More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_0567 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
67 aa  135  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000164882  normal  0.415354 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0733  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.76 
 
 
67 aa  106  8.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000585148  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.63 
 
 
67 aa  107  8.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0979697  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
66 aa  101  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000689795  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
66 aa  96.7  9e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000494956  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  66.67 
 
 
66 aa  92.8  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1006  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 
89 aa  92.4  2e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.644816  hitchhiker  0.000419725 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0778  cold shock proteins  66.67 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726747  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2806  cold shock proteins  64.62 
 
 
85 aa  90.5  7e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.72104e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  61.54 
 
 
66 aa  89.4  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 
65 aa  89.7  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  61.54 
 
 
66 aa  89.4  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  61.54 
 
 
66 aa  89.4  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  61.54 
 
 
66 aa  89.4  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  62.12 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  61.54 
 
 
66 aa  89.4  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  61.54 
 
 
66 aa  89.4  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  61.54 
 
 
66 aa  89.4  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  61.54 
 
 
66 aa  89.4  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  61.54 
 
 
66 aa  89.4  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
67 aa  89.4  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 
67 aa  89  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  89  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 
67 aa  89  2e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
66 aa  89  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1817  cold-shock DNA-binding domain protein  58.46 
 
 
66 aa  88.2  3e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002542  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
67 aa  87.8  4e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
66 aa  87.8  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
67 aa  87.8  4e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2018  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
66 aa  87.8  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000024802  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
66 aa  88.2  4e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1264  cold-shock DNA-binding domain protein  57.58 
 
 
66 aa  87.4  5e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000176373  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3711  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 
66 aa  87.4  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000509741  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0970  cold-shock DNA-binding domain protein  62.32 
 
 
74 aa  87.8  5e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.251773 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  62.12 
 
 
67 aa  87.4  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  59.7 
 
 
67 aa  87.4  6e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  61.9 
 
 
67 aa  87  7e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2257  cold shock protein CspA  61.9 
 
 
67 aa  87  7e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000681816  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  61.9 
 
 
67 aa  87  7e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2177  cold shock protein  61.9 
 
 
67 aa  87  7e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2422  cold shock protein CspA  61.9 
 
 
67 aa  87  7e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271714  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2521  cold shock protein CspA  61.9 
 
 
67 aa  87  7e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000175758  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 
67 aa  87  7e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1502  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 
68 aa  87.4  7e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.683183 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2440  cold shock protein CspA  61.9 
 
 
67 aa  87  7e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.11145 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2146  cold-shock DNA-binding domain protein  57.58 
 
 
66 aa  87  8e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0560  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
67 aa  87  8e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 
67 aa  87  8e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.54507  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
67 aa  86.7  9e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0557  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 
67 aa  86.7  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 
68 aa  86.3  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0658  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 
66 aa  86.3  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.18008e-25 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.58 
 
 
66 aa  86.3  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000279167  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.69 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  65.67 
 
 
67 aa  86.7  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0174  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.92 
 
 
65 aa  86.7  1e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000215085  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0220  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 
67 aa  85.9  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1213  cold shock protein CspA  60.32 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0645  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 
66 aa  86.7  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155303  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2901  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 
66 aa  86.3  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000000581473  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 
68 aa  86.7  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1185  cold shock protein CspA  60.32 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00075847  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29050  cold-shock DNA-binding protein family  64.18 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.415515  normal  0.771728 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1232  cold shock protein CspA  60.32 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000325579  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1054  cold shock protein CspA  60.32 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000920965  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1029  cold shock protein  60.32 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.00447e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  58.21 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1032  cold shock protein  60.32 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000608124  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1289  cold shock protein CspA  60.32 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000110281  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  62.12 
 
 
66 aa  85.9  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  62.12 
 
 
66 aa  85.9  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  58.46 
 
 
66 aa  85.5  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  64.06 
 
 
66 aa  85.5  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1135  cold shock protein CspA  60.32 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000287991  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10670  cold-shock DNA-binding protein family  62.69 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00582905  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4154  cold shock protein CspA  60.32 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000857883  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1035  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.32 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000461706  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  62.12 
 
 
66 aa  85.9  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  58.21 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  56.92 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  56.92 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3185  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000997397  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  56.92 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  56.92 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  56.92 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  56.92 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  56.92 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2880  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 
68 aa  85.1  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0521  Cold-shock protein DNA-binding protein  61.19 
 
 
79 aa  84.7  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1077  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27833e-32 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0752  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000576972  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>