More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_4054 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_4054  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
148 aa  298  1e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0962  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.8 
 
 
151 aa  165  2e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5168  cold-shock DNA-binding domain protein  47.62 
 
 
147 aa  127  7.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.293289  hitchhiker  0.00537558 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0079  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.33 
 
 
63 aa  65.5  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.109273 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3383  cold-shock DNA-binding domain protein  47.62 
 
 
198 aa  64.7  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.706051  normal  0.504445 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4688  cold-shock DNA-binding domain protein  49.18 
 
 
63 aa  64.3  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0555964  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12963  cold shock protein, putative DNA-binding protein  49.18 
 
 
63 aa  63.9  0.0000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.189222  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.18 
 
 
63 aa  62  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.801075 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08241  cold-shock DNA-binding domain protein  46.03 
 
 
64 aa  60.5  0.000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6389  cold-shock DNA-binding domain protein  53.12 
 
 
68 aa  59.7  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.113104  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3945  cold-shock DNA-binding domain protein  44.26 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0509422  normal  0.707539 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  49.18 
 
 
63 aa  58.2  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.138203 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0530  Cold-shock protein DNA-binding  45.9 
 
 
63 aa  57.8  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000113602 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0637  hypothetical protein  43.94 
 
 
67 aa  57.4  0.00000007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.624462 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1732  Cold-shock protein DNA-binding  44.26 
 
 
63 aa  56.6  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.477747  normal  0.0104533 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3018  cold-shock DNA-binding domain protein  44.44 
 
 
63 aa  56.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000391893  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2638  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45 
 
 
63 aa  55.1  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0531949  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1247  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.54 
 
 
64 aa  55.1  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  44.44 
 
 
63 aa  55.1  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 
67 aa  54.3  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0979697  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0004  Cold-shock protein DNA-binding  44.44 
 
 
63 aa  54.3  0.0000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4008  cold-shock DNA-binding domain protein  49.18 
 
 
64 aa  53.9  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2035  hypothetical protein  48.21 
 
 
61 aa  53.5  0.0000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0955509  hitchhiker  0.00100004 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5157  cold-shock DNA-binding domain protein  42.86 
 
 
63 aa  53.5  0.0000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  39.06 
 
 
64 aa  52.4  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0733  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.62 
 
 
67 aa  52  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000585148  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  37.5 
 
 
64 aa  50.8  0.000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  38.81 
 
 
66 aa  50.8  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  38.81 
 
 
66 aa  50.8  0.000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 
66 aa  50.8  0.000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000494956  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0117  cold-shock DNA-binding domain protein  37.68 
 
 
76 aa  49.7  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0430  cold-shock DNA-binding domain protein  39.06 
 
 
64 aa  50.1  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1585  cold-shock DNA-binding domain protein  37.5 
 
 
64 aa  48.9  0.00002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19390  cold-shock DNA-binding protein family  44.62 
 
 
67 aa  48.9  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.704539  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2850  cold-shock DNA-binding domain protein  38.1 
 
 
65 aa  48.5  0.00003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1465  cold-shock DNA-binding domain protein  35.38 
 
 
67 aa  48.1  0.00004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  0.000499386  normal  0.887495 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1213  cold-shock DNA-binding domain protein  40.91 
 
 
70 aa  48.1  0.00004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.915345  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4519  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.79 
 
 
66 aa  48.1  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  35.94 
 
 
67 aa  48.1  0.00004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1750  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.38 
 
 
67 aa  48.1  0.00004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0957427  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0207  cold-shock domain-contain protein  40.91 
 
 
66 aa  47.8  0.00005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000092661  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 
67 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1266  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.39 
 
 
66 aa  47.8  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.7573e-18  decreased coverage  0.00000000000100442 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4077  cold-shock DNA-binding domain protein  40.3 
 
 
67 aa  47.8  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.742445 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3948  cold-shock DNA-binding domain protein  35.82 
 
 
67 aa  47.8  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1765  cold shock DNA-binding protein  40.98 
 
 
71 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0225255  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 
67 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 
67 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 
67 aa  47.4  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.5 
 
 
67 aa  47.4  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 
67 aa  47.4  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1986  cold-shock DNA-binding domain protein  39.06 
 
 
64 aa  47.8  0.00006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.320623 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3392  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.39 
 
 
68 aa  47.4  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  39.13 
 
 
68 aa  47.4  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1452  cold shock protein  40.3 
 
 
69 aa  47.4  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00528727  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.39 
 
 
66 aa  47  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1421  cold-shock DNA-binding domain protein  36.51 
 
 
64 aa  47  0.00009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.38 
 
 
67 aa  47  0.00009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.81 
 
 
66 aa  46.6  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0554  cold-shock DNA-binding domain protein  35.94 
 
 
64 aa  46.6  0.0001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4020  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.82 
 
 
66 aa  46.6  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.08 
 
 
66 aa  46.6  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000689795  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0647  cold-shock DNA-binding domain protein  37.7 
 
 
69 aa  46.6  0.0001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2086  cold-shock DNA-binding domain protein  39.34 
 
 
71 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000534295  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  34.33 
 
 
70 aa  45.4  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 
67 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.1 
 
 
67 aa  45.4  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0387  cold-shock DNA-binding domain protein  36.76 
 
 
67 aa  45.8  0.0002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000327706  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3156  cold shock protein  38.24 
 
 
71 aa  45.8  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.24 
 
 
70 aa  45.4  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.662229 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1502  cold-shock DNA-binding domain protein  37.68 
 
 
68 aa  46.2  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.683183 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.33 
 
 
70 aa  45.4  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
71 aa  45.8  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7382  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.92 
 
 
67 aa  46.2  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0708981 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0676  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.38 
 
 
67 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.197262  normal  0.753603 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2873  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.3 
 
 
70 aa  45.8  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0174  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.24 
 
 
65 aa  45.8  0.0002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000215085  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3308  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 
66 aa  46.2  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515158  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3545  cold-shock DNA-binding domain protein  36.51 
 
 
64 aa  45.8  0.0002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2592  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 
64 aa  45.8  0.0002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  decreased coverage  0.00103043  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1855  cold-shock DNA-binding domain protein  36.51 
 
 
64 aa  45.8  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0048  cold-shock DNA-binding domain protein  38.33 
 
 
64 aa  45.8  0.0002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.152198  hitchhiker  0.00109076 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2079  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.34 
 
 
71 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.301245  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5002  cold-shock DNA-binding domain protein  37.5 
 
 
67 aa  45.8  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0802588  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  36.92 
 
 
67 aa  45.4  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  38.24 
 
 
66 aa  45.4  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.82 
 
 
66 aa  45.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
NC_009832  Spro_1715  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 
69 aa  45.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2393  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.81 
 
 
67 aa  45.4  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.06 
 
 
70 aa  45.4  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.46 
 
 
67 aa  45.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2498  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.5 
 
 
70 aa  45.4  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000241121  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  36.07 
 
 
67 aa  45.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.38 
 
 
70 aa  45.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2806  cold shock proteins  36.36 
 
 
85 aa  44.7  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.72104e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4113  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.81 
 
 
67 aa  44.7  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000103179  normal  0.421912 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4995  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.76 
 
 
67 aa  44.7  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833631  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.29 
 
 
68 aa  44.7  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0877  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.25 
 
 
67 aa  44.7  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.351907  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4356  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.46 
 
 
66 aa  45.1  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.184389 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>