More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smon_0928 on replicon NC_013515
Organism: Streptobacillus moniliformis DSM 12112



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013515  Smon_0928  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
65 aa  128  3e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3013  cold-shock DNA-binding domain protein  80 
 
 
65 aa  106  1e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000213425  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
65 aa  89.7  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  63.49 
 
 
67 aa  88.6  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  63.49 
 
 
67 aa  88.6  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  63.49 
 
 
67 aa  88.6  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  63.49 
 
 
65 aa  88.6  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
67 aa  88.6  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  63.49 
 
 
65 aa  88.6  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  63.49 
 
 
67 aa  88.6  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  63.49 
 
 
65 aa  88.6  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
65 aa  88.2  4e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  65.08 
 
 
65 aa  87.8  5e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.3 
 
 
66 aa  87  8e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  61.9 
 
 
67 aa  87  9e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  61.9 
 
 
67 aa  87  9e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
65 aa  86.7  9e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.9 
 
 
65 aa  86.3  1e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.9 
 
 
66 aa  86.7  1e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2100  CSD family cold shock protein  65 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0756  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.67 
 
 
66 aa  85.9  2e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000688666  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2236  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.9 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000182228  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1977  cold shock-like protein CspC  65.08 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05490  putative cold-shock DNA-binding domain protein  62.9 
 
 
68 aa  84.7  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.94484e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  62.9 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1846  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.29 
 
 
69 aa  84.3  5e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.174737  normal  0.594257 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2133  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.29 
 
 
69 aa  84.3  5e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.415341  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  63.49 
 
 
69 aa  84  7e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
66 aa  84  7e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  67.21 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  67.21 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.9 
 
 
68 aa  83.6  9e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.68 
 
 
68 aa  83.6  9e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1478  cold shock-like protein CspC  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000112944  normal  0.636634 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01793  stress protein, member of the CspA-family  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000145825  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2038  cold shock-like protein CspC  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000133144  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1820  cold-shock DNA-binding domain protein  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000376643  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  61.9 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01781  hypothetical protein  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000220518  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1294  cold shock-like protein CspC  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000632959  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1365  cold shock-like protein CspC  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000234098  normal  0.0150165 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2257  cold shock protein CspA  61.9 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000681816  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1913  cold shock-like protein CspC  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000658  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1977  cold shock-like protein CspC  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000786929  normal  0.190727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  61.9 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2051  cold shock-like protein CspC  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000465967  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2177  cold shock protein  61.9 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1981  cold shock-like protein CspC  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000173649  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2393  cold shock-like protein CspC  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.06 
 
 
66 aa  82.8  0.000000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2422  cold shock protein CspA  61.9 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271714  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2521  cold shock protein CspA  61.9 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000175758  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  61.67 
 
 
83 aa  83.2  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2440  cold shock protein CspA  61.9 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.11145 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0880  cold shock protein  59.02 
 
 
66 aa  83.6  0.000000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000035682  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2554  cold shock-like protein CspC  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810099  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2027  cold shock-like protein CspC  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2955  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.3 
 
 
68 aa  82.8  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.93 
 
 
66 aa  82.8  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2089  cold shock-like protein CspC  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.57783e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  82.4  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  61.54 
 
 
70 aa  82.4  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
70 aa  82.4  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.81 
 
 
69 aa  82.8  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.68 
 
 
69 aa  82.4  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2387  cold shock protein CspA  60.32 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000343372  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  82.4  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  82.4  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  82.4  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0201  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 
70 aa  82.4  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.766684  hitchhiker  0.00947065 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  82.4  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2944  cold shock protein CspA  60.32 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000190383  hitchhiker  0.00000000328218 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  63.49 
 
 
69 aa  82.4  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.33 
 
 
66 aa  81.6  0.000000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000279167  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.06 
 
 
65 aa  82  0.000000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000000102405  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0174  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 
65 aa  81.6  0.000000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000215085  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
70 aa  82  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1336  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.32 
 
 
68 aa  82  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.02 
 
 
69 aa  82  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>