More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0530 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_0530  Cold-shock protein DNA-binding  100 
 
 
63 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000113602 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0004  Cold-shock protein DNA-binding  85.48 
 
 
63 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  74.19 
 
 
63 aa  100  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  71.43 
 
 
63 aa  97.8  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.138203 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4688  cold-shock DNA-binding domain protein  69.35 
 
 
63 aa  96.3  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0555964  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1732  Cold-shock protein DNA-binding  70.49 
 
 
63 aa  96.3  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.477747  normal  0.0104533 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5157  cold-shock DNA-binding domain protein  67.74 
 
 
63 aa  95.5  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3018  cold-shock DNA-binding domain protein  72.58 
 
 
63 aa  95.1  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000391893  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2638  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
63 aa  94.7  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0531949  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.9 
 
 
63 aa  86.7  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.801075 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3383  cold-shock DNA-binding domain protein  61.29 
 
 
198 aa  84.7  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.706051  normal  0.504445 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08241  cold-shock DNA-binding domain protein  59.68 
 
 
64 aa  82.4  0.000000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3945  cold-shock DNA-binding domain protein  57.63 
 
 
67 aa  79.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0509422  normal  0.707539 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12963  cold shock protein, putative DNA-binding protein  59.68 
 
 
63 aa  79.3  0.00000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.189222  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0079  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.38 
 
 
63 aa  75.5  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.109273 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4008  cold-shock DNA-binding domain protein  61.29 
 
 
64 aa  74.3  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0962  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.79 
 
 
151 aa  71.2  0.000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6389  cold-shock DNA-binding domain protein  58.06 
 
 
68 aa  70.5  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.113104  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1465  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.359616  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1914  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.53 
 
 
68 aa  68.2  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.85 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1247  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
64 aa  66.6  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  51.56 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1599  cold-shock protein, DNA-binding  44.78 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.564576  normal  0.380806 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3948  cold-shock DNA-binding domain protein  51.56 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3463  cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.107115  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.82 
 
 
69 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4166  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745487  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  49.23 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.23 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.77 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  47.69 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  47.69 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  47.69 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0521  Cold-shock protein DNA-binding protein  50 
 
 
79 aa  63.9  0.0000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2487  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.79 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0454544  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2320  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.680465  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  47.69 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  47.69 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  47.69 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  47.69 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3086  cold shock protein  56.36 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.97 
 
 
68 aa  63.9  0.0000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4713  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01731  hypothetical protein  48.44 
 
 
68 aa  63.9  0.0000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07120  cold-shock DNA-binding protein family  46.15 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976007  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1002  cold-shock domain-contain protein  46.15 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229308  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1892  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0679  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.45 
 
 
68 aa  62.8  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.233328  normal  0.774201 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  63.5  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1251  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  63.5  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.791861  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0587  cold-shock DNA-binding domain protein  51.56 
 
 
67 aa  63.5  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2965  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
68 aa  63.2  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000138264 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  45.31 
 
 
70 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0002  cold shock-like transcription regulator protein  46.15 
 
 
67 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000106276  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2345  cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.574294  normal  0.405321 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.54507  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7382  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.69 
 
 
67 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0708981 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.46 
 
 
70 aa  62.4  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.15 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1465  cold-shock DNA-binding domain protein  41.79 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  0.000499386  normal  0.887495 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1750  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.79 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0957427  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  51.56 
 
 
66 aa  62.4  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.15 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.62 
 
 
67 aa  62.8  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.312449  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.15 
 
 
67 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2957  cold-shock DNA-binding domain protein  41.79 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.200644  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2120  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.597488  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  62  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  46.88 
 
 
70 aa  62.8  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5002  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
67 aa  62.8  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0802588  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2735  cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.723886  normal  0.792546 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3880  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
67 aa  62.8  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902071  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.46 
 
 
70 aa  62  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
70 aa  62.8  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.15 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.15 
 
 
67 aa  62  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 
70 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 
70 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3653  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
80 aa  62.4  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.820165  normal  0.8886 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  51.56 
 
 
66 aa  62.4  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5269  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.15 
 
 
67 aa  62  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0859722 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  62  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.44 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1188  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.97 
 
 
68 aa  61.6  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00084266  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  44.62 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0117  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
76 aa  62  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>