More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_2346 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
63 aa  122  2e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.801075 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12963  cold shock protein, putative DNA-binding protein  63.49 
 
 
63 aa  88.6  3e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.189222  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3018  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
63 aa  88.2  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000391893  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08241  cold-shock DNA-binding domain protein  63.49 
 
 
64 aa  87.8  5e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0530  Cold-shock protein DNA-binding  62.9 
 
 
63 aa  86.7  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000113602 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  63.49 
 
 
63 aa  86.3  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.138203 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  61.9 
 
 
63 aa  86.7  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0004  Cold-shock protein DNA-binding  63.49 
 
 
63 aa  84.7  4e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4688  cold-shock DNA-binding domain protein  63.49 
 
 
63 aa  84  6e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0555964  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5157  cold-shock DNA-binding domain protein  58.73 
 
 
63 aa  84  6e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3383  cold-shock DNA-binding domain protein  61.9 
 
 
198 aa  84  6e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.706051  normal  0.504445 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3945  cold-shock DNA-binding domain protein  63.93 
 
 
67 aa  83.6  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0509422  normal  0.707539 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0079  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.9 
 
 
63 aa  79.3  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.109273 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1732  Cold-shock protein DNA-binding  60.32 
 
 
63 aa  78.2  0.00000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.477747  normal  0.0104533 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2638  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.33 
 
 
63 aa  74.7  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0531949  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4008  cold-shock DNA-binding domain protein  61.29 
 
 
64 aa  74.3  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0962  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.32 
 
 
151 aa  74.3  0.0000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1247  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
64 aa  71.6  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6389  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
68 aa  70.5  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.113104  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2863  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104202  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3308  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
66 aa  65.9  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515158  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 
66 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3009  cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000338094  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  52.24 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1685  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.27 
 
 
89 aa  64.3  0.0000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000048024  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3185  cold-shock DNA-binding domain protein  53.12 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000997397  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1077  cold-shock DNA-binding domain protein  53.12 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27833e-32 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0237  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.75 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000692047  hitchhiker  0.0000000000000296416 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0191  cold-shock domain-contain protein  53.12 
 
 
66 aa  63.5  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0207  cold-shock domain-contain protein  52.24 
 
 
66 aa  63.5  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000092661  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2222  cold-shock DNA-binding domain protein  53.85 
 
 
66 aa  62.8  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1391  cold-shock DNA-binding domain protein  50.75 
 
 
66 aa  62.8  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000857842  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4020  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
66 aa  63.5  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0637  hypothetical protein  49.25 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.624462 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2005  cold-shock DNA-binding domain protein  53.85 
 
 
66 aa  62.8  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1727900000000003e-24 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.24 
 
 
66 aa  63.2  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
67 aa  63.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.73 
 
 
66 aa  62.8  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2588  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.110334  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0114675  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1274  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.69 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2891  cold-shock DNA-binding domain protein  50.75 
 
 
66 aa  62.4  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.87323e-28 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.23 
 
 
67 aa  62.8  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4995  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
67 aa  62  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833631  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4054  cold-shock DNA-binding domain protein  49.18 
 
 
148 aa  62.4  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  50.75 
 
 
66 aa  62.4  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
67 aa  62  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3625  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.06 
 
 
68 aa  62  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.164813  normal  0.0835288 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
66 aa  61.6  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2061  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.28 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.131927 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2202  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 
67 aa  60.8  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1914  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.18 
 
 
68 aa  60.8  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
67 aa  60.5  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
68 aa  60.5  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0430  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.27 
 
 
67 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000180464  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3528  cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 
67 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00720053  normal  0.332876 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3392  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
68 aa  59.7  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1002  cold-shock domain-contain protein  43.28 
 
 
67 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229308  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1188  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.45 
 
 
68 aa  59.7  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00084266  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.28 
 
 
68 aa  60.1  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0557  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3653  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.55 
 
 
80 aa  58.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.820165  normal  0.8886 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 
67 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.79 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0555  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
66 aa  58.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705321  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 
67 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5002  cold-shock DNA-binding domain protein  40.3 
 
 
67 aa  58.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0802588  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.28 
 
 
67 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6907  cold-shock DNA-binding domain protein  41.79 
 
 
67 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240211  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.79 
 
 
77 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2345  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 
67 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.574294  normal  0.405321 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7382  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 
67 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0708981 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3143  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.55 
 
 
68 aa  59.3  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2735  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 
67 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.723886  normal  0.792546 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3948  cold-shock DNA-binding domain protein  41.79 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1892  cold-shock DNA-binding domain protein  45.31 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.79 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
66 aa  58.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.199562  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2466  cold shock-like transcription regulator protein  41.79 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.4868  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2791  cold-shock domain-contain protein  46.27 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.827238  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3609  cold shock transcription regulator protein  46.27 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0778  cold shock proteins  47.76 
 
 
66 aa  58.5  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726747  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0476  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.528893 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  50.77 
 
 
66 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2596  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.19 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111063  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>