More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_2638 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009441  Fjoh_2638  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
63 aa  128  3e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0531949  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0530  Cold-shock protein DNA-binding  65.08 
 
 
63 aa  94.7  4e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000113602 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5157  cold-shock DNA-binding domain protein  66.13 
 
 
63 aa  92  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  62.9 
 
 
63 aa  90.9  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  63.49 
 
 
63 aa  88.6  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.138203 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0004  Cold-shock protein DNA-binding  64.52 
 
 
63 aa  87.8  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4688  cold-shock DNA-binding domain protein  64.52 
 
 
63 aa  86.3  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0555964  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3018  cold-shock DNA-binding domain protein  62.9 
 
 
63 aa  84.3  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000391893  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1732  Cold-shock protein DNA-binding  63.33 
 
 
63 aa  82.8  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.477747  normal  0.0104533 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3383  cold-shock DNA-binding domain protein  58.33 
 
 
198 aa  78.2  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.706051  normal  0.504445 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0079  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 
63 aa  75.5  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.109273 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.33 
 
 
63 aa  74.7  0.0000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.801075 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  52.31 
 
 
67 aa  73.2  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08241  cold-shock DNA-binding domain protein  56.45 
 
 
64 aa  72  0.000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3945  cold-shock DNA-binding domain protein  58.62 
 
 
67 aa  71.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0509422  normal  0.707539 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1247  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
64 aa  71.6  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.23 
 
 
70 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  53.12 
 
 
67 aa  70.5  0.000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
69 aa  70.1  0.000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1892  cold-shock DNA-binding domain protein  52.31 
 
 
67 aa  70.1  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  50.79 
 
 
69 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.23 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1465  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.23 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.359616  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  50.79 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0587  cold-shock DNA-binding domain protein  52.31 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  51.56 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.79 
 
 
69 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.79 
 
 
69 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
70 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  51.61 
 
 
69 aa  68.2  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  49.23 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3948  cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12963  cold shock protein, putative DNA-binding protein  50.79 
 
 
63 aa  68.2  0.00000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.189222  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  50.82 
 
 
70 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
69 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  53.97 
 
 
70 aa  67.8  0.00000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2503  cold-shock DNA-binding domain protein  53.12 
 
 
70 aa  67  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.731962 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2208  cold-shock DNA-binding domain protein  53.12 
 
 
70 aa  67  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4713  cold-shock DNA-binding domain protein  51.56 
 
 
67 aa  67  0.00000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3086  cold shock protein  58.18 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4008  cold-shock DNA-binding domain protein  52.46 
 
 
64 aa  66.2  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
68 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00070927  normal  0.594986 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  56.36 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5433  cold-shock DNA-binding domain protein  56.36 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0949203  hitchhiker  0.00613475 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1914  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.53 
 
 
68 aa  64.7  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.94 
 
 
71 aa  64.7  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611476  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1977  cold shock-like protein CspC  49.21 
 
 
69 aa  64.7  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5567  cold shock protein  50.75 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197261  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4535  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.36 
 
 
68 aa  64.3  0.0000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1650  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
71 aa  64.3  0.0000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  46.88 
 
 
69 aa  64.3  0.0000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.23 
 
 
70 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.54507  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0201  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.61 
 
 
70 aa  64.3  0.0000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.766684  hitchhiker  0.00947065 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6389  cold-shock DNA-binding domain protein  49.18 
 
 
68 aa  64.3  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.113104  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.69 
 
 
70 aa  63.9  0.0000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0521  Cold-shock protein DNA-binding protein  50 
 
 
79 aa  64.3  0.0000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  45.31 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  47.69 
 
 
70 aa  63.9  0.0000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  50.85 
 
 
68 aa  63.9  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.39 
 
 
69 aa  63.9  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3003  cold-shock DNA-binding domain protein  48.53 
 
 
71 aa  63.9  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_004310  BR1514  cold-shock family protein  48.53 
 
 
71 aa  63.9  0.0000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5269  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0859722 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2743  cold-shock DNA-binding domain protein  48.53 
 
 
71 aa  63.9  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1464  cold-shock family protein  48.53 
 
 
83 aa  63.9  0.0000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7468  cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 
68 aa  63.5  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3156  cold shock protein  48.53 
 
 
71 aa  63.5  0.0000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.69 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5002  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0802588  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2134  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.62 
 
 
70 aa  63.5  0.0000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895111  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.69 
 
 
70 aa  62.8  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  46.97 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  48.44 
 
 
67 aa  63.5  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  46.03 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  47.62 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.27 
 
 
67 aa  63.5  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2874  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.18 
 
 
68 aa  62.8  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  47.62 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0255  Cold-shock protein DNA-binding protein  49.25 
 
 
71 aa  62.8  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1947  Cold-shock protein DNA-binding  46.03 
 
 
68 aa  62.8  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711231  hitchhiker  0.00117492 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2027  cold shock-like protein CspC  47.62 
 
 
69 aa  63.5  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  47.62 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2869  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.31 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0181409  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.77 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.24529  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 
69 aa  62.8  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
70 aa  63.5  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  47.62 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>