More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0117 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_0117  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
76 aa  156  8e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1213  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 
70 aa  89.4  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.915345  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2676  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.03 
 
 
67 aa  77  0.00000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000256327  unclonable  1.4308e-18 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  57.58 
 
 
67 aa  77  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3948  cold-shock DNA-binding domain protein  53.03 
 
 
67 aa  74.7  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  53.03 
 
 
67 aa  73.6  0.0000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0175  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.62 
 
 
67 aa  73.2  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2027  cold shock-like protein CspC  53.03 
 
 
69 aa  72.8  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0742  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
67 aa  72.4  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.0000000000219995  unclonable  0.0000000000274746 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0590  cold-shock protein  56.25 
 
 
67 aa  72.4  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.000832642  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19390  cold-shock DNA-binding protein family  53.85 
 
 
67 aa  72  0.000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.704539  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  53.03 
 
 
70 aa  71.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  53.03 
 
 
70 aa  71.2  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  53.03 
 
 
70 aa  71.2  0.000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 
67 aa  71.2  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  53.03 
 
 
70 aa  71.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  53.03 
 
 
70 aa  71.2  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  53.03 
 
 
70 aa  71.2  0.000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  53.03 
 
 
70 aa  71.2  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  53.03 
 
 
70 aa  71.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  53.03 
 
 
69 aa  71.2  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  53.03 
 
 
70 aa  71.2  0.000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  53.03 
 
 
70 aa  71.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  53.03 
 
 
70 aa  71.2  0.000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  53.03 
 
 
70 aa  71.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  53.03 
 
 
70 aa  71.2  0.000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  53.03 
 
 
70 aa  71.2  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  53.03 
 
 
69 aa  71.2  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1251  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.791861  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0290  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.07 
 
 
67 aa  70.9  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0166  major cold shock protein  53.03 
 
 
70 aa  70.5  0.000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1521  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.06 
 
 
68 aa  70.5  0.000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.490356  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0752  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.69 
 
 
67 aa  70.5  0.000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000576972  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  51.52 
 
 
69 aa  70.5  0.000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  51.52 
 
 
69 aa  70.5  0.000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1977  cold shock-like protein CspC  53.03 
 
 
69 aa  70.5  0.000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  51.52 
 
 
69 aa  70.5  0.000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3733  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
68 aa  69.3  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.613597  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.23 
 
 
67 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  55.07 
 
 
68 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.23 
 
 
67 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2393  cold shock-like protein CspC  50 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01793  stress protein, member of the CspA-family  50 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000145825  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1820  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000376643  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1977  cold shock-like protein CspC  50 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000786929  normal  0.190727 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3711  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.62 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000509741  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1478  cold shock-like protein CspC  50 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000112944  normal  0.636634 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2038  cold shock-like protein CspC  50 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000133144  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2051  cold shock-like protein CspC  50 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000465967  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1715  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.23 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2089  cold shock-like protein CspC  50 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.57783e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1365  cold shock-like protein CspC  50 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000234098  normal  0.0150165 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1913  cold shock-like protein CspC  50 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000658  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1981  cold shock-like protein CspC  50 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000173649  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0493  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.23 
 
 
66 aa  69.3  0.00000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.156279  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1294  cold shock-like protein CspC  50 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000632959  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01781  hypothetical protein  50 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000220518  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1502  cold-shock DNA-binding domain protein  53.62 
 
 
68 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.683183 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2554  cold shock-like protein CspC  50 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810099  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.61 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1440  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.83 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.23 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.23 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.61 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
70 aa  68.6  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  49.23 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.61 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
70 aa  68.6  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.15 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.61 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.31 
 
 
70 aa  68.2  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5002  cold-shock DNA-binding domain protein  50.77 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0802588  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  50 
 
 
70 aa  68.6  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0255  Cold-shock protein DNA-binding protein  54.55 
 
 
71 aa  68.6  0.00000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  51.61 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  53.62 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.31 
 
 
66 aa  67.8  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000689795  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  53.23 
 
 
67 aa  68.2  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.85 
 
 
66 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1892  cold-shock DNA-binding domain protein  50.77 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
67 aa  67.8  0.00000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4166  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.23 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745487  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  52.38 
 
 
69 aa  67.4  0.00000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  52.38 
 
 
69 aa  67.4  0.00000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13677  cold shock protein A cspA  48.48 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0108357  normal  0.108106 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 
67 aa  67  0.00000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3828  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.48 
 
 
86 aa  67.4  0.00000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
70 aa  67.4  0.00000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.662229 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  51.52 
 
 
69 aa  67  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.83 
 
 
68 aa  67  0.00000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  51.52 
 
 
69 aa  67  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  51.52 
 
 
69 aa  67  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  51.52 
 
 
69 aa  67  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  51.52 
 
 
69 aa  67  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07120  cold-shock DNA-binding protein family  53.23 
 
 
67 aa  67  0.00000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976007  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  51.52 
 
 
69 aa  67  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.62 
 
 
77 aa  67  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.17 
 
 
67 aa  67  0.00000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>