More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0175 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0175  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
67 aa  137  3.9999999999999997e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0290  cold-shock DNA-binding protein family protein  89.55 
 
 
67 aa  124  5e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0742  cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 
67 aa  101  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.0000000000219995  unclonable  0.0000000000274746 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0590  cold-shock protein  69.7 
 
 
67 aa  101  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.000832642  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1892  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  97.1  8e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 
67 aa  97.1  8e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
67 aa  96.3  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.72 
 
 
67 aa  94.4  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4713  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  94.4  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.21 
 
 
68 aa  93.6  7e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5002  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 
67 aa  93.6  8e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0802588  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
67 aa  93.6  8e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.54507  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
67 aa  93.6  8e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 
67 aa  92.8  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3948  cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1251  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.791861  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.21 
 
 
67 aa  92  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 
67 aa  91.7  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0521  Cold-shock protein DNA-binding protein  58.21 
 
 
79 aa  91.7  3e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 
67 aa  91.7  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19390  cold-shock DNA-binding protein family  58.21 
 
 
67 aa  91.7  3e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.704539  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  61.19 
 
 
67 aa  92  3e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.72 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3093  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.94 
 
 
72 aa  91.3  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.475725  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1465  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.359616  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2596  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.08 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111063  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.94 
 
 
68 aa  90.9  5e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  56.72 
 
 
67 aa  91.3  5e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1053  cold shock-like transcription regulator protein  62.5 
 
 
67 aa  90.9  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.470883  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  59.7 
 
 
67 aa  90.5  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2466  cold shock-like transcription regulator protein  59.38 
 
 
67 aa  90.5  7e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.4868  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01731  hypothetical protein  55.22 
 
 
68 aa  90.5  7e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
67 aa  90.5  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
67 aa  90.5  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  61.54 
 
 
165 aa  90.1  8e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.22 
 
 
67 aa  90.1  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.22 
 
 
67 aa  90.1  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2345  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.574294  normal  0.405321 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  55.22 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  56.72 
 
 
67 aa  90.1  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.25 
 
 
67 aa  89.4  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2735  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.723886  normal  0.792546 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
170 aa  89.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3880  cold-shock DNA-binding domain protein  59.7 
 
 
67 aa  89  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902071  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6907  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
67 aa  89  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240211  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1440  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.72 
 
 
67 aa  89  2e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1879  cold-shock DNA-binding domain protein  67.74 
 
 
70 aa  89  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
69 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.908302 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  57.81 
 
 
67 aa  89  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 
67 aa  89.4  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 
68 aa  89  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.72 
 
 
67 aa  89.4  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  67.21 
 
 
70 aa  89  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.25 
 
 
77 aa  89  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2334  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 
67 aa  89  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.213577  normal  0.0207687 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3652  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 
67 aa  89  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
67 aa  89.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2295  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 
67 aa  89  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.904352  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
67 aa  89.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
67 aa  89.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2342  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 
67 aa  89  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 
67 aa  88.6  3e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.262283  normal  0.0908383 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  55.22 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.22 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5798  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 
67 aa  88.6  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.992183 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2965  cold-shock DNA-binding domain protein  55.38 
 
 
68 aa  88.6  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000138264 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  55.22 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4409  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
67 aa  88.2  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.52 
 
 
70 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  64.52 
 
 
70 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.81 
 
 
67 aa  88.2  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0679  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.22 
 
 
68 aa  87.8  4e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.233328  normal  0.774201 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13677  cold shock protein A cspA  59.7 
 
 
67 aa  88.2  4e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0108357  normal  0.108106 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4166  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.72 
 
 
67 aa  88.2  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745487  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  57.81 
 
 
68 aa  87.8  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1291  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 
67 aa  87.8  4e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.515471  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.81 
 
 
68 aa  87.8  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5184  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 
67 aa  88.2  4e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00427326 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  57.81 
 
 
67 aa  88.2  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  53.73 
 
 
67 aa  87.8  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4798  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 
67 aa  88.2  4e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5581  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 
67 aa  88.2  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4884  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 
67 aa  88.2  4e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.71911  normal  0.101787 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1392  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.124556  normal  0.329269 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3392  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.25 
 
 
68 aa  87.4  6e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
70 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.81 
 
 
67 aa  87.4  6e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  55.22 
 
 
67 aa  87.4  6e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0207  cold-shock domain-contain protein  56.72 
 
 
66 aa  87  7e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000092661  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2754  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.81 
 
 
69 aa  87  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2894  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.81 
 
 
69 aa  87  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  55.38 
 
 
67 aa  87  8e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.06 
 
 
67 aa  86.7  9e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0761  cold-shock domain-contain protein  57.81 
 
 
81 aa  86.3  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.00000000000025188  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.9 
 
 
70 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.22 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  57.81 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0493  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.58 
 
 
66 aa  86.3  1e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.156279  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>