37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4786 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4786  putative cold-shock protein, DNA-binding  100 
 
 		 104 aa  216  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.548437  normal  0.675436 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.59 
 
 		 204 aa  85.9  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  46 
 
 		 195 aa  85.5  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39 
 
 		 219 aa  84.7  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.38 
 
 		 205 aa  84.3  5e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  46.75 
 
 		 168 aa  84  7e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  38.61 
 
 		 219 aa  83.6  9e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.61 
 
 		 217 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39 
 
 		 203 aa  79  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1486  cold-shock protein  56.45 
 
 		 176 aa  78.6  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00940094  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 188 aa  77  0.00000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.63 
 
 		 177 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.11 
 
 		 186 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.6 
 
 		 217 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.33 
 
 		 192 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1304  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.9 
 
 		 201 aa  74.7  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.366521  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0441  cold-shock protein, DNA-binding  65.96 
 
 		 239 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249195  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1043  hypothetical protein  44.59 
 
 		 156 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0355222  normal  0.453598 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 206 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  41 
 
 		 203 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.83 
 
 		 197 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.36 
 
 		 193 aa  66.2  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01686  cold shock domain protein  36.27 
 
 		 129 aa  66.6  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.711044  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2336  hypothetical protein  37.74 
 
 		 111 aa  65.5  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.900928  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 		 185 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0693  hypothetical protein  56.82 
 
 		 143 aa  64.3  0.0000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4616  hypothetical protein  35.48 
 
 		 231 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.825297 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3705  Excalibur domain-containing protein  31.63 
 
 		 97 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1841  Excalibur domain protein  55 
 
 		 102 aa  58.5  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0396  hypothetical protein  27.91 
 
 		 134 aa  57.8  0.00000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.713289  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1911  hypothetical protein  52.63 
 
 		 87 aa  56.2  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357462  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47870  SNase-like protein  52.08 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1593  nuclease-like protein  51.92 
 
 		 196 aa  53.9  0.0000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2942  prophage MuMc02, nuclease, putative  32.99 
 
 		 216 aa  53.5  0.0000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375298  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1410  cold-shock protein, DNA-binding  47.5 
 
 		 66 aa  45.4  0.0003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2624  hypothetical protein  56.67 
 
 		 34 aa  44.3  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3072  cold-shock protein, DNA-binding  32.79 
 
 		 197 aa  40.4  0.008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>