More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3086 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_3086  cold shock protein  100 
 
 
67 aa  135  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  92.54 
 
 
67 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5433  cold-shock DNA-binding domain protein  89.55 
 
 
67 aa  123  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0949203  hitchhiker  0.00613475 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5163  cold-shock DNA-binding domain protein  89.55 
 
 
67 aa  122  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160929  normal  0.551155 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2874  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  83.58 
 
 
68 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4535  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  81.54 
 
 
68 aa  103  7e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 
67 aa  101  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1676  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
69 aa  87.4  6e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00586625  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1492  cold-shock family protein  62.12 
 
 
69 aa  87.4  6e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.136425  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1185  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.52 
 
 
69 aa  84.7  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1446  cold-shock family protein  63.49 
 
 
105 aa  84.3  6e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.215876  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2005  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.62 
 
 
69 aa  83.6  8e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.745199  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4194  cold-shock DNA-binding domain protein  56.06 
 
 
70 aa  82  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.06 
 
 
70 aa  82  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.29852 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.58 
 
 
70 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.59949  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3513  cold-shock DNA-binding domain protein  56.06 
 
 
70 aa  82  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7022  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.06 
 
 
70 aa  82  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0599246  normal  0.604228 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2176  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.07 
 
 
69 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.141033  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3257  cold-shock protein, DNA-binding  55.07 
 
 
69 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0261895 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3878  cold-shock DNA-binding domain protein  57.35 
 
 
69 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3436  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.82 
 
 
69 aa  81.3  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1056  cold-shock DNA-binding domain protein  57.14 
 
 
70 aa  80.5  0.000000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.102694 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0311  cold-shock protein, DNA-binding  57.14 
 
 
68 aa  79.3  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.656988  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.73 
 
 
68 aa  79.7  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7552  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.88 
 
 
69 aa  79.7  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.229595  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1556  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.07 
 
 
70 aa  79.3  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1185  cold-shock protein DNA-binding  54.41 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0202677 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1345  cold-shock DNA-binding domain protein  54.41 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.708004 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6274  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.517051  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5491  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.94 
 
 
69 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599855  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2750  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.88 
 
 
69 aa  78.2  0.00000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.33157  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4677  cold-shock DNA-binding domain protein  54.41 
 
 
69 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.403947  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6033  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.73 
 
 
69 aa  77.4  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.263263  normal  0.0669471 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  50.72 
 
 
69 aa  77  0.00000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.674883  normal  0.12074 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1949  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.58 
 
 
69 aa  77.4  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.589262  normal  0.169365 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0977  cold-shock DNA-binding family protein  52.17 
 
 
69 aa  77  0.00000000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.717834  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0810  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.88 
 
 
69 aa  77  0.00000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1798  cold-shock DNA-binding domain protein  53.03 
 
 
69 aa  77  0.00000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2375  cold-shock protein, DNA-binding  54.41 
 
 
69 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583398  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0430  cold-shock family protein  53.62 
 
 
69 aa  76.3  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1810  cold-shock DNA-binding domain protein  51.47 
 
 
69 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.275955  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5421  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
68 aa  76.3  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.14942  normal  0.64967 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.47 
 
 
179 aa  76.3  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2980  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
73 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.0073832  normal  0.0936276 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1892  cold-shock protein DNA-binding  52.94 
 
 
69 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5928  cold-shock DNA-binding domain protein  54.55 
 
 
69 aa  75.5  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.47 
 
 
69 aa  75.5  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0886  cold-shock protein DNA-binding  50.72 
 
 
69 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0757124 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0841  cold-shock DNA-binding domain protein  54.55 
 
 
69 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2533  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.88 
 
 
69 aa  75.5  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 
69 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.499823  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4164  cold-shock protein DNA-binding  52.94 
 
 
69 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.593748  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3306  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.03 
 
 
69 aa  75.9  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1893  cold-shock protein DNA-binding  57.14 
 
 
69 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4533  cold-shock DNA-binding domain protein  52.94 
 
 
69 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0846  cold-shock DNA-binding domain protein  50.72 
 
 
69 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.012505 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3853  cold-shock DNA-binding domain protein  53.03 
 
 
69 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2846  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.88 
 
 
73 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.495681  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.17 
 
 
69 aa  73.9  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5378  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.53 
 
 
69 aa  73.6  0.0000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.260469 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0078  cold-shock DNA-binding domain protein  53.03 
 
 
69 aa  73.6  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.19657  normal  0.176991 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1521  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.62 
 
 
68 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.490356  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0093  cold-shock DNA-binding domain protein  53.03 
 
 
69 aa  73.2  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.941798  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2503  cold-shock DNA-binding domain protein  58.46 
 
 
70 aa  73.6  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.731962 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2034  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.88 
 
 
67 aa  73.2  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.465881  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4644  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.72 
 
 
68 aa  73.2  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2208  cold-shock DNA-binding domain protein  58.46 
 
 
70 aa  73.6  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.22 
 
 
71 aa  72.8  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611476  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
69 aa  72.8  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.392301 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3947  cold-shock protein DNA-binding  53.03 
 
 
69 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.246482 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0142  cold shock protein  48.53 
 
 
74 aa  72.4  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1914  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.47 
 
 
68 aa  72.4  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0217  cold-shock DNA-binding domain protein  48.53 
 
 
69 aa  72.4  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4315  cold-shock DNA-binding domain protein  53.03 
 
 
69 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0374104  normal  0.166197 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0367  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.41 
 
 
73 aa  72.4  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0246  cold-shock DNA-binding domain protein  48.53 
 
 
69 aa  72.4  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251668  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6591  cold-shock DNA-binding domain protein  48.53 
 
 
69 aa  72  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00426867 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5162  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.97 
 
 
69 aa  71.6  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  55.22 
 
 
63 aa  72  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0003  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.28 
 
 
67 aa  72  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5655  cold-shock DNA-binding domain protein  48.53 
 
 
69 aa  72  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313891  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.52 
 
 
68 aa  71.2  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.265865  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4283  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.38 
 
 
68 aa  71.6  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5567  cold shock protein  57.14 
 
 
70 aa  71.2  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197261  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3035  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
69 aa  70.9  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.084577  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4422  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
69 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.369024 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5339  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.56 
 
 
71 aa  70.9  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3156  cold shock protein  53.03 
 
 
71 aa  70.5  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0809  cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 
69 aa  70.5  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.13645 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0922  cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 
69 aa  70.5  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11423  normal  0.220498 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4688  cold-shock DNA-binding domain protein  61.82 
 
 
63 aa  70.5  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0555964  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3161  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
69 aa  69.7  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161902  normal  0.108125 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2199  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.06 
 
 
67 aa  69.3  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.735899 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4272  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.94 
 
 
66 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.217345  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2061  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.38 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.131927 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  56.72 
 
 
70 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.65 
 
 
68 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2134  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.06 
 
 
70 aa  68.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895111  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.23 
 
 
70 aa  68.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.662229 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.89 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.24529  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>