More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hlac_0048 on replicon NC_012029
Organism: Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012029  Hlac_0048  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
64 aa  129  1.0000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.152198  hitchhiker  0.00109076 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2592  cold-shock DNA-binding domain protein  85.94 
 
 
64 aa  114  5e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  decreased coverage  0.00103043  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1855  cold-shock DNA-binding domain protein  84.38 
 
 
64 aa  113  6.9999999999999995e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1312  cold-shock DNA-binding domain protein  87.3 
 
 
64 aa  113  1.0000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.632587 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0647  cold-shock DNA-binding domain protein  85.71 
 
 
69 aa  112  2.0000000000000002e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  84.13 
 
 
64 aa  111  4.0000000000000004e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  84.13 
 
 
64 aa  111  4.0000000000000004e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0554  cold-shock DNA-binding domain protein  85.71 
 
 
64 aa  110  5e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0661  cold-shock DNA-binding domain protein  84.13 
 
 
64 aa  110  6e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.90481  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2850  cold-shock DNA-binding domain protein  81.25 
 
 
65 aa  110  6e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1986  cold-shock DNA-binding domain protein  84.13 
 
 
64 aa  110  7.000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.320623 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3545  cold-shock DNA-binding domain protein  82.81 
 
 
64 aa  110  9e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0339  cold-shock DNA-binding domain protein  82.81 
 
 
64 aa  109  1.0000000000000001e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.219193 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0430  cold-shock DNA-binding domain protein  80.95 
 
 
64 aa  108  4.0000000000000004e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1421  cold-shock DNA-binding domain protein  82.54 
 
 
64 aa  107  5e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1326  cold-shock DNA-binding domain protein  79.69 
 
 
64 aa  106  1e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.706189  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1585  cold-shock DNA-binding domain protein  82.54 
 
 
64 aa  105  2e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1549  cold-shock DNA-binding domain protein  77.78 
 
 
64 aa  103  9e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  77.78 
 
 
64 aa  102  1e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1630  cold-shock DNA-binding domain protein  79.41 
 
 
68 aa  99  2e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.686511  normal  0.327142 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2827  cold-shock DNA-binding domain protein  84.13 
 
 
64 aa  97.1  8e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.433406  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0386  cold-shock DNA-binding domain protein  77.94 
 
 
78 aa  96.3  1e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.659141  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2828  cold-shock DNA-binding domain protein  80.95 
 
 
64 aa  93.6  8e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.272905  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3576  cold-shock DNA-binding domain protein  79.37 
 
 
64 aa  89.7  1e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0493  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
66 aa  68.2  0.00000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.156279  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1440  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.45 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0073  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.621224  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.48 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.31 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
68 aa  63.9  0.0000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1045  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.396466  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0988  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.44 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.31 
 
 
68 aa  62.8  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07120  cold-shock DNA-binding protein family  50 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976007  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1049  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6907  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240211  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1900  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.030523  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1715  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.03 
 
 
69 aa  62.8  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.75 
 
 
77 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1251  cold-shock DNA-binding domain protein  43.94 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.791861  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
69 aa  62.8  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0557  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3366  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1720  cold shock protein CspB  50.79 
 
 
65 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.146917  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1512  cold shock protein CspB  50.79 
 
 
65 aa  62  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0532666  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1484  cold shock protein  50.79 
 
 
65 aa  62  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00463121  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1474  cold shock protein  50.79 
 
 
65 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.259968  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1666  cold shock protein CspB  50.79 
 
 
65 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.28 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1629  cold shock protein CspB  50.79 
 
 
65 aa  62  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.48 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1077  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
66 aa  61.6  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27833e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3185  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
66 aa  61.6  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000997397  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1771  cold shock protein CspB  50.79 
 
 
65 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.674817  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.31 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3679  cold shock protein CspB  50.79 
 
 
65 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.844549  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.170049  decreased coverage  0.000196654 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3948  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  61.2  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1327  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
65 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00843058  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000164882  normal  0.415354 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
66 aa  61.6  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000689795  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  44.44 
 
 
70 aa  61.2  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.75 
 
 
67 aa  61.2  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2146  cold-shock DNA-binding domain protein  46.97 
 
 
66 aa  61.2  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.79 
 
 
67 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  60.8  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.79 
 
 
67 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
66 aa  60.8  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  46.97 
 
 
66 aa  61.2  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 
170 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1264  cold-shock DNA-binding domain protein  46.97 
 
 
66 aa  60.8  0.000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000176373  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3176  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.31 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2588  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
67 aa  60.5  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.110334  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1465  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 
67 aa  60.5  0.000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  0.000499386  normal  0.887495 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
67 aa  60.5  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0114675  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 
67 aa  60.5  0.000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 
67 aa  60.5  0.000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1274  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
67 aa  60.5  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1750  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 
67 aa  60.5  0.000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0957427  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.28 
 
 
68 aa  60.5  0.000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0521  Cold-shock protein DNA-binding protein  46.88 
 
 
79 aa  60.5  0.000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
67 aa  60.5  0.000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0979697  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 
67 aa  60.5  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3093  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.75 
 
 
72 aa  59.7  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.475725  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>