More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_2290 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_2290  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
68 aa  139  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.388252  hitchhiker  0.00970612 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1072  cold-shock DNA-binding domain protein  73.53 
 
 
68 aa  110  8.000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000253624  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.91 
 
 
75 aa  106  1e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000214016  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0970  cold-shock DNA-binding domain protein  69.12 
 
 
74 aa  103  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.251773 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0638  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.85 
 
 
87 aa  102  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.557859  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1006  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.18 
 
 
89 aa  98.2  3e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.644816  hitchhiker  0.000419725 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34450  cold-shock DNA-binding protein family  63.24 
 
 
68 aa  95.9  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0440  cold-shock DNA-binding domain protein  63.24 
 
 
68 aa  94.4  5e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.270892  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  67.69 
 
 
66 aa  92.8  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
66 aa  92.4  2e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  67.69 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2806  cold shock proteins  68.18 
 
 
85 aa  91.7  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.72104e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
66 aa  91.3  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 
67 aa  90.9  5e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0778  cold shock proteins  66.67 
 
 
66 aa  90.9  6e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726747  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.71 
 
 
67 aa  90.5  6e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
67 aa  90.1  9e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
67 aa  90.1  9e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1817  cold-shock DNA-binding domain protein  67.65 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002542  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.15 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  89.4  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 
66 aa  88.6  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 
67 aa  88.6  3e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1523  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.84 
 
 
66 aa  88.2  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.478782  normal  0.638647 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  64.62 
 
 
69 aa  87.4  5e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
65 aa  87.4  5e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
66 aa  87.8  5e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  87  7e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1878  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.08 
 
 
66 aa  87  7e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 
67 aa  87  7e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
65 aa  87  8e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  63.24 
 
 
66 aa  87  8e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  87  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 
66 aa  87  8e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  87  9e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 
66 aa  86.7  9e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000279167  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
69 aa  86.7  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
66 aa  86.3  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
68 aa  86.3  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2146  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 
66 aa  86.7  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.24 
 
 
66 aa  86.7  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 
67 aa  86.7  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 
66 aa  86.3  1e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.82 
 
 
66 aa  86.7  1e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 
66 aa  86.3  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1318  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
67 aa  86.7  1e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0833029  normal  0.039104 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0191  cold-shock domain-contain protein  64.71 
 
 
66 aa  85.5  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
68 aa  85.9  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
69 aa  85.5  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 
69 aa  85.5  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
83 aa  85.5  2e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
68 aa  85.9  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
69 aa  85.5  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
69 aa  85.5  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
68 aa  85.9  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
68 aa  85.9  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
69 aa  85.5  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1264  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 
66 aa  85.5  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000176373  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
67 aa  85.5  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  64.62 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  62.5 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  64.62 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  64.62 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  64.62 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  64.62 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  64.62 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  62.32 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  64.62 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  64.62 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0892  cold-shock DNA-binding domain protein  60.87 
 
 
68 aa  85.1  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  61.54 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
69 aa  85.5  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 
69 aa  85.1  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2017  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 
65 aa  85.1  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.679038  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
68 aa  85.1  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  64.62 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2100  CSD family cold shock protein  55.88 
 
 
67 aa  84.3  4e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 
66 aa  84.7  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.06 
 
 
92 aa  84.7  4e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2869  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0181409  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  64.62 
 
 
66 aa  84.7  4e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
66 aa  84.7  4e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0207  cold-shock domain-contain protein  66.15 
 
 
66 aa  84.3  5e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000092661  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  67.74 
 
 
67 aa  84.3  5e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2177  cold shock protein  67.74 
 
 
67 aa  84.3  5e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2422  cold shock protein CspA  67.74 
 
 
67 aa  84.3  5e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271714  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2440  cold shock protein CspA  67.74 
 
 
67 aa  84.3  5e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.11145 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 
68 aa  84.3  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2521  cold shock protein CspA  67.74 
 
 
67 aa  84.3  5e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000175758  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  59.09 
 
 
66 aa  84.3  5e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0777  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.87 
 
 
67 aa  84.3  5e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>