More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TRQ2_1151 on replicon NC_010483
Organism: Thermotoga sp. RQ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
66 aa  131  3e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
66 aa  131  3e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.92 
 
 
65 aa  106  9.000000000000001e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 
66 aa  103  6e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0945  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
66 aa  102  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000276652  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
66 aa  102  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000200134  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 
66 aa  100  7e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  72.58 
 
 
65 aa  94.4  5e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.58 
 
 
65 aa  94.4  5e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  76.67 
 
 
67 aa  94  6e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2223  cold-shock DNA-binding protein family  70.97 
 
 
65 aa  92.8  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000339527  decreased coverage  1.60158e-22 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
65 aa  92.4  2e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000000102405  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.57 
 
 
67 aa  92  2e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0320  cold-shock DNA-binding protein family  70.15 
 
 
68 aa  92  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.673011 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  69.35 
 
 
83 aa  90.9  6e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.35 
 
 
65 aa  90.5  7e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  70 
 
 
67 aa  90.5  7e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 
67 aa  90.1  8e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
67 aa  90.1  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0754  cold-shock DNA-binding domain protein  63.64 
 
 
66 aa  90.1  1e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2178  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.13 
 
 
65 aa  89.7  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
67 aa  90.1  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  62.9 
 
 
67 aa  88.6  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0644  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.93 
 
 
66 aa  89  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000253244  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
66 aa  89  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  62.9 
 
 
67 aa  88.6  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1523  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.13 
 
 
66 aa  88.6  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.478782  normal  0.638647 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1817  cold-shock DNA-binding domain protein  66.13 
 
 
66 aa  87.8  4e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002542  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  58.46 
 
 
66 aa  88.2  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2017  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.54 
 
 
65 aa  87.8  4e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.679038  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.21 
 
 
66 aa  88.2  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  61.29 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  61.29 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  61.29 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.29 
 
 
65 aa  87.8  5e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  61.29 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.29 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.18 
 
 
75 aa  87.4  6e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000214016  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  61.29 
 
 
65 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  61.29 
 
 
65 aa  87.4  6e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  61.29 
 
 
65 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
68 aa  87  8e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 
65 aa  86.7  9e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0777  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.62 
 
 
67 aa  86.7  9e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1072  cold-shock DNA-binding domain protein  65.08 
 
 
68 aa  86.7  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000253624  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0174  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.68 
 
 
65 aa  86.3  1e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000215085  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 
66 aa  86.3  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2146  cold-shock DNA-binding domain protein  67.21 
 
 
66 aa  85.5  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2901  cold-shock DNA-binding domain protein  62.9 
 
 
66 aa  85.9  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000000581473  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
66 aa  85.5  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.66 
 
 
66 aa  85.9  2e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.9 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  60.61 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  60.61 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.54 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000164882  normal  0.415354 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.33 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0970  cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 
74 aa  85.1  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.251773 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  61.9 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0387  cold-shock DNA-binding domain protein  62.3 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000327706  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  62.12 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  62.5 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1584  cold-shock DNA-binding protein family  66.13 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000297873  unclonable  9.08249e-24 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.9 
 
 
92 aa  84.3  4e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
70 aa  84.3  4e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  60.61 
 
 
69 aa  84.3  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  60.61 
 
 
69 aa  84.3  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.68 
 
 
66 aa  84.3  5e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  60.61 
 
 
69 aa  84.3  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  60.61 
 
 
69 aa  84.3  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  60.61 
 
 
69 aa  84.3  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05490  putative cold-shock DNA-binding domain protein  65.57 
 
 
68 aa  84.3  5e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.94484e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  60.61 
 
 
69 aa  84.3  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  59.38 
 
 
66 aa  84.3  5e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  67.21 
 
 
69 aa  84  6e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1053  cold shock-like transcription regulator protein  62.5 
 
 
67 aa  84  7e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.470883  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3621  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.29 
 
 
69 aa  84  7e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0652324  hitchhiker  0.000182164 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2100  CSD family cold shock protein  53.85 
 
 
67 aa  84  7e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  62.5 
 
 
70 aa  84  7e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  67.21 
 
 
69 aa  84  7e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  63.49 
 
 
69 aa  83.6  8e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  63.49 
 
 
69 aa  83.6  8e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  83.6  8e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  83.6  8e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  63.49 
 
 
69 aa  83.6  8e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  83.6  8e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  83.6  8e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  83.6  8e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  83.6  8e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  60.61 
 
 
70 aa  83.6  8e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  60.61 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2122  cold-shock DNA-binding domain protein  63.64 
 
 
70 aa  83.6  9e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  60.61 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  60.61 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1820  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000376643  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>