More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0895 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
63 aa  127  7.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5157  cold-shock DNA-binding domain protein  90.48 
 
 
63 aa  119  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3018  cold-shock DNA-binding domain protein  77.78 
 
 
63 aa  105  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000391893  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4688  cold-shock DNA-binding domain protein  74.6 
 
 
63 aa  100  8e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0555964  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0530  Cold-shock protein DNA-binding  74.19 
 
 
63 aa  100  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000113602 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0004  Cold-shock protein DNA-binding  71.43 
 
 
63 aa  95.1  3e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  69.35 
 
 
63 aa  92  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.138203 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2638  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.9 
 
 
63 aa  90.9  6e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0531949  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.9 
 
 
63 aa  86.7  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.801075 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1732  Cold-shock protein DNA-binding  61.9 
 
 
63 aa  85.1  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.477747  normal  0.0104533 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3383  cold-shock DNA-binding domain protein  58.73 
 
 
198 aa  84  6e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.706051  normal  0.504445 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08241  cold-shock DNA-binding domain protein  61.9 
 
 
64 aa  80.9  0.000000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1247  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 
64 aa  78.2  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  52.31 
 
 
67 aa  76.3  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4008  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 
64 aa  75.5  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0079  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.56 
 
 
63 aa  74.7  0.0000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.109273 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3945  cold-shock DNA-binding domain protein  57.38 
 
 
67 aa  73.6  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0509422  normal  0.707539 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1892  cold-shock DNA-binding domain protein  55.22 
 
 
67 aa  72.8  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3086  cold shock protein  55.22 
 
 
67 aa  72  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
70 aa  72  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  54.69 
 
 
70 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6389  cold-shock DNA-binding domain protein  57.81 
 
 
68 aa  71.2  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.113104  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4713  cold-shock DNA-binding domain protein  53.73 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0679  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.25 
 
 
68 aa  70.9  0.000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.233328  normal  0.774201 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4166  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745487  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12963  cold shock protein, putative DNA-binding protein  50.79 
 
 
63 aa  70.5  0.000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.189222  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01731  hypothetical protein  47.76 
 
 
68 aa  70.5  0.000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  53.85 
 
 
67 aa  70.5  0.000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.31 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  55.22 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.76 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
68 aa  69.3  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0175  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.25 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.31 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  51.56 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.76 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2596  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.23 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111063  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5816  major cold shock protein  49.25 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0521  Cold-shock protein DNA-binding protein  47.76 
 
 
79 aa  69.3  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0290  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.76 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2791  cold-shock domain-contain protein  49.25 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.827238  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19390  cold-shock DNA-binding protein family  47.76 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.704539  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5340  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.76 
 
 
83 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5581  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3609  cold shock transcription regulator protein  49.25 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1914  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.75 
 
 
68 aa  68.6  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2936  cold-shock domain-contain protein  49.25 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3184  cold-shock domain-contain protein  49.25 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3948  cold-shock DNA-binding domain protein  50.75 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3622  cold-shock domain-contain protein  49.25 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2965  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
68 aa  68.6  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000138264 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1750  cold-shock domain-contain protein  49.25 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3598  CspE-related protein  49.25 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164204  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.77 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.77 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.77 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.77 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5163  cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160929  normal  0.551155 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  50.75 
 
 
66 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  50.79 
 
 
70 aa  67.8  0.00000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
69 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
69 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5798  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.992183 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
70 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  46.27 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1947  Cold-shock protein DNA-binding  51.56 
 
 
68 aa  67.4  0.00000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711231  hitchhiker  0.00117492 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  46.27 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  46.27 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  46.27 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  46.27 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  46.27 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  46.27 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  50 
 
 
70 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
69 aa  67  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
67 aa  67  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
67 aa  67  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
67 aa  67  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
67 aa  66.6  0.00000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2894  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0694911  normal  0.905374 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0476  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.528893 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4409  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3591  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.76 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2061  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.28 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.131927 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
77 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.44 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0434  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.157399  normal  0.399503 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2735  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.723886  normal  0.792546 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0408  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125835  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2345  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.574294  normal  0.405321 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0503  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>