More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4008 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_4008  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
64 aa  127  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6389  cold-shock DNA-binding domain protein  78.12 
 
 
68 aa  105  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.113104  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1732  Cold-shock protein DNA-binding  59.38 
 
 
63 aa  81.6  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.477747  normal  0.0104533 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4688  cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 
63 aa  80.1  0.000000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0555964  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0079  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 
63 aa  80.1  0.000000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.109273 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1247  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
64 aa  76.3  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 
63 aa  75.5  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  64.52 
 
 
63 aa  75.1  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.138203 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.29 
 
 
63 aa  74.3  0.0000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.801075 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0530  Cold-shock protein DNA-binding  61.29 
 
 
63 aa  74.3  0.0000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000113602 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08241  cold-shock DNA-binding domain protein  59.38 
 
 
64 aa  72.4  0.000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0004  Cold-shock protein DNA-binding  60.94 
 
 
63 aa  71.6  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3383  cold-shock DNA-binding domain protein  56.45 
 
 
198 aa  71.2  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.706051  normal  0.504445 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3945  cold-shock DNA-binding domain protein  55.74 
 
 
67 aa  71.2  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0509422  normal  0.707539 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5157  cold-shock DNA-binding domain protein  57.81 
 
 
63 aa  70.9  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3018  cold-shock DNA-binding domain protein  61.29 
 
 
63 aa  70.1  0.000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000391893  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.25 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0752  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.55 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000576972  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0175  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.25 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19390  cold-shock DNA-binding protein family  47.76 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.704539  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2638  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.46 
 
 
63 aa  66.2  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0531949  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  51.56 
 
 
67 aa  66.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2061  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.131927 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0769  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
69 aa  65.9  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.218929 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2202  cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3948  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0290  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.27 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2202  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.69 
 
 
69 aa  64.7  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.532688 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1049  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0988  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.76 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.262283  normal  0.0908383 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1045  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.396466  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5184  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.25 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00427326 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4798  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.25 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4884  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.25 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.71911  normal  0.101787 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0742  cold-shock DNA-binding domain protein  46.97 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.0000000000219995  unclonable  0.0000000000274746 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0590  cold-shock protein  46.97 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.000832642  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0962  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.93 
 
 
151 aa  63.9  0.0000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.27 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1392  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.124556  normal  0.329269 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12963  cold shock protein, putative DNA-binding protein  50 
 
 
63 aa  63.5  0.0000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.189222  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3366  cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6907  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240211  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4924  cold-shock DNA-binding domain protein  52.31 
 
 
94 aa  63.2  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0114675  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.54507  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1274  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.69 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3176  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13677  cold shock protein A cspA  46.27 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0108357  normal  0.108106 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.69 
 
 
77 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1892  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2588  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.110334  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  50.77 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  63.5  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.170049  decreased coverage  0.000196654 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.69 
 
 
67 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5002  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0802588  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0386  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
68 aa  62  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.654168  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 
69 aa  62.4  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0637  hypothetical protein  50 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.624462 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  46.27 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
66 aa  62.4  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  47.69 
 
 
67 aa  62.8  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0850  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
68 aa  62  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.79 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01731  hypothetical protein  40.3 
 
 
68 aa  62.4  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
68 aa  62  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3598  CspE-related protein  46.27 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164204  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0932  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.28 
 
 
68 aa  61.6  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2791  cold-shock domain-contain protein  46.27 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.827238  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.27 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3609  cold shock transcription regulator protein  46.27 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1947  Cold-shock protein DNA-binding  51.61 
 
 
68 aa  62  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711231  hitchhiker  0.00117492 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3622  cold-shock domain-contain protein  46.27 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2936  cold-shock domain-contain protein  46.27 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5433  cold-shock DNA-binding domain protein  52.73 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0949203  hitchhiker  0.00613475 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  41.79 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.15 
 
 
68 aa  61.6  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3184  cold-shock domain-contain protein  46.27 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  41.79 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0954  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
68 aa  62  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.631034  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4713  cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1750  cold-shock domain-contain protein  46.27 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
65 aa  61.2  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5163  cold-shock DNA-binding domain protein  52.73 
 
 
67 aa  61.2  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160929  normal  0.551155 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.79 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>