More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1732 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_1732  Cold-shock protein DNA-binding  100 
 
 
63 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.477747  normal  0.0104533 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4688  cold-shock DNA-binding domain protein  69.84 
 
 
63 aa  96.3  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0555964  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0530  Cold-shock protein DNA-binding  70.49 
 
 
63 aa  96.3  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000113602 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0004  Cold-shock protein DNA-binding  68.25 
 
 
63 aa  93.6  8e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  61.9 
 
 
63 aa  85.1  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2638  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.33 
 
 
63 aa  82.8  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0531949  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3018  cold-shock DNA-binding domain protein  65 
 
 
63 aa  82.4  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000391893  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  62.3 
 
 
63 aa  82  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.138203 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4008  cold-shock DNA-binding domain protein  59.38 
 
 
64 aa  81.6  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6389  cold-shock DNA-binding domain protein  57.81 
 
 
68 aa  78.6  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.113104  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5157  cold-shock DNA-binding domain protein  55.56 
 
 
63 aa  79.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.32 
 
 
63 aa  78.2  0.00000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.801075 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0079  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.56 
 
 
63 aa  77.8  0.00000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.109273 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3945  cold-shock DNA-binding domain protein  52.46 
 
 
67 aa  75.9  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0509422  normal  0.707539 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3383  cold-shock DNA-binding domain protein  55.17 
 
 
198 aa  72.4  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.706051  normal  0.504445 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1247  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
64 aa  70.9  0.000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08241  cold-shock DNA-binding domain protein  50.79 
 
 
64 aa  70.9  0.000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  53.73 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0679  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.25 
 
 
68 aa  68.2  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.233328  normal  0.774201 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12963  cold shock protein, putative DNA-binding protein  49.21 
 
 
63 aa  67.8  0.00000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.189222  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0742  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.0000000000219995  unclonable  0.0000000000274746 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0175  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0590  cold-shock protein  50 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.000832642  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5163  cold-shock DNA-binding domain protein  56.36 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160929  normal  0.551155 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  51.56 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2345  cold-shock DNA-binding domain protein  50.77 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.574294  normal  0.405321 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2735  cold-shock DNA-binding domain protein  50.77 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.723886  normal  0.792546 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.23 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0587  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  51.56 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1465  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  0.000499386  normal  0.887495 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1750  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.62 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0957427  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3086  cold shock protein  54.55 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
68 aa  65.5  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  56.36 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.15 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2202  cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4166  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745487  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2061  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.131927 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  46.15 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01731  hypothetical protein  44.78 
 
 
68 aa  64.7  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5433  cold-shock DNA-binding domain protein  54.55 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0949203  hitchhiker  0.00613475 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1465  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.359616  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19390  cold-shock DNA-binding protein family  46.27 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.704539  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.15 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.23 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.76 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2965  cold-shock DNA-binding domain protein  45.31 
 
 
68 aa  63.5  0.0000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000138264 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1251  cold-shock DNA-binding domain protein  43.94 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.791861  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  46.27 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0002  cold shock-like transcription regulator protein  46.15 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000106276  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  46.27 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4020  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
66 aa  63.2  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  46.27 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  50.75 
 
 
66 aa  63.2  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  46.27 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.97 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  46.27 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5816  major cold shock protein  50 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  46.27 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.54507  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  46.27 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0521  Cold-shock protein DNA-binding protein  47.76 
 
 
79 aa  63.2  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
67 aa  62.8  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3948  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  62.8  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2754  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.69 
 
 
69 aa  62  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1892  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
67 aa  62  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5340  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.44 
 
 
83 aa  62  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2806  cold shock proteins  51.52 
 
 
85 aa  62.4  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.72104e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  46.27 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3895  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  50 
 
 
70 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
66 aa  62.4  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3782  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0399631  normal  0.208523 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.82 
 
 
70 aa  62.8  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0527  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.61 
 
 
63 aa  62.8  0.000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3184  cold-shock domain-contain protein  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2791  cold-shock domain-contain protein  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.827238  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3609  cold shock transcription regulator protein  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  46.27 
 
 
66 aa  61.6  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1002  cold-shock domain-contain protein  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229308  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2936  cold-shock domain-contain protein  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  41.79 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07120  cold-shock DNA-binding protein family  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976007  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0752  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000576972  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>