More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3945 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_3945  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
67 aa  135  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0509422  normal  0.707539 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08241  cold-shock DNA-binding domain protein  73.77 
 
 
64 aa  89  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0079  cold-shock DNA-binding protein family protein  65 
 
 
63 aa  83.6  9e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.109273 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.93 
 
 
63 aa  83.6  9e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.801075 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0004  Cold-shock protein DNA-binding  59.02 
 
 
63 aa  79.3  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0530  Cold-shock protein DNA-binding  57.63 
 
 
63 aa  79.3  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000113602 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3018  cold-shock DNA-binding domain protein  63.79 
 
 
63 aa  77.4  0.00000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000391893  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4688  cold-shock DNA-binding domain protein  57.38 
 
 
63 aa  76.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0555964  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1732  Cold-shock protein DNA-binding  52.46 
 
 
63 aa  75.9  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.477747  normal  0.0104533 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3383  cold-shock DNA-binding domain protein  58.62 
 
 
198 aa  75.9  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.706051  normal  0.504445 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12963  cold shock protein, putative DNA-binding protein  55.74 
 
 
63 aa  73.9  0.0000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.189222  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  57.38 
 
 
63 aa  73.6  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  57.89 
 
 
63 aa  72.8  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.138203 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5157  cold-shock DNA-binding domain protein  57.38 
 
 
63 aa  72.8  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2638  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.62 
 
 
63 aa  71.6  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0531949  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4008  cold-shock DNA-binding domain protein  55.74 
 
 
64 aa  71.2  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6389  cold-shock DNA-binding domain protein  51.61 
 
 
68 aa  70.9  0.000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.113104  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1247  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.1 
 
 
64 aa  64.3  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19390  cold-shock DNA-binding protein family  46.88 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.704539  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0962  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.76 
 
 
151 aa  62.8  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  44.12 
 
 
69 aa  61.2  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  44.12 
 
 
69 aa  61.2  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5168  cold-shock DNA-binding domain protein  46.67 
 
 
147 aa  61.2  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.293289  hitchhiker  0.00537558 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  44.12 
 
 
69 aa  60.8  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  44.12 
 
 
69 aa  59.7  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  42.65 
 
 
69 aa  60.1  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  44.12 
 
 
69 aa  59.7  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  44.12 
 
 
69 aa  60.1  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  44.12 
 
 
69 aa  59.7  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  44.12 
 
 
69 aa  59.7  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  44.12 
 
 
69 aa  58.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4054  cold-shock DNA-binding domain protein  44.26 
 
 
148 aa  58.9  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  44.12 
 
 
69 aa  58.9  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  47.54 
 
 
67 aa  58.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  44.12 
 
 
69 aa  58.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2588  cold-shock DNA-binding domain protein  46.77 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.110334  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  42.65 
 
 
69 aa  58.2  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  46.77 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0114675  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2027  cold shock-like protein CspC  42.65 
 
 
69 aa  58.5  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  42.65 
 
 
69 aa  58.2  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1914  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.03 
 
 
68 aa  58.5  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  42.65 
 
 
69 aa  58.2  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1274  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.77 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  42.65 
 
 
69 aa  58.2  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  42.65 
 
 
69 aa  58.2  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  42.65 
 
 
69 aa  58.2  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  44.62 
 
 
69 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01793  stress protein, member of the CspA-family  44.12 
 
 
69 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000145825  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1820  cold-shock DNA-binding domain protein  44.12 
 
 
69 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000376643  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 
69 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2089  cold shock-like protein CspC  44.12 
 
 
69 aa  58.2  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.57783e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1294  cold shock-like protein CspC  44.12 
 
 
69 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000632959  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  42.65 
 
 
69 aa  58.2  0.00000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  44.62 
 
 
69 aa  57.8  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  44.62 
 
 
69 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  44.62 
 
 
69 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1478  cold shock-like protein CspC  44.12 
 
 
69 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000112944  normal  0.636634 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  44.62 
 
 
69 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1913  cold shock-like protein CspC  44.12 
 
 
69 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000658  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2554  cold shock-like protein CspC  44.12 
 
 
69 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810099  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01781  hypothetical protein  44.12 
 
 
69 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000220518  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  42.65 
 
 
69 aa  58.2  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2393  cold shock-like protein CspC  44.12 
 
 
69 aa  58.2  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1365  cold shock-like protein CspC  44.12 
 
 
69 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000234098  normal  0.0150165 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  44.62 
 
 
69 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  44.62 
 
 
69 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  44.62 
 
 
69 aa  57.8  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1977  cold shock-like protein CspC  44.12 
 
 
69 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000786929  normal  0.190727 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2038  cold shock-like protein CspC  44.12 
 
 
69 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000133144  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1981  cold shock-like protein CspC  44.12 
 
 
69 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000173649  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2051  cold shock-like protein CspC  44.12 
 
 
69 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000465967  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0235  cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
95 aa  57.8  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433921  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1977  cold shock-like protein CspC  44.62 
 
 
69 aa  57.8  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  43.28 
 
 
70 aa  57.8  0.00000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0175  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.08 
 
 
67 aa  57  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  43.08 
 
 
67 aa  56.6  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0527  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.85 
 
 
63 aa  56.2  0.0000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  42.65 
 
 
69 aa  56.6  0.0000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1093  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.67 
 
 
72 aa  56.6  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2202  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.62 
 
 
69 aa  56.2  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.532688 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  39.06 
 
 
67 aa  55.8  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0290  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.54 
 
 
67 aa  55.5  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2869  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.03 
 
 
67 aa  55.8  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0181409  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1947  Cold-shock protein DNA-binding  47.54 
 
 
68 aa  55.5  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711231  hitchhiker  0.00117492 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  38.57 
 
 
70 aa  56.2  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 
67 aa  56.2  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.08 
 
 
67 aa  55.5  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.54507  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.62 
 
 
67 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 
67 aa  55.5  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1213  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 
70 aa  55.5  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.915345  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.08 
 
 
67 aa  55.5  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  42.62 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0201  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.25 
 
 
70 aa  54.7  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.766684  hitchhiker  0.00947065 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 
69 aa  54.7  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2863  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 
67 aa  54.7  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104202  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  37.5 
 
 
67 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.5 
 
 
67 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2600  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.08 
 
 
67 aa  54.7  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.612278  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2333  cold-shock DNA-binding domain protein  43.08 
 
 
67 aa  54.7  0.0000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000675435 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  37.5 
 
 
67 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>