More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_1006 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_1006  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
89 aa  181  3e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.644816  hitchhiker  0.000419725 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0638  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.42 
 
 
87 aa  122  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.557859  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0970  cold-shock DNA-binding domain protein  73.24 
 
 
74 aa  108  3e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.251773 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.44 
 
 
75 aa  100  8e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000214016  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2290  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 
68 aa  97.8  4e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.388252  hitchhiker  0.00970612 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1072  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 
68 aa  91.7  3e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000253624  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 
67 aa  91.7  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000164882  normal  0.415354 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34450  cold-shock DNA-binding protein family  66.15 
 
 
68 aa  90.1  8e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 
67 aa  90.1  9e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
66 aa  89.4  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
66 aa  87.8  5e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  87  7e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  87  7e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  67.69 
 
 
66 aa  87  7e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  67.69 
 
 
66 aa  87  7e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  87  7e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  87  7e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  87  7e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  87  7e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  87  7e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1054  cold shock protein CspA  65.08 
 
 
67 aa  87  8e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000920965  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1029  cold shock protein  65.08 
 
 
67 aa  87  8e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.00447e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
66 aa  87  8e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  66.15 
 
 
66 aa  87  8e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1135  cold shock protein CspA  65.08 
 
 
67 aa  87  8e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000287991  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0855  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
67 aa  87  8e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000708983  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1232  cold shock protein CspA  65.08 
 
 
67 aa  86.7  9e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000325579  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 
66 aa  86.7  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1289  cold shock protein CspA  65.08 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000110281  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2146  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 
66 aa  86.3  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1032  cold shock protein  65.08 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000608124  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4154  cold shock protein CspA  65.08 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000857883  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1035  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000461706  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
67 aa  86.7  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1185  cold shock protein CspA  65.08 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00075847  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2521  cold shock protein CspA  68.25 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000175758  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  68.25 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2257  cold shock protein CspA  68.25 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000681816  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  68.25 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2177  cold shock protein  68.25 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2422  cold shock protein CspA  68.25 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271714  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2440  cold shock protein CspA  68.25 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.11145 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  64.71 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1264  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 
66 aa  85.9  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000176373  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1213  cold shock protein CspA  66.13 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
67 aa  84.7  3e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2236  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
67 aa  84.7  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000182228  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
66 aa  85.5  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  65.15 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2387  cold shock protein CspA  66.67 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000343372  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2944  cold shock protein CspA  66.67 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000190383  hitchhiker  0.00000000328218 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2880  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 
68 aa  84.3  5e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0440  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
68 aa  84.3  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.270892  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1517  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
65 aa  84.3  5e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
67 aa  84.3  5e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  63.08 
 
 
66 aa  84.3  5e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 
67 aa  84  6e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 
67 aa  84  6e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
66 aa  84.3  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 
66 aa  84  7e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000279167  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.64 
 
 
66 aa  83.6  8e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
67 aa  83.6  8e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
68 aa  83.6  9e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 
67 aa  83.6  9e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  63.64 
 
 
67 aa  83.6  9e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 
66 aa  82.8  0.000000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2178  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
65 aa  82.8  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  62.12 
 
 
66 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  68.18 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  62.12 
 
 
66 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  62.12 
 
 
66 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  62.12 
 
 
66 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  63.64 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  62.12 
 
 
66 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  62.12 
 
 
66 aa  82.8  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  62.12 
 
 
66 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  62.12 
 
 
66 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3679  cold shock protein CspB  62.5 
 
 
65 aa  82.8  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.844549  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.49 
 
 
69 aa  82.8  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1666  cold shock protein CspB  62.5 
 
 
65 aa  82.8  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  62.12 
 
 
66 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
66 aa  83.2  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000494956  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
66 aa  82.8  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000689795  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0979697  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0557  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
67 aa  83.6  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0560  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2223  cold-shock DNA-binding protein family  62.5 
 
 
65 aa  83.6  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000339527  decreased coverage  1.60158e-22 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3652  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
69 aa  82.8  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1484  cold shock protein  62.5 
 
 
65 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00463121  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1629  cold shock protein CspB  62.5 
 
 
65 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  60.32 
 
 
67 aa  82.4  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 
66 aa  82.8  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.42 
 
 
67 aa  82  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.32 
 
 
68 aa  82  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
69 aa  82  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>