More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5157 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_5157  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
63 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  90.48 
 
 
63 aa  119  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3018  cold-shock DNA-binding domain protein  71.43 
 
 
63 aa  100  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000391893  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0530  Cold-shock protein DNA-binding  67.74 
 
 
63 aa  95.5  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000113602 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4688  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
63 aa  93.2  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0555964  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2638  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.13 
 
 
63 aa  92  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0531949  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0004  Cold-shock protein DNA-binding  66.67 
 
 
63 aa  92  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  66.13 
 
 
63 aa  89  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.138203 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.73 
 
 
63 aa  84  6e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.801075 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08241  cold-shock DNA-binding domain protein  61.9 
 
 
64 aa  79.3  0.00000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1732  Cold-shock protein DNA-binding  55.56 
 
 
63 aa  79.3  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.477747  normal  0.0104533 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3383  cold-shock DNA-binding domain protein  55.56 
 
 
198 aa  78.2  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.706051  normal  0.504445 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1247  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.69 
 
 
64 aa  74.3  0.0000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  52.31 
 
 
67 aa  73.6  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0079  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.38 
 
 
63 aa  72.4  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.109273 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3945  cold-shock DNA-binding domain protein  57.38 
 
 
67 aa  72.8  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0509422  normal  0.707539 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01731  hypothetical protein  50.75 
 
 
68 aa  70.9  0.000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4008  cold-shock DNA-binding domain protein  57.81 
 
 
64 aa  70.9  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2965  cold-shock DNA-binding domain protein  52.31 
 
 
68 aa  70.1  0.000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000138264 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0521  Cold-shock protein DNA-binding protein  50.75 
 
 
79 aa  70.1  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12963  cold shock protein, putative DNA-binding protein  50.79 
 
 
63 aa  69.7  0.00000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.189222  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4713  cold-shock DNA-binding domain protein  53.73 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1914  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.73 
 
 
68 aa  69.3  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 
70 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
70 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  52.31 
 
 
67 aa  67  0.00000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1892  cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 
67 aa  67  0.00000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3086  cold shock protein  52.24 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1465  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.359616  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19390  cold-shock DNA-binding protein family  47.76 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.704539  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6389  cold-shock DNA-binding domain protein  53.12 
 
 
68 aa  66.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.113104  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0679  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
68 aa  65.5  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.233328  normal  0.774201 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3948  cold-shock DNA-binding domain protein  50.75 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3625  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.47 
 
 
68 aa  65.9  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.164813  normal  0.0835288 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  50.75 
 
 
66 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2596  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.69 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111063  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  48.44 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  50 
 
 
70 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0175  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.76 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3598  CspE-related protein  46.27 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164204  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2791  cold-shock domain-contain protein  46.27 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.827238  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3184  cold-shock domain-contain protein  46.27 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1750  cold-shock domain-contain protein  46.27 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3609  cold shock transcription regulator protein  46.27 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5433  cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0949203  hitchhiker  0.00613475 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1521  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.53 
 
 
68 aa  65.1  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.490356  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  49.21 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2936  cold-shock domain-contain protein  46.27 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3622  cold-shock domain-contain protein  46.27 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0290  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.27 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  46.27 
 
 
70 aa  64.3  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1947  Cold-shock protein DNA-binding  48.44 
 
 
68 aa  64.3  0.0000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711231  hitchhiker  0.00117492 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
70 aa  64.3  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.31 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0555  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.73 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705321  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3143  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.03 
 
 
68 aa  64.3  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  48.44 
 
 
70 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  51.56 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1564  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.15 
 
 
68 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0747165  normal  0.986392 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
70 aa  63.9  0.0000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5163  cold-shock DNA-binding domain protein  58.18 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160929  normal  0.551155 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.312449  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
69 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4166  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745487  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0587  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.31 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
69 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
70 aa  63.5  0.0000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
69 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07120  cold-shock DNA-binding protein family  48.44 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976007  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
71 aa  63.5  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611476  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5816  major cold shock protein  44.78 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
69 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
69 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  63.5  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.28 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
68 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5340  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.28 
 
 
83 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0591  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.25 
 
 
68 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 
69 aa  62.8  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
65 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.3 
 
 
68 aa  62.8  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.15 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5581  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.15 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5269  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
67 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0859722 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0495  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
68 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.309606 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  63.5  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2894  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0694911  normal  0.905374 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>