More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3018 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3018  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
63 aa  124  3e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000391893  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  77.78 
 
 
63 aa  105  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5157  cold-shock DNA-binding domain protein  71.43 
 
 
63 aa  100  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4688  cold-shock DNA-binding domain protein  76.19 
 
 
63 aa  97.8  4e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0555964  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  72.58 
 
 
63 aa  96.3  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.138203 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0530  Cold-shock protein DNA-binding  72.58 
 
 
63 aa  95.1  3e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000113602 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3383  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
198 aa  90.9  6e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.706051  normal  0.504445 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0004  Cold-shock protein DNA-binding  68.25 
 
 
63 aa  89.7  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
63 aa  88.2  3e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.801075 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2638  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.9 
 
 
63 aa  84.3  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0531949  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1732  Cold-shock protein DNA-binding  65 
 
 
63 aa  82.4  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.477747  normal  0.0104533 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08241  cold-shock DNA-binding domain protein  61.9 
 
 
64 aa  80.9  0.000000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12963  cold shock protein, putative DNA-binding protein  57.14 
 
 
63 aa  79.3  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.189222  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3945  cold-shock DNA-binding domain protein  63.79 
 
 
67 aa  77.4  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0509422  normal  0.707539 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1247  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
64 aa  77  0.00000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  55.38 
 
 
67 aa  74.7  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4166  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.73 
 
 
67 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745487  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  52.24 
 
 
67 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  52.24 
 
 
67 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  52.24 
 
 
67 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
67 aa  73.2  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  52.24 
 
 
67 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  52.24 
 
 
67 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  52.24 
 
 
67 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  52.24 
 
 
67 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5340  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.24 
 
 
83 aa  72.4  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0079  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.33 
 
 
63 aa  72  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.109273 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1947  Cold-shock protein DNA-binding  56.25 
 
 
68 aa  71.6  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711231  hitchhiker  0.00117492 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1002  cold-shock domain-contain protein  50.75 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229308  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.85 
 
 
67 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5816  major cold shock protein  50.75 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.85 
 
 
67 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  47.76 
 
 
70 aa  70.5  0.000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
70 aa  70.5  0.000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.25 
 
 
68 aa  70.1  0.000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4008  cold-shock DNA-binding domain protein  61.29 
 
 
64 aa  70.1  0.000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.31 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2596  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.23 
 
 
67 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111063  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
70 aa  69.7  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.31 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.31 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5798  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
67 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.992183 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.31 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4995  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833631  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.52 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0290  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.25 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.25 
 
 
69 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.25 
 
 
69 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3086  cold shock protein  58.21 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2863  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104202  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2894  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0694911  normal  0.905374 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.27 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5581  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
170 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2027  cold shock-like protein CspC  47.69 
 
 
69 aa  67.8  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0962  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.61 
 
 
151 aa  68.2  0.00000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  47.69 
 
 
69 aa  67.8  0.00000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  54.69 
 
 
69 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  53.12 
 
 
70 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  47.69 
 
 
69 aa  67.8  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  53.12 
 
 
70 aa  67.4  0.00000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.76 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  58.21 
 
 
67 aa  67  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  50.75 
 
 
67 aa  67  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0476  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  67  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.528893 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3591  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
67 aa  67  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2602  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  67  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0673828  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0434  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  67  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.157399  normal  0.399503 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0408  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  67  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125835  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0503  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  67  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  49.23 
 
 
69 aa  67  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  49.23 
 
 
69 aa  67  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  49.23 
 
 
69 aa  67  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  49.23 
 
 
69 aa  67  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  49.23 
 
 
69 aa  67  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  67  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0175  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.69 
 
 
67 aa  67  0.00000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  49.23 
 
 
69 aa  67  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3598  CspE-related protein  47.76 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164204  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2791  cold-shock domain-contain protein  47.76 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.827238  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2735  cold-shock DNA-binding domain protein  46.97 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.723886  normal  0.792546 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  46.15 
 
 
69 aa  66.6  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3622  cold-shock domain-contain protein  47.76 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3609  cold shock transcription regulator protein  47.76 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2936  cold-shock domain-contain protein  47.76 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3184  cold-shock domain-contain protein  47.76 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  46.15 
 
 
69 aa  66.6  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
70 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  51.56 
 
 
70 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19390  cold-shock DNA-binding protein family  47.76 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.704539  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  46.15 
 
 
69 aa  66.6  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2345  cold-shock DNA-binding domain protein  46.97 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.574294  normal  0.405321 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>