More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1452 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_1452  cold shock protein  100 
 
 
69 aa  142  1e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00528727  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1162  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.29 
 
 
70 aa  92.4  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  57.81 
 
 
83 aa  80.9  0.000000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  59.38 
 
 
66 aa  78.6  0.00000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 
67 aa  78.6  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0644  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.58 
 
 
66 aa  77.8  0.00000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000253244  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  59.38 
 
 
67 aa  77.4  0.00000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  59.38 
 
 
67 aa  77.4  0.00000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.9 
 
 
65 aa  77  0.00000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.46 
 
 
66 aa  77  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1720  cold shock protein CspB  59.38 
 
 
65 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.146917  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1512  cold shock protein CspB  59.38 
 
 
65 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0532666  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1484  cold shock protein  59.38 
 
 
65 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00463121  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1474  cold shock protein  59.38 
 
 
65 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.259968  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1629  cold shock protein CspB  59.38 
 
 
65 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 
66 aa  76.6  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1771  cold shock protein CspB  59.38 
 
 
65 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.674817  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1666  cold shock protein CspB  59.38 
 
 
65 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  58.46 
 
 
66 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2100  CSD family cold shock protein  57.38 
 
 
67 aa  75.9  0.0000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  58.46 
 
 
66 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  57.81 
 
 
67 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  58.46 
 
 
66 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  58.46 
 
 
66 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  57.81 
 
 
67 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.14 
 
 
69 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  57.81 
 
 
65 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  58.46 
 
 
66 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  57.81 
 
 
67 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.25 
 
 
65 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  58.46 
 
 
66 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  57.81 
 
 
65 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  57.81 
 
 
65 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
67 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  56.72 
 
 
69 aa  75.9  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  58.46 
 
 
66 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  57.81 
 
 
67 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1817  cold-shock DNA-binding domain protein  58.73 
 
 
66 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002542  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  58.46 
 
 
66 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0174  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.97 
 
 
65 aa  75.5  0.0000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000215085  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.69 
 
 
67 aa  75.5  0.0000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  56.72 
 
 
69 aa  75.9  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3679  cold shock protein CspB  59.38 
 
 
65 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.844549  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1517  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
65 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.84 
 
 
66 aa  74.7  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.71 
 
 
69 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.92 
 
 
67 aa  74.3  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  55.71 
 
 
69 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.71 
 
 
69 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1327  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
65 aa  74.3  0.0000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00843058  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  58.46 
 
 
66 aa  73.9  0.0000000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1697  cold shock protein CspB  57.81 
 
 
65 aa  74.3  0.0000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0754  cold-shock DNA-binding domain protein  57.81 
 
 
66 aa  73.9  0.0000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.03 
 
 
69 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2387  cold shock protein CspA  55.22 
 
 
67 aa  73.9  0.0000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000343372  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2944  cold shock protein CspA  55.22 
 
 
67 aa  73.9  0.0000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000190383  hitchhiker  0.00000000328218 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.73 
 
 
67 aa  73.9  0.0000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.71 
 
 
69 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2223  cold-shock DNA-binding protein family  57.81 
 
 
65 aa  73.6  0.0000000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000339527  decreased coverage  1.60158e-22 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0756  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.79 
 
 
66 aa  73.6  0.0000000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000688666  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0777  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.73 
 
 
67 aa  73.6  0.0000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0972  CSD family cold shock protein  53.03 
 
 
77 aa  73.6  0.0000000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.28 
 
 
68 aa  73.6  0.0000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2017  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.56 
 
 
65 aa  73.6  0.0000000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.679038  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  57.58 
 
 
70 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  57.58 
 
 
70 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.45 
 
 
68 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00070927  normal  0.594986 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  57.58 
 
 
70 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  55.38 
 
 
66 aa  72.8  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  57.58 
 
 
70 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2146  cold-shock DNA-binding domain protein  54.55 
 
 
66 aa  72.8  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  59.38 
 
 
68 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  56.92 
 
 
66 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1587  cold-shock DNA-binding protein family  56.25 
 
 
66 aa  73.6  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000012511  unclonable  7.72165e-24 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  57.58 
 
 
70 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0855  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.46 
 
 
67 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000708983  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2806  cold shock proteins  58.73 
 
 
85 aa  72.8  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.72104e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0928  cold-shock DNA-binding domain protein  59.02 
 
 
65 aa  73.2  0.000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  57.58 
 
 
70 aa  72.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.56 
 
 
66 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.32 
 
 
65 aa  73.2  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.38 
 
 
66 aa  72.8  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  57.58 
 
 
70 aa  72.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.29 
 
 
69 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  57.58 
 
 
70 aa  72.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  57.58 
 
 
70 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  57.58 
 
 
70 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2901  cold-shock DNA-binding domain protein  58.73 
 
 
66 aa  72.8  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000000581473  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1523  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.73 
 
 
66 aa  72.8  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.478782  normal  0.638647 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.69 
 
 
66 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  57.58 
 
 
70 aa  72.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  57.58 
 
 
70 aa  72.8  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  57.58 
 
 
70 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  57.58 
 
 
70 aa  72.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.14 
 
 
66 aa  72.8  0.000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  53.03 
 
 
69 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  52.31 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  52.31 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  52.31 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1504  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.06 
 
 
72 aa  72.8  0.000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>