More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2863 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2863  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 67 aa  134  5e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104202  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 66 aa  97.4  6e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.199562  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.38 
 
 		 66 aa  96.7  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  75.38 
 
 		 66 aa  96.7  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0555  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 		 66 aa  95.1  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705321  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  67.16 
 
 		 66 aa  92  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  70.31 
 
 		 66 aa  90.9  5e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 		 66 aa  90.9  5e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2100  CSD family cold shock protein  65.67 
 
 		 67 aa  90.9  6e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 68 aa  90.5  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 66 aa  90.5  7e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0320  cold-shock DNA-binding protein family  62.5 
 
 		 68 aa  90.5  7e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.673011 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 		 67 aa  90.1  8e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0521  Cold-shock protein DNA-binding protein  60.61 
 
 		 79 aa  90.1  8e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1053  cold shock-like transcription regulator protein  62.69 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.470883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.88 
 
 		 66 aa  89.4  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 		 66 aa  89.7  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4356  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 		 66 aa  90.1  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.184389 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  64.06 
 
 		 67 aa  89.4  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  64.06 
 
 		 67 aa  89.4  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0290  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 		 67 aa  90.1  1e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.62 
 
 		 66 aa  89.7  1e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 		 67 aa  89.4  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 		 67 aa  89.4  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 		 67 aa  89.4  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 		 67 aa  89.4  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 		 310 aa  88.6  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  69.23 
 
 		 66 aa  88.6  3e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  69.23 
 
 		 66 aa  88.6  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  68.75 
 
 		 66 aa  88.2  3e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  69.23 
 
 		 66 aa  88.6  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  69.23 
 
 		 66 aa  88.6  3e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  69.23 
 
 		 66 aa  88.6  3e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  69.23 
 
 		 66 aa  88.6  3e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.94 
 
 		 67 aa  88.2  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  69.23 
 
 		 66 aa  88.6  3e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 		 67 aa  88.2  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.74 
 
 		 65 aa  88.6  3e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0587  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 		 67 aa  88.2  3e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.06 
 
 		 68 aa  88.2  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  69.23 
 
 		 66 aa  88.6  3e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 		 67 aa  88.2  3e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1878  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.08 
 
 		 66 aa  88.6  3e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  69.23 
 
 		 66 aa  88.6  3e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.38 
 
 		 67 aa  88.6  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  59.38 
 
 		 67 aa  88.2  3e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0191  cold-shock domain-contain protein  65.67 
 
 		 66 aa  87.8  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 		 67 aa  88.2  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 		 66 aa  88.2  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.72 
 
 		 67 aa  88.2  4e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0756  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 		 66 aa  88.2  4e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000688666  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3009  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 		 66 aa  87.4  5e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000338094  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  64.06 
 
 		 67 aa  87.4  6e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2222  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 66 aa  87.4  6e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  67.74 
 
 		 67 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  58.21 
 
 		 67 aa  87.4  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2005  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 66 aa  87.4  6e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1727900000000003e-24 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  67.74 
 
 		 67 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3308  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 66 aa  87.4  6e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515158  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  67.74 
 
 		 65 aa  87.4  7e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  67.74 
 
 		 67 aa  87  7e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.74 
 
 		 67 aa  87  7e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  67.74 
 
 		 67 aa  87  7e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  67.74 
 
 		 67 aa  87  7e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  67.74 
 
 		 69 aa  87  7e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2965  cold-shock DNA-binding domain protein  56.72 
 
 		 68 aa  87  7e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000138264 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  67.74 
 
 		 65 aa  87.4  7e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 		 68 aa  87  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 		 68 aa  87  7e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  67.74 
 
 		 67 aa  87  7e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 66 aa  87  7e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  67.74 
 
 		 65 aa  87.4  7e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  59.38 
 
 		 67 aa  87  8e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 		 67 aa  87  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0114675  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0237  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 		 66 aa  87  8e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000692047  hitchhiker  0.0000000000000296416 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 		 67 aa  87  8e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1274  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 		 67 aa  87  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  58.21 
 
 		 67 aa  87  8e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.69 
 
 		 66 aa  87  8e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2588  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 		 67 aa  87  8e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.110334  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7468  cold-shock DNA-binding domain protein  58.21 
 
 		 68 aa  86.7  9e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0174  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.06 
 
 		 65 aa  86.7  9e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000215085  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.38 
 
 		 67 aa  86.7  9e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 		 68 aa  86.3  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1465  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.92 
 
 		 67 aa  86.7  1e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.359616  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  67.21 
 
 		 83 aa  86.7  1e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  67.74 
 
 		 69 aa  86.3  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  67.74 
 
 		 69 aa  86.3  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3366  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 		 67 aa  86.3  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  67.74 
 
 		 69 aa  86.3  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2202  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 		 67 aa  86.7  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.92 
 
 		 67 aa  86.7  1e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1291  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 		 67 aa  86.3  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.515471  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 		 67 aa  86.3  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  58.46 
 
 		 67 aa  86.7  1e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.72 
 
 		 67 aa  86.3  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  63.93 
 
 		 70 aa  86.7  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2061  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 		 67 aa  86.7  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.131927 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2279  cold-shock domain-contain protein  58.21 
 
 		 67 aa  85.5  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000000000750079  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2160  cold-shock protein, DNA-binding  64.06 
 
 		 70 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233344  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>