa  47.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1810  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 		 69 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.275955  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.82 
 
 		 68 aa  47  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2627  cold-shock DNA-binding domain protein  35.29 
 
 		 66 aa  46.6  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368791  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.76 
 
 		 66 aa  47  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1512  cold shock protein CspB  36.36 
 
 		 65 aa  45.8  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0532666  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1484  cold shock protein  36.36 
 
 		 65 aa  45.8  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00463121  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5163  cold-shock DNA-binding domain protein  42.86 
 
 		 67 aa  46.2  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160929  normal  0.551155 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 69 aa  45.8  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.499823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1629  cold shock protein CspB  36.36 
 
 		 65 aa  45.8  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  39.34 
 
 		 311 aa  45.8  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5254  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.26 
 
 		 219 aa  46.2  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.737386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5491  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 69 aa  46.2  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599855  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0970  cold-shock DNA-binding domain protein  36.62 
 
 		 74 aa  45.8  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.251773 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2024  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.1 
 
 		 68 aa  45.8  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  35.29 
 
 		 66 aa  45.8  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 68 aa  45.8  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.976411  normal  0.373537 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3185  cold-shock DNA-binding domain protein  38.81 
 
 		 66 aa  45.4  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000997397  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2147  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.48 
 
 		 68 aa  45.4  0.0005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.135641  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1752  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.62 
 
 		 68 aa  45.4  0.0005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1077  cold-shock DNA-binding domain protein  38.81 
 
 		 66 aa  45.4  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27833e-32 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1697  cold shock protein CspB  36.36 
 
 		 65 aa  45.1  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1720  cold shock protein CspB  36.36 
 
 		 65 aa  45.1  0.0006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.146917  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1474  cold shock protein  36.36 
 
 		 65 aa  45.1  0.0006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.259968  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1771  cold shock protein CspB  36.36 
 
 		 65 aa  45.1  0.0006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.674817  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3018  cold-shock DNA-binding domain protein  51.43 
 
 		 63 aa  45.1  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000391893  normal  0.904013 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>