More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A0537 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 		 195 aa  406  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.79 
 
 		 193 aa  172  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  36.82 
 
 		 203 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.8 
 
 		 192 aa  144  9e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.07 
 
 		 203 aa  143  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  40 
 
 		 185 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.79 
 
 		 217 aa  136  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.91 
 
 		 217 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  34.58 
 
 		 219 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.58 
 
 		 219 aa  131  6e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 186 aa  131  6.999999999999999e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  37.84 
 
 		 168 aa  128  5.0000000000000004e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.74 
 
 		 197 aa  127  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.3 
 
 		 206 aa  125  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.48 
 
 		 205 aa  123  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.45 
 
 		 204 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.97 
 
 		 188 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0441  cold-shock protein, DNA-binding  31.49 
 
 		 239 aa  101  6e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249195  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.8 
 
 		 177 aa  101  8e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1486  cold-shock protein  32.07 
 
 		 176 aa  97.1  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00940094  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1304  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 201 aa  97.4  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.366521  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  42.06 
 
 		 203 aa  87.4  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4786  putative cold-shock protein, DNA-binding  46 
 
 		 104 aa  85.5  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.548437  normal  0.675436 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1043  hypothetical protein  70.83 
 
 		 156 aa  84.7  7e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0355222  normal  0.453598 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4616  hypothetical protein  41.67 
 
 		 231 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.825297 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3072  cold-shock protein, DNA-binding  33.84 
 
 		 197 aa  81.3  0.000000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0693  hypothetical protein  70.45 
 
 		 143 aa  79.7  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01686  cold shock domain protein  35.16 
 
 		 129 aa  73.6  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.711044  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3705  Excalibur domain-containing protein  43.48 
 
 		 97 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2336  hypothetical protein  37.5 
 
 		 111 aa  71.6  0.000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.900928  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1911  hypothetical protein  46.48 
 
 		 87 aa  71.6  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357462  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1841  Excalibur domain protein  63.64 
 
 		 102 aa  68.6  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0396  hypothetical protein  59.09 
 
 		 134 aa  65.5  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.713289  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  50.79 
 
 		 67 aa  62  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5339  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.62 
 
 		 71 aa  60.1  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2942  prophage MuMc02, nuclease, putative  37.89 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375298  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5433  cold-shock DNA-binding domain protein  49.21 
 
 		 67 aa  59.3  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0949203  hitchhiker  0.00613475 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3278  hypothetical protein  27.87 
 
 		 274 aa  59.3  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0154434  hitchhiker  0.000533264 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3625  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.08 
 
 		 68 aa  57.8  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.164813  normal  0.0835288 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2219  putative cold-shock DNA-binding domain protein  45.31 
 
 		 68 aa  57.4  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3086  cold shock protein  47.62 
 
 		 67 aa  57.4  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3653  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.44 
 
 		 80 aa  57.4  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.820165  normal  0.8886 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4644  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.31 
 
 		 68 aa  57  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1914  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.31 
 
 		 68 aa  56.6  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47870  SNase-like protein  42.31 
 
 		 225 aa  57  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5163  cold-shock DNA-binding domain protein  47.62 
 
 		 67 aa  57  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160929  normal  0.551155 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1185  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.48 
 
 		 69 aa  56.6  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3143  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.26 
 
 		 68 aa  56.6  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2874  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.45 
 
 		 68 aa  55.8  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  30.56 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4535  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.06 
 
 		 68 aa  56.2  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3148  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 		 71 aa  56.2  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0858327  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2966  hypothetical protein  43.84 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1094  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.94 
 
 		 68 aa  55.8  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243204 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0899  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.08 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0009  cold-shock DNA-binding domain protein  45.31 
 
 		 68 aa  55.8  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.06 
 
 		 249 aa  55.8  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4329  hypothetical protein  42.19 
 
 		 68 aa  55.5  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.208733 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5567  cold shock protein  43.94 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197261  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3306  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.23 
 
 		 69 aa  55.5  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 69 aa  55.1  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2024  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.19 
 
 		 68 aa  55.1  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.19 
 
 		 68 aa  55.1  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.976411  normal  0.373537 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 		 68 aa  55.1  0.0000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.265865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3878  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 		 69 aa  54.7  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  43.08 
 
 		 69 aa  54.7  0.0000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.674883  normal  0.12074 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.08 
 
 		 70 aa  54.7  0.0000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.662229 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1250  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.43 
 
 		 71 aa  54.7  0.0000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.124236  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2842  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 		 68 aa  54.3  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2537  cold-shock DNA-binding domain protein  43.94 
 
 		 74 aa  54.3  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330999  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3620  cold-shock DNA-binding protein  39.06 
 
 		 68 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3828  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.79 
 
 		 86 aa  54.3  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 		 70 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.59949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.92 
 
 		 237 aa  54.3  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1730  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.91 
 
 		 71 aa  53.9  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244991 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5378  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.29 
 
 		 69 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.260469 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2904  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 		 71 aa  54.3  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0532076  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1345  cold-shock DNA-binding domain protein  42.42 
 
 		 69 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.708004 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0495  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.94 
 
 		 68 aa  53.9  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.309606 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1364  cold-shock DNA-binding domain protein  40.91 
 
 		 71 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185476  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0591  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.94 
 
 		 68 aa  53.9  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.81 
 
 		 224 aa  53.9  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4258  hypothetical protein  39.06 
 
 		 68 aa  53.1  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.321323  normal  0.982609 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1283  cold-shock DNA-binding domain protein  40.91 
 
 		 70 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4290  hypothetical protein  38.1 
 
 		 68 aa  53.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.94 
 
 		 68 aa  53.9  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.38 
 
 		 71 aa  53.5  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1185  cold-shock protein DNA-binding  42.42 
 
 		 69 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0202677 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5491  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.07 
 
 		 69 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599855  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0311  cold-shock protein, DNA-binding  41.79 
 
 		 68 aa  52.8  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.656988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1179  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 70 aa  52.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.810409  normal  0.131975 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2176  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 		 69 aa  52.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.141033  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3257  cold-shock protein, DNA-binding  46.97 
 
 		 69 aa  52.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261895 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5928  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 		 69 aa  52.8  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3140  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.1 
 
 		 68 aa  52.8  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.577228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0078  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 		 69 aa  52.4  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.19657  normal  0.176991 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4194  cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 		 70 aa  52.4  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3513  cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 		 70 aa  52.4  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.3 
 
 		 68 aa  52.4  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0846  cold-shock DNA-binding domain protein  41.54 
 
 		 69 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.012505 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>