More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5168 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_5168  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
147 aa  298  2e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.293289  hitchhiker  0.00537558 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4054  cold-shock DNA-binding domain protein  47.62 
 
 
148 aa  117  4.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0962  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.46 
 
 
151 aa  101  4e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3383  cold-shock DNA-binding domain protein  47.46 
 
 
198 aa  63.9  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.706051  normal  0.504445 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3945  cold-shock DNA-binding domain protein  46.67 
 
 
67 aa  61.2  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0509422  normal  0.707539 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6389  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
68 aa  61.2  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.113104  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  47.46 
 
 
63 aa  61.2  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.138203 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08241  cold-shock DNA-binding domain protein  45.16 
 
 
64 aa  59.7  0.00000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1732  Cold-shock protein DNA-binding  50 
 
 
63 aa  58.9  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.477747  normal  0.0104533 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.12 
 
 
63 aa  57.8  0.00000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.801075 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4688  cold-shock DNA-binding domain protein  43.33 
 
 
63 aa  56.2  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0555964  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0079  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.26 
 
 
63 aa  56.6  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.109273 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  45 
 
 
63 aa  55.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4008  cold-shock DNA-binding domain protein  41.94 
 
 
64 aa  55.1  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1247  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.44 
 
 
64 aa  55.5  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  42.86 
 
 
67 aa  53.9  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3018  cold-shock DNA-binding domain protein  41.67 
 
 
63 aa  54.3  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000391893  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0004  Cold-shock protein DNA-binding  43.33 
 
 
63 aa  53.5  0.0000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5157  cold-shock DNA-binding domain protein  45 
 
 
63 aa  53.1  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0237  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.31 
 
 
66 aa  53.1  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000692047  hitchhiker  0.0000000000000296416 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12963  cold shock protein, putative DNA-binding protein  44.07 
 
 
63 aa  53.5  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.189222  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0530  Cold-shock protein DNA-binding  44.07 
 
 
63 aa  53.1  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000113602 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.54 
 
 
67 aa  52  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0430  cold-shock DNA-binding domain protein  40.98 
 
 
64 aa  52  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1465  cold-shock DNA-binding domain protein  40.32 
 
 
67 aa  51.6  0.000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  0.000499386  normal  0.887495 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1750  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.32 
 
 
67 aa  51.6  0.000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0957427  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0913  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.55 
 
 
67 aa  51.6  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.587921  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5816  major cold shock protein  37.88 
 
 
67 aa  51.2  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 
67 aa  50.8  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.54 
 
 
67 aa  50.8  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3078  cold-shock DNA-binding domain protein  43.55 
 
 
67 aa  51.2  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 
67 aa  50.8  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 
67 aa  50.8  0.000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1986  cold-shock DNA-binding domain protein  42.62 
 
 
64 aa  50.8  0.000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.320623 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  41.94 
 
 
67 aa  50.8  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0114675  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5340  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.31 
 
 
83 aa  50.4  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1274  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.94 
 
 
67 aa  50.8  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  39.34 
 
 
64 aa  50.4  0.000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2588  cold-shock DNA-binding domain protein  41.94 
 
 
67 aa  50.8  0.000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.110334  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3041  cold shock transcription regulator protein  40 
 
 
67 aa  50.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000233724  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1594  cold-shock domain-contain protein  40 
 
 
67 aa  50.4  0.000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.000000000000225603  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0647  cold-shock DNA-binding domain protein  38.71 
 
 
69 aa  50.4  0.000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2941  cold-shock domain-contain protein  40 
 
 
67 aa  50.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000529081  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3007  cold-shock domain-contain protein  40 
 
 
67 aa  50.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.0000126299  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3948  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 
67 aa  50.1  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1312  cold-shock DNA-binding domain protein  40.32 
 
 
64 aa  50.1  0.00001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.632587 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.16 
 
 
67 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  38.71 
 
 
67 aa  50.1  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4995  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 
67 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833631  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  38.71 
 
 
67 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19390  cold-shock DNA-binding protein family  38.46 
 
 
67 aa  50.1  0.00001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.704539  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  38.71 
 
 
67 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4113  cold-shock DNA-binding protein family protein  40 
 
 
67 aa  50.1  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000103179  normal  0.421912 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 
67 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  unclonable  0.00000000000119944  normal  0.392298 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  38.71 
 
 
67 aa  50.1  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3176  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.55 
 
 
67 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0877  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 
67 aa  50.1  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.351907  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  38.71 
 
 
67 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0527  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 
67 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000000967156  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0865  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 
67 aa  50.1  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000217633  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3009  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 
66 aa  49.7  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000338094  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  38.71 
 
 
67 aa  50.1  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1005  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 
67 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2850  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 
65 aa  49.7  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2592  cold-shock DNA-binding domain protein  43.33 
 
 
64 aa  50.1  0.00001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  decreased coverage  0.00103043  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0676  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.32 
 
 
67 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.197262  normal  0.753603 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  38.71 
 
 
67 aa  50.1  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0207  cold-shock domain-contain protein  43.75 
 
 
66 aa  48.9  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000092661  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  38.81 
 
 
70 aa  48.9  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2754  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.55 
 
 
69 aa  48.9  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2393  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 
67 aa  49.3  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 
66 aa  48.9  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.71 
 
 
67 aa  48.9  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0637  hypothetical protein  43.75 
 
 
67 aa  48.9  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.624462 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.71 
 
 
67 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 
66 aa  49.3  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1855  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 
64 aa  49.3  0.00002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1093  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.85 
 
 
72 aa  48.9  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.19 
 
 
67 aa  48.9  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  37.7 
 
 
64 aa  49.7  0.00002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.71 
 
 
67 aa  48.9  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3366  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 
67 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.71 
 
 
67 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.71 
 
 
67 aa  48.9  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.71 
 
 
67 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.94 
 
 
67 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2638  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.38 
 
 
63 aa  48.9  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0531949  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.19 
 
 
67 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.94 
 
 
67 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.170049  decreased coverage  0.000196654 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  38.46 
 
 
70 aa  48.5  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  42.86 
 
 
69 aa  48.5  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0191  cold-shock domain-contain protein  42.86 
 
 
66 aa  48.5  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1549  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 
64 aa  48.5  0.00003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0292  guanine-specific ribonuclease  37.88 
 
 
247 aa  48.5  0.00003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.135359  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07120  cold-shock DNA-binding protein family  36.92 
 
 
67 aa  48.5  0.00003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976007  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1002  cold-shock domain-contain protein  37.1 
 
 
67 aa  48.5  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229308  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0048  cold-shock DNA-binding domain protein  40.98 
 
 
64 aa  48.5  0.00003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.152198  hitchhiker  0.00109076 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.71 
 
 
67 aa  48.9  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  38.71 
 
 
67 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  41.94 
 
 
67 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>