More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Huta_2592 on replicon NC_013158
Organism: Halorhabdus utahensis DSM 12940



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013158  Huta_2592  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
64 aa  127  3e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  decreased coverage  0.00103043  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0647  cold-shock DNA-binding domain protein  93.65 
 
 
69 aa  122  2e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0339  cold-shock DNA-binding domain protein  92.19 
 
 
64 aa  120  8e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.219193 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0554  cold-shock DNA-binding domain protein  92.06 
 
 
64 aa  119  1.9999999999999998e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  92.06 
 
 
64 aa  118  3e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2850  cold-shock DNA-binding domain protein  89.06 
 
 
65 aa  117  4.9999999999999996e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1326  cold-shock DNA-binding domain protein  89.06 
 
 
64 aa  117  4.9999999999999996e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.706189  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1986  cold-shock DNA-binding domain protein  90.48 
 
 
64 aa  117  6e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.320623 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1585  cold-shock DNA-binding domain protein  92.06 
 
 
64 aa  116  7.999999999999999e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1855  cold-shock DNA-binding domain protein  85.94 
 
 
64 aa  115  1.9999999999999998e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1549  cold-shock DNA-binding domain protein  88.89 
 
 
64 aa  115  1.9999999999999998e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  88.89 
 
 
64 aa  115  1.9999999999999998e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0430  cold-shock DNA-binding domain protein  88.89 
 
 
64 aa  114  3e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0661  cold-shock DNA-binding domain protein  87.3 
 
 
64 aa  114  3.9999999999999997e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.90481  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0048  cold-shock DNA-binding domain protein  85.94 
 
 
64 aa  114  5e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.152198  hitchhiker  0.00109076 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1312  cold-shock DNA-binding domain protein  85.71 
 
 
64 aa  113  6.9999999999999995e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.632587 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1421  cold-shock DNA-binding domain protein  88.89 
 
 
64 aa  112  1.0000000000000001e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  85.71 
 
 
64 aa  112  2.0000000000000002e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3545  cold-shock DNA-binding domain protein  82.81 
 
 
64 aa  108  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2828  cold-shock DNA-binding domain protein  92.06 
 
 
64 aa  100  6e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.272905  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2827  cold-shock DNA-binding domain protein  90.48 
 
 
64 aa  100  9e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.433406  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1630  cold-shock DNA-binding domain protein  76.47 
 
 
68 aa  96.7  1e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.686511  normal  0.327142 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3576  cold-shock DNA-binding domain protein  88.89 
 
 
64 aa  95.1  3e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0386  cold-shock DNA-binding domain protein  73.53 
 
 
78 aa  91.3  5e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.659141  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0493  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
66 aa  69.7  0.00000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.156279  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1440  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  54.69 
 
 
68 aa  67.4  0.00000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07120  cold-shock DNA-binding protein family  54.69 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976007  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  50.77 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  51.56 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1251  cold-shock DNA-binding domain protein  46.97 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.791861  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  51.56 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
68 aa  64.7  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
66 aa  62.8  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3093  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
72 aa  62.8  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.475725  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  53.12 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1584  cold-shock DNA-binding protein family  50 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000297873  unclonable  9.08249e-24 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3545  cold shock protein  50.79 
 
 
70 aa  62.4  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000314537  hitchhiker  0.00788202 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
67 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2370  cold shock proteins  48.48 
 
 
66 aa  62.8  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.71289e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
68 aa  62.4  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00070927  normal  0.594986 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0521  Cold-shock protein DNA-binding protein  51.56 
 
 
79 aa  62.8  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1070  cold shock protein  50.79 
 
 
70 aa  62.4  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00138821  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0320  cold-shock DNA-binding protein family  54.84 
 
 
68 aa  62.8  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.673011 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
67 aa  62.8  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  48.39 
 
 
69 aa  62.8  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
67 aa  62.8  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1124  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
70 aa  62.4  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000192661  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  50 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  62  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.54507  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3948  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.27 
 
 
68 aa  61.6  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  50 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
77 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  46.03 
 
 
70 aa  61.6  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0581  cold-shock domain-contain protein  50 
 
 
66 aa  61.6  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.94 
 
 
67 aa  61.2  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1465  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  0.000499386  normal  0.887495 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.94 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  61.2  0.000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.03 
 
 
66 aa  61.2  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000689795  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.77 
 
 
70 aa  61.2  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1750  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0957427  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6907  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
67 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240211  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
67 aa  60.8  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
67 aa  61.2  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  46.77 
 
 
69 aa  61.2  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  48.39 
 
 
70 aa  60.8  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.44 
 
 
67 aa  60.8  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0201  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.62 
 
 
70 aa  61.2  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.766684  hitchhiker  0.00947065 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  49.25 
 
 
66 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  49.25 
 
 
66 aa  60.8  0.000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  49.25 
 
 
66 aa  60.8  0.000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  49.25 
 
 
66 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  49.25 
 
 
66 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
70 aa  60.8  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  49.25 
 
 
66 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  49.25 
 
 
66 aa  60.8  0.000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  49.25 
 
 
66 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1291  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.515471  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  49.25 
 
 
66 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.170049  decreased coverage  0.000196654 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1053  cold shock-like transcription regulator protein  46.88 
 
 
67 aa  60.5  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.470883  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01731  hypothetical protein  44.62 
 
 
68 aa  60.5  0.000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>