36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2336 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2336  hypothetical protein  100 
 
 		 111 aa  233  8e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.900928  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3705  Excalibur domain-containing protein  43.75 
 
 		 97 aa  100  9e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4616  hypothetical protein  68.89 
 
 		 231 aa  84.7  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.825297 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0396  hypothetical protein  71.11 
 
 		 134 aa  81.3  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.713289  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1841  Excalibur domain protein  73.33 
 
 		 102 aa  80.5  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1043  hypothetical protein  57.14 
 
 		 156 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0355222  normal  0.453598 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.5 
 
 		 195 aa  71.6  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0693  hypothetical protein  70 
 
 		 143 aa  70.9  0.000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1911  hypothetical protein  71.05 
 
 		 87 aa  70.5  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357462  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.6 
 
 		 193 aa  69.3  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  36.54 
 
 		 219 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.54 
 
 		 217 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.58 
 
 		 219 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.58 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4786  putative cold-shock protein, DNA-binding  37.74 
 
 		 104 aa  65.5  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.548437  normal  0.675436 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.08 
 
 		 203 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.54 
 
 		 186 aa  63.2  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1304  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.45 
 
 		 201 aa  62.8  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.366521  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.54 
 
 		 185 aa  61.6  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  33.01 
 
 		 203 aa  61.2  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.54 
 
 		 197 aa  61.6  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.64 
 
 		 204 aa  60.1  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 188 aa  60.1  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1486  cold-shock protein  55 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00940094  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.1 
 
 		 192 aa  57.4  0.00000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01686  cold shock domain protein  39.73 
 
 		 129 aa  57.4  0.00000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.711044  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.28 
 
 		 177 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.83 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0441  cold-shock protein, DNA-binding  32.35 
 
 		 239 aa  55.5  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249195  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2624  hypothetical protein  72.41 
 
 		 34 aa  54.7  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  42.86 
 
 		 168 aa  54.3  0.0000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47870  SNase-like protein  40.48 
 
 		 225 aa  51.2  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2942  prophage MuMc02, nuclease, putative  52.38 
 
 		 216 aa  48.5  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375298  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1410  cold-shock protein, DNA-binding  46.15 
 
 		 66 aa  43.9  0.0007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3072  cold-shock protein, DNA-binding  51.22 
 
 		 197 aa  43.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>